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万見
- PDB-7aqr: Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana Complex-I (peripheral arm) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aqr
タイトルCryo-EM structure of Arabidopsis thaliana Complex-I (peripheral arm)
要素
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 4
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ...) x 6
  • (Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 2
  • Acyl carrier protein 2, mitochondrial
  • Furry
  • NADH dehydrogenase subunit 7
キーワードELECTRON TRANSPORT / Complex-I
機能・相同性
機能・相同性情報


cold acclimation / photorespiration / embryo development ending in seed dormancy / respiratory chain complex I / ubiquinone-6 biosynthetic process / response to osmotic stress / plastid / cobalt ion binding / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / : ...cold acclimation / photorespiration / embryo development ending in seed dormancy / respiratory chain complex I / ubiquinone-6 biosynthetic process / response to osmotic stress / plastid / cobalt ion binding / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / acyl carrier activity / quinone binding / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / chloroplast / mitochondrial membrane / electron transport chain / transmembrane transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial matrix / protein-containing complex binding / mitochondrion / zinc ion binding / extracellular region / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / ETC complex I subunit conserved region / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NuoE domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit / NAD-dependent epimerase/dehydratase / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Acyl carrier protein (ACP) / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Thioredoxin-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8Q1 / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-NDP / IRON/SULFUR CLUSTER / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / Acyl carrier protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-A, mitochondrial ...Chem-8Q1 / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-NDP / IRON/SULFUR CLUSTER / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / Acyl carrier protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-A, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / Furry / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Klusch, N. / Kuehlbrandt, W. / Yildiz, O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2021
タイトル: A ferredoxin bridge connects the two arms of plant mitochondrial complex I.
著者: Niklas Klusch / Jennifer Senkler / Özkan Yildiz / Werner Kühlbrandt / Hans-Peter Braun /
要旨: Mitochondrial complex I is the main site for electron transfer to the respiratory chain and generates much of the proton gradient across the inner mitochondrial membrane. Complex I is composed of two ...Mitochondrial complex I is the main site for electron transfer to the respiratory chain and generates much of the proton gradient across the inner mitochondrial membrane. Complex I is composed of two arms, which form a conserved L-shape. We report the structures of the intact, 47-subunit mitochondrial complex I from Arabidopsis thaliana and the 51-subunit complex I from the green alga Polytomella sp., both at around 2.9 Å resolution. In both complexes, a heterotrimeric γ-carbonic anhydrase domain is attached to the membrane arm on the matrix side. Two states are resolved in A. thaliana complex I, with different angles between the two arms and different conformations of the ND1 (NADH dehydrogenase subunit 1) loop near the quinol binding site. The angle appears to depend on a bridge domain, which links the peripheral arm to the membrane arm and includes an unusual ferredoxin. We propose that the bridge domain participates in regulating the activity of plant complex I.
履歴
登録2020年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11873
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
C: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3
D: NADH dehydrogenase subunit 7
E: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
F: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
G: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial
I: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-A, mitochondrial
P: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
Q: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
R: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
S: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
U: Acyl carrier protein 2, mitochondrial
V: Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial
W: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
Z: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A
q: Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
r: Furry
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)467,69729
ポリマ－463,42817
非ポリマー4,26912
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 6種, 6分子 BCGIQR

#1: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial


分子量: 24071.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q42577, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#2: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3 / NADH dehydrogenase subunit 9


分子量: 22910.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q95748, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#6: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial / Protein EMBRYO DEFECTIVE 1467


分子量: 81619.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FGI6, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#7: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-A, mitochondrial


分子量: 25536.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q42599, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#9: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Protein FROSTBITE1


分子量: 17160.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FJW4
#10: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial


分子量: 12251.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9M9M6

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タンパク質 , 3種, 3分子 DUr

#3: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 7


分子量: 45036.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A2P2CLH2
#12: タンパク質 Acyl carrier protein 2, mitochondrial / MtACP-2 / ACP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit


分子量: 14183.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O80800
#17: タンパク質 Furry


分子量: 15060.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SD78

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NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 2種, 2分子 EF

#4: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial


分子量: 28423.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O22769, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#5: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial


分子量: 53522.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FNN5, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 4種, 4分子 PSWZ

#8: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial


分子量: 43988.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SK66
#11: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2


分子量: 10865.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FIJ2
#14: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6


分子量: 15102.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LHI0
#15: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A / Protein MATERNAL EFFECT EMBRYO ARREST 4


分子量: 16145.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8RWA7

-
Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 2種, 2分子 Vq

#13: タンパク質 Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial


分子量: 19201.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FLX7
#16: タンパク質 Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12


分子量: 18346.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9M9M9

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非ポリマー , 6種, 12分子

#18: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#19: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#20: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#21: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#22: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#23: 化合物 ChemComp-8Q1 / S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate / S-dodecanoyl-4'-phosphopantetheine


分子量: 540.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N2O8PS

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Arabidopsis complex I - peripheral arm / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 43 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 459177 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 60.73 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00426332
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5535691
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.2053585
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0433894
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054609

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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