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万見
- PDB-7arv: TwistTower_native-twist -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7arv
タイトルTwistTower_native-twist
要素
  • (STAPLE STRAND) x 194
  • SCAFFOLD STRAND
キーワードDNA / DNA Origami
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / DNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å
データ登録者Kube, M. / Kohler, F. / Feigl, E. / Nagel-Yuksel, B. / Willner, E.M. / Funke, J.J. / Gerling, T. / Stommer, P. / Honemann, M.N. / Martin, T.G. ...Kube, M. / Kohler, F. / Feigl, E. / Nagel-Yuksel, B. / Willner, E.M. / Funke, J.J. / Gerling, T. / Stommer, P. / Honemann, M.N. / Martin, T.G. / Scheres, S.H.W. / Dietz, H.
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
European Research Council (ERC)European Union
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Revealing the structures of megadalton-scale DNA complexes with nucleotide resolution.
著者: Massimo Kube / Fabian Kohler / Elija Feigl / Baki Nagel-Yüksel / Elena M Willner / Jonas J Funke / Thomas Gerling / Pierre Stömmer / Maximilian N Honemann / Thomas G Martin / Sjors H W ...著者: Massimo Kube / Fabian Kohler / Elija Feigl / Baki Nagel-Yüksel / Elena M Willner / Jonas J Funke / Thomas Gerling / Pierre Stömmer / Maximilian N Honemann / Thomas G Martin / Sjors H W Scheres / Hendrik Dietz /
要旨: The methods of DNA nanotechnology enable the rational design of custom shapes that self-assemble in solution from sets of DNA molecules. DNA origami, in which a long template DNA single strand is ...The methods of DNA nanotechnology enable the rational design of custom shapes that self-assemble in solution from sets of DNA molecules. DNA origami, in which a long template DNA single strand is folded by many short DNA oligonucleotides, can be employed to make objects comprising hundreds of unique DNA strands and thousands of base pairs, thus in principle providing many degrees of freedom for modelling complex objects of defined 3D shapes and sizes. Here, we address the problem of accurate structural validation of DNA objects in solution with cryo-EM based methodologies. By taking into account structural fluctuations, we can determine structures with improved detail compared to previous work. To interpret the experimental cryo-EM maps, we present molecular-dynamics-based methods for building pseudo-atomic models in a semi-automated fashion. Among other features, our data allows discerning details such as helical grooves, single-strand versus double-strand crossovers, backbone phosphate positions, and single-strand breaks. Obtaining this higher level of detail is a step forward that now allows designers to inspect and refine their designs with base-pair level interventions.
履歴
登録2020年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.22020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11379
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: SCAFFOLD STRAND
AB: STAPLE STRAND
AC: STAPLE STRAND
AD: STAPLE STRAND
AE: STAPLE STRAND
AF: STAPLE STRAND
AG: STAPLE STRAND
AH: STAPLE STRAND
AI: STAPLE STRAND
AJ: STAPLE STRAND
AK: STAPLE STRAND
AL: STAPLE STRAND
AM: STAPLE STRAND
AN: STAPLE STRAND
AO: STAPLE STRAND
AP: STAPLE STRAND
AQ: STAPLE STRAND
AR: STAPLE STRAND
AS: STAPLE STRAND
AT: STAPLE STRAND
AU: STAPLE STRAND
AV: STAPLE STRAND
AW: STAPLE STRAND
