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万見
- PDB-7as9: Bacillus subtilis ribosome-associated quality control complex sta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7as9
タイトルBacillus subtilis ribosome-associated quality control complex state A. Ribosomal 50S subunit with peptidyl tRNA in the A/P position and RqcH.
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • Rqc2 homolog RqcH
  • tRNA-Ala-1-1
キーワードTRANSLATION / 50S / tRNA / RQC / RqcH / peptidyl-tRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


RQC complex / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / ribosomal large subunit binding / rescue of stalled ribosome / rRNA processing / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly ...RQC complex / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / ribosomal large subunit binding / rescue of stalled ribosome / rRNA processing / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ibrinogen binding protein from staphylococcus aureus fold / ibrinogen binding protein from staphylococcus aureus domain / Rqc2 homolog RqcH, bacterial / Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain / : / NFACT, RNA-binding domain / NFACT protein RNA binding domain / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / NFACT N-terminal and middle domains ...ibrinogen binding protein from staphylococcus aureus fold / ibrinogen binding protein from staphylococcus aureus domain / Rqc2 homolog RqcH, bacterial / Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain / : / NFACT, RNA-binding domain / NFACT protein RNA binding domain / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / NFACT N-terminal and middle domains / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 - #10 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Outer Surface Protein A; domain 3 / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / : / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / L28p-like / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Rqc2 homolog RqcH / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Rqc2 homolog RqcH / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL11
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Crowe-McAuliffe, C. / Wilson, D.N.
資金援助 ドイツ, スウェーデン, 5件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)WI3285/8-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SPP-1879 ドイツ
Swedish Research Council2017-03783 スウェーデン
Swedish Research Council2019-01085 スウェーデン
Swedish Research Council2018-00956 スウェーデン
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Structural Basis for Bacterial Ribosome-Associated Quality Control by RqcH and RqcP.
著者: Caillan Crowe-McAuliffe / Hiraku Takada / Victoriia Murina / Christine Polte / Sergo Kasvandik / Tanel Tenson / Zoya Ignatova / Gemma C Atkinson / Daniel N Wilson / Vasili Hauryliuk /
要旨: In all branches of life, stalled translation intermediates are recognized and processed by ribosome-associated quality control (RQC) pathways. RQC begins with the splitting of stalled ribosomes, ...In all branches of life, stalled translation intermediates are recognized and processed by ribosome-associated quality control (RQC) pathways. RQC begins with the splitting of stalled ribosomes, leaving an unfinished polypeptide still attached to the large subunit. Ancient and conserved NEMF family RQC proteins target these incomplete proteins for degradation by the addition of C-terminal "tails." How such tailing can occur without the regular suite of translational components is, however, unclear. Using single-particle cryo-electron microscopy (EM) of native complexes, we show that C-terminal tailing in Bacillus subtilis is mediated by NEMF protein RqcH in concert with RqcP, an Hsp15 family protein. Our structures reveal how these factors mediate tRNA movement across the ribosomal 50S subunit to synthesize polypeptides in the absence of mRNA or the small subunit.
履歴
登録2020年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11890
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Rqc2 homolog RqcH
2: tRNA-Ala-1-1
A: 23S rRNA
B: 5S rRNA
E: 50S ribosomal protein L2
F: 50S ribosomal protein L3
G: 50S ribosomal protein L4
H: 50S ribosomal protein L5
I: 50S ribosomal protein L6
K: 50S ribosomal protein L11
L: 50S ribosomal protein L10
N: 50S ribosomal protein L13
O: 50S ribosomal protein L14
P: 50S ribosomal protein L15
Q: 50S ribosomal protein L16
R: 50S ribosomal protein L17
S: 50S ribosomal protein L18
T: 50S ribosomal protein L19
U: 50S ribosomal protein L20
V: 50S ribosomal protein L21
W: 50S ribosomal protein L22
X: 50S ribosomal protein L23
Y: 50S ribosomal protein L24
a: 50S ribosomal protein L27
b: 50S ribosomal protein L28
c: 50S ribosomal protein L29
d: 50S ribosomal protein L30
f: 50S ribosomal protein L32
g: 50S ribosomal protein L33 1
h: 50S ribosomal protein L34
i: 50S ribosomal protein L35
j: 50S ribosomal protein L36


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,450,94732
ポリマ－1,450,94732
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area147950 Å2
ΔGint-1258 kcal/mol
Surface area502960 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 0

#1: タンパク質 Rqc2 homolog RqcH / RqcH


分子量: 68341.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rqcH, yloA, BSU15640 / 発現宿主: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: O34693

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 2AB

#2: RNA鎖 tRNA-Ala-1-1


分子量: 24491.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
#3: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 949010.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
#4: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38423.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 EFGHIKLNOPQRSTUVWXYabcdfghij

#5: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / BL2


分子量: 30335.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P42919
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / BL3


分子量: 22723.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P42920
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22424.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P42921
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / BL6


分子量: 20177.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P12877
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / BL10


分子量: 19543.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P46898
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L11 / BL11


分子量: 14951.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: Q06796
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L10 / BL5 / Cold acclimatization protein / CAP / Vegetative protein 300 / VEG300


分子量: 18101.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P42923
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16407.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P70974
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13175.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P12875
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15410.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P19946
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 16223.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P14577
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / BL15 / BL21


分子量: 13774.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P20277
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / BL16


分子量: 12993.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P46899
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13416.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: O31742
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13669.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P55873
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / BL20


分子量: 11296.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P26908
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12481.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P42060
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10978.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P42924
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / 12 kDa DNA-binding protein / BL23 / HPB12


分子量: 11166.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P0CI78
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / BL24 / BL30


分子量: 10391.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P05657
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 6826.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P37807
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7728.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P12873
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / BL27


分子量: 6650.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P19947
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6745.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: O34687
#29: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33 1


分子量: 5915.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P56849
#30: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5271.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P05647
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7581.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P55874
#32: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / BL38 / Ribosomal protein B / Ribosomal protein II


分子量: 4318.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: P20278

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
150S ribosomal subunit in complex with RqcH, P-tRNA, and YabO/RqcPRIBOSOMEall0MULTIPLE SOURCES
2RqcHRIBOSOME#11RECOMBINANT
350S ribosomal subunit in complex with P-tRNA, and YabO/RqcPRIBOSOME#2-#321NATURAL
分子量値: 1.6 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)224308
23Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)224308
由来(組換発現)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 29 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10703 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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