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- PDB-7aqx: Co-Crystal Structure of Variant Surface Glycoprotein VSG2 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aqx
タイトルCo-Crystal Structure of Variant Surface Glycoprotein VSG2 in complex with Nanobody VSG2(NB9)
要素
  • Nanobody VSG2(NB9)
  • Variant surface glycoprotein MITAT 1.2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Variant surface Glycoprotein / Epitope Mapping / Immune Evasion
機能・相同性Variant surface glycoprotein C-terminal domain superfamily / Trypanosome variant surface glycoprotein, A-type, N-terminal domain / Trypanosome variant surface glycoprotein (A-type) / evasion of host immune response / side of membrane / plasma membrane / CITRIC ACID / Variant surface glycoprotein MITAT 1.2
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.499 Å
データ登録者Stebbins, C.E. / Hempelmann, A.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Nanobody-mediated macromolecular crowding induces membrane fission and remodeling in the African trypanosome.
著者: Hempelmann, A. / Hartleb, L. / van Straaten, M. / Hashemi, H. / Zeelen, J.P. / Bongers, K. / Papavasiliou, F.N. / Engstler, M. / Stebbins, C.E. / Jones, N.G.
履歴
登録2020年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Variant surface glycoprotein MITAT 1.2
B: Variant surface glycoprotein MITAT 1.2
C: Nanobody VSG2(NB9)
D: Nanobody VSG2(NB9)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,7079
ポリマ－109,1334
非ポリマー1,5735
水16,664925
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Complex can be verified by FPLC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14700 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area34930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.088, 95.565, 123.721
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Variant surface glycoprotein MITAT 1.2 / VSG 221


分子量: 38844.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Glycosylated at N289
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: P26332
#2: 抗体 Nanobody VSG2(NB9)


分子量: 15722.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Bound to Variant Surface Glycoprotein VSG2 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): wk6

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糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 928分子

#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H8O7
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 925 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.26 % / 解説: rod-like shape with pyramidal endings.
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20 % PEG 1500, 0.1 M citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.499→47.782 Å / Num. obs: 11913750 / % possible obs: 99.18 % / 冗長度: 67.3 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 51.47
反射 シェル解像度: 1.499→1.553 Å / Num. unique obs: 17100 / CC1/2: 0.594

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
Cootモデル構築
MOSFLMdata processing
PHENIX1.15.2_3472位相決定
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VSG, 5lhr(ChainB)

1vsg

5lhr


解像度: 1.499→47.782 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1916 8847 5 %
Rwork0.1641 168156 -
obs0.1654 177003 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.65 Å2 / Biso mean: 33.5241 Å2 / Biso min: 15.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.499→47.782 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6727 0 195 925 7847
Biso mean--39.66 39.96 -
残基数----939
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4993-1.51630.28512730.2626522293
1.5163-1.53410.28842900.2464551799
1.5341-1.55290.2842900.24550899
1.5529-1.57250.27272890.2249552098
1.5725-1.59320.25132900.2158552199
1.5932-1.6150.28222910.2116555499
1.615-1.63810.24262930.2003553299
1.6381-1.66260.27082900.2056552699
1.6626-1.68850.26162930.2023554999
1.6885-1.71620.24422930.185555499
1.7162-1.74580.22142910.1761558999
1.7458-1.77760.23072910.1545553399
1.7776-1.81180.20072940.1524558899
1.8118-1.84870.21022930.1502556299
1.8487-1.88890.20462950.1475559999
1.8889-1.93290.20492940.1495574100
1.9329-1.98120.20852960.15025615100
1.9812-2.03480.20262950.15035619100
2.0348-2.09470.17442960.14665620100
2.0947-2.16230.16992950.14235612100
2.1623-2.23960.1742970.13595651100
2.2396-2.32920.16582960.13125636100
2.3292-2.43520.16612990.13825663100
2.4352-2.56360.17042970.14035655100
2.5636-2.72420.17263000.14795680100
2.7242-2.93450.18483000.15925706100
2.9345-3.22980.19593000.17425699100
3.2298-3.6970.17783030.1675746100
3.697-4.65720.173050.15275794100
4.6572-47.7820.20693180.20056012100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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