AX: STAPLE STRAND
AY: STAPLE STRAND
AZ: STAPLE STRAND
Aa: STAPLE STRAND
Ab: STAPLE STRAND
Ac: STAPLE STRAND
Ad: STAPLE STRAND
Ae: STAPLE STRAND
Af: STAPLE STRAND
Ag: STAPLE STRAND
Ah: STAPLE STRAND
Ai: STAPLE STRAND
Aj: STAPLE STRAND
Ak: STAPLE STRAND
Al: STAPLE STRAND
Am: STAPLE STRAND
An: STAPLE STRAND
Ao: STAPLE STRAND
Ap: STAPLE STRAND
Aq: STAPLE STRAND
Ar: STAPLE STRAND
As: STAPLE STRAND
At: STAPLE STRAND
Au: STAPLE STRAND
Av: STAPLE STRAND
Aw: STAPLE STRAND
Ax: STAPLE STRAND
Ay: STAPLE STRAND
Az: STAPLE STRAND
A0: STAPLE STRAND
A1: STAPLE STRAND
A2: STAPLE STRAND
A3: STAPLE STRAND
A4: STAPLE STRAND
A5: STAPLE STRAND
A6: STAPLE STRAND
A7: STAPLE STRAND
A8: STAPLE STRAND
A9: STAPLE STRAND
BA: STAPLE STRAND
BB: STAPLE STRAND
BC: STAPLE STRAND
BD: STAPLE STRAND
BE: STAPLE STRAND
BF: STAPLE STRAND
BG: STAPLE STRAND
BH: STAPLE STRAND
BI: STAPLE STRAND
BJ: STAPLE STRAND
BK: STAPLE STRAND
BL: STAPLE STRAND
BM: STAPLE STRAND
BN: STAPLE STRAND
BO: STAPLE STRAND
BP: STAPLE STRAND
BQ: STAPLE STRAND
BR: STAPLE STRAND
BS: STAPLE STRAND
BT: STAPLE STRAND
BU: STAPLE STRAND
BV: STAPLE STRAND
BW: STAPLE STRAND
BX: STAPLE STRAND
BY: STAPLE STRAND
BZ: STAPLE STRAND
Ba: STAPLE STRAND
Bb: STAPLE STRAND
Bc: STAPLE STRAND
Bd: STAPLE STRAND
Be: STAPLE STRAND
Bf: STAPLE STRAND
Bg: STAPLE STRAND
Bh: STAPLE STRAND
Bi: STAPLE STRAND
Bj: STAPLE STRAND
Bk: STAPLE STRAND
Bl: STAPLE STRAND
Bm: STAPLE STRAND
Bn: STAPLE STRAND
Bo: STAPLE STRAND
Bp: STAPLE STRAND
Bq: STAPLE STRAND
Br: STAPLE STRAND
Bs: STAPLE STRAND
Bt: STAPLE STRAND
Bu: STAPLE STRAND
Bv: STAPLE STRAND
Bw: STAPLE STRAND
Bx: STAPLE STRAND
By: STAPLE STRAND
Bz: STAPLE STRAND
B0: STAPLE STRAND
B1: STAPLE STRAND
B2: STAPLE STRAND
B3: STAPLE STRAND
B4: STAPLE STRAND
B5: STAPLE STRAND
B6: STAPLE STRAND
B7: STAPLE STRAND
B8: STAPLE STRAND
B9: STAPLE STRAND
CA: STAPLE STRAND
CB: STAPLE STRAND
CC: STAPLE STRAND
CD: STAPLE STRAND
CE: STAPLE STRAND
CF: STAPLE STRAND
CG: STAPLE STRAND
CH: STAPLE STRAND
CI: STAPLE STRAND
CJ: STAPLE STRAND
CK: STAPLE STRAND
CL: STAPLE STRAND
CM: STAPLE STRAND
CN: STAPLE STRAND
CO: STAPLE STRAND
CP: STAPLE STRAND
CQ: STAPLE STRAND
CR: STAPLE STRAND
CS: STAPLE STRAND
CT: STAPLE STRAND
CU: STAPLE STRAND
CV: STAPLE STRAND
CW: STAPLE STRAND
CX: STAPLE STRAND
CY: STAPLE STRAND
CZ: STAPLE STRAND
Ca: STAPLE STRAND
Cb: STAPLE STRAND
Cc: STAPLE STRAND
Cd: STAPLE STRAND
Ce: STAPLE STRAND
Cf: STAPLE STRAND
Cg: STAPLE STRAND
Ch: STAPLE STRAND
Ci: STAPLE STRAND
Cj: STAPLE STRAND
Ck: STAPLE STRAND
Cl: STAPLE STRAND
Cm: STAPLE STRAND
Cn: STAPLE STRAND
Co: STAPLE STRAND
Cp: STAPLE STRAND
Cq: STAPLE STRAND
Cr: STAPLE STRAND
Cs: STAPLE STRAND
Ct: STAPLE STRAND
Cu: STAPLE STRAND
Cv: STAPLE STRAND
Cw: STAPLE STRAND
Cx: STAPLE STRAND
Cy: STAPLE STRAND
Cz: STAPLE STRAND
C0: STAPLE STRAND
C1: STAPLE STRAND
C2: STAPLE STRAND
C3: STAPLE STRAND
C4: STAPLE STRAND
C5: STAPLE STRAND
C6: STAPLE STRAND
C7: STAPLE STRAND
C8: STAPLE STRAND
C9: STAPLE STRAND
DA: STAPLE STRAND
DB: STAPLE STRAND
DC: STAPLE STRAND
DD: STAPLE STRAND
DE: STAPLE STRAND
DF: STAPLE STRAND
DG: STAPLE STRAND
DH: STAPLE STRAND
DI: STAPLE STRAND


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,164,337195
ポリマ－5,164,337195
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA鎖 , 195種, 195分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAaAbAcAd...

#1: DNA鎖 SCAFFOLD STRAND


分子量: 2488158.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 8808.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14824.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16459.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18387.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14799.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14907.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#8: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18484.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#9: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12850.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#10: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18395.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#11: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9903.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#12: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12298.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#13: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14862.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#14: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9945.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#15: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14727.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#16: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12291.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#17: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13796.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#18: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14837.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#19: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14858.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#20: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13985.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#21: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14728.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#22: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12287.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#23: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17485.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#24: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18468.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#25: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9921.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#26: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14889.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#27: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12395.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#28: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14843.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#29: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12232.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#30: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16419.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#31: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12483.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#32: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10016.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#33: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17723.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#34: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18578.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#35: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14774.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#36: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14622.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#37: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9818.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#38: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14783.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#39: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17757.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#40: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18560.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#41: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17599.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#42: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18403.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#43: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14841.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#44: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11333.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#45: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12320.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#46: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13531.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#47: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12306.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#48: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12267.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#49: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17157.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#50: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12291.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#51: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14883.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#52: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13597.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#53: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9688.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#54: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14921.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#55: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14589.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#56: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17324.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#57: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14017.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#58: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14906.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#59: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9872.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#60: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9693.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#61: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9900.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#62: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14861.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#63: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13815.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#64: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9910.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#65: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13744.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#66: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17467.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#67: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17439.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#68: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13755.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#69: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12169.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#70: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17471.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#71: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17443.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#72: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13846.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#73: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9872.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#74: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17227.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#75: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9779.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#76: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12486.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#77: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14683.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#78: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17736.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#79: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17333.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#80: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14959.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#81: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14707.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#82: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14680.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#83: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14786.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#84: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17887.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#85: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18343.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#86: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9892.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#87: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12506.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#88: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12323.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#89: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15035.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#90: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14649.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#91: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9892.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#92: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14892.669 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#93: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14710.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#94: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14834.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#95: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12254.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#96: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17400.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#97: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12162.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#98: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9826.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#99: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9928.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#100: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14698.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#101: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17309.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#102: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14647.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#103: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14933.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#104: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12375.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#105: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14883.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#106: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14929.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#107: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9820.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#108: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12386.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#109: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12322.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#110: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12241.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#111: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18364.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#112: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13852.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#113: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12367.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#114: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9853.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#115: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18291.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#116: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18340.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#117: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12371.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#118: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9973.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#119: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9971.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#120: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18436.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#121: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16236.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#122: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14772.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#123: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9892.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#124: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14699.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#125: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14737.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#126: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18434.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#127: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11372.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#128: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17526.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#129: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10029.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#130: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12362.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#131: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9904.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#132: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16356.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#133: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9748.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#134: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17498.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#135: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9792.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#136: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12316.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#137: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9971.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#138: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17342.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#139: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14732.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#140: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14941.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#141: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17539.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#142: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18478.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#143: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14625.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#144: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17414.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#145: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11414.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#146: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9873.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#147: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9816.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#148: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17512.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#149: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18297.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#150: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14787.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#151: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14785.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#152: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12346.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#153: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9864.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#154: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12471.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#155: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12470.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#156: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9901.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#157: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12295.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#158: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12301.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#159: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14640.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#160: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12304.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#161: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14849.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#162: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12346.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#163: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14772.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#164: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12334.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#165: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12218.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#166: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11333.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#167: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11352.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#168: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12512.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#169: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12362.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#170: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13864.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#171: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11394.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#172: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12228.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#173: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12411.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#174: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9813.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#175: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9814.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#176: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10026.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#177: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17346.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#178: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17601.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#179: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9888.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#180: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14740.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#181: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14718.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#182: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14723.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#183: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14986.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#184: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12132.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#185: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14898.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#186: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17483.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#187: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13826.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#188: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9738.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#189: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12471.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#190: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13740.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#191: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14790.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#192: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12306.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#193: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14904.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#194: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9829.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#195: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9839.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TwistTower_native-twist / タイプ: COMPLEX
詳細: multilayer DNA origami object consisting of 4 domains with cross sections of 2x2, 4x4, 6x6, and 8x8 helices arranged on a square lattice. Designed with native crossover spacing corresponding to 10.66bp/turn.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
由来(組換発現)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: monodisperse, 5 datasets: 1.5uM, 1.0uM, 2.3uM, 2.0uM, 1.75uM
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 47000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3692 nm / Calibrated defocus min: 260.5 nm / Cs: 0.01 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 21279 / 詳細: magnified pixel size 1.39 A
電子光学装置球面収差補正装置: CEOS Cs corrector
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1CTFFIND4.1粒子像選択
13RELION2３次元再構成
14RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 509812
詳細: Resolution of individual domains (Multibody Refinement): 2x2: 7.8 A, 4x4: 6.5 A, 6x6: 6.8 A, 8x8: 7.1 A -> composite map: 7.0 A (weighted average)
対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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