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万見
- PDB-7apd: Bovine Papillomavirus E1 DNA helicase-replication fork complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7apd
タイトルBovine Papillomavirus E1 DNA helicase-replication fork complex
要素
  • (Replication protein E1) x 2
  • DNA (36-MER)
  • DNA (40-MER)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA / virus / helicase / replisome / DNA replication.
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA 3'-5' helicase / DNA helicase activity / DNA replication / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, large T-antigen D1 domain / DNA helicase E1, C-terminal, Papillomavirus / DNA helicase E1, N-terminal, Papillomavirus / Replication protein E1, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain superfamily, papillomavirus / Papillomavirus helicase / E1 Protein, N terminal domain / Papillomavirus E1, DNA-binding domain / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily ...Zinc finger, large T-antigen D1 domain / DNA helicase E1, C-terminal, Papillomavirus / DNA helicase E1, N-terminal, Papillomavirus / Replication protein E1, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain superfamily, papillomavirus / Papillomavirus helicase / E1 Protein, N terminal domain / Papillomavirus E1, DNA-binding domain / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Replication protein E1 / Replication protein E1
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine papillomavirus (パピローマウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Javed, A. / Major, B. / Stead, J. / Sanders, C.M. / Orlova, E.V.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R002622/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R001685/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Unwinding of a DNA replication fork by a hexameric viral helicase.
著者: Abid Javed / Balazs Major / Jonathan A Stead / Cyril M Sanders / Elena V Orlova /
要旨: Hexameric helicases are motor proteins that unwind double-stranded DNA (dsDNA) during DNA replication but how they are optimised for strand separation is unclear. Here we present the cryo-EM ...Hexameric helicases are motor proteins that unwind double-stranded DNA (dsDNA) during DNA replication but how they are optimised for strand separation is unclear. Here we present the cryo-EM structure of the full-length E1 helicase from papillomavirus, revealing all arms of a bound DNA replication fork and their interactions with the helicase. The replication fork junction is located at the entrance to the helicase collar ring, that sits above the AAA + motor assembly. dsDNA is escorted to and the 5´ single-stranded DNA (ssDNA) away from the unwinding point by the E1 dsDNA origin binding domains. The 3´ ssDNA interacts with six spirally-arranged β-hairpins and their cyclical top-to-bottom movement pulls the ssDNA through the helicase. Pulling of the RF against the collar ring separates the base-pairs, while modelling of the conformational cycle suggest an accompanying movement of the collar ring has an auxiliary role, helping to make efficient use of ATP in duplex unwinding.
履歴
登録2020年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11852
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Replication protein E1
B: Replication protein E1
C: Replication protein E1
D: Replication protein E1
E: Replication protein E1
F: Replication protein E1
A: Replication protein E1
H: Replication protein E1
P: DNA (40-MER)
T: DNA (36-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,70210
ポリマ－260,70210
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Replication protein E1 / ATP-dependent helicase E1


分子量: 17162.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: OBD domains from subunits B and E.
由来: (組換発現) Bovine papillomavirus (パピローマウイルス)
遺伝子: E1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5IAS0, DNA helicase
#2: タンパク質
Replication protein E1 / ATP-dependent helicase E1


分子量: 33859.172 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine papillomavirus (パピローマウイルス)
遺伝子: E1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03116, DNA helicase
#3: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12142.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 5'-3' ssDNA strand of the DNA replication fork.
由来: (合成) Bovine papillomavirus (パピローマウイルス)
#4: DNA鎖 DNA (36-MER)


分子量: 11080.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 3'-5' ssDNA strand of the DNA replication fork.
由来: (合成) Bovine papillomavirus (パピローマウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1BPV E1 DNA helicase-replication fork complexCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2DNA replication forkCOMPLEX#3-#41RECOMBINANTConsists of two strands and three regions: dsDNA, 5'ssDNA lagging strand and 3' ssDNA leading strand.
3Full-length E1 helicaseCOMPLEX#1-#21RECOMBINANTComposed of six subunits; Two subunits contain the Origin Binding domains (Chains G, H), all six subunits contain the helicase domain and the C-terminal tail (Chains A-F).
分子量値: 0.4134 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Bovine papillomavirus (パピローマウイルス)10571
33Bovine papillomavirus (パピローマウイルス)10571
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Synthetic construct (人工物)32630
33Escherichia col562
緩衝液pH: 7.2
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHepes1
2200 mMNaCl1
31 mMEDTA1
40.1 mMPMSF1
52 mMDTT1
試料濃度: 0.05 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER
グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K
詳細: 3 ul of sample was applied Lacey ultra-thin carbon film grids.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 47170 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 98 K / 最低温度: 95 K
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 50.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 12136
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5.2 µm / 横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION3粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF ChimeraモデルフィッティングRigid-body
8CootモデルフィッティングReal-space
9iMODFITモデルフィッティングFlexible fit
11cryoSPARC2.9初期オイラー角割当
12cryoSPARC2.9最終オイラー角割当
13cryoSPARC2.9分類
14cryoSPARC2.9３次元再構成
21Cootモデル精密化Real-space
22PHENIXモデル精密化Real-space
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 568120
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81831 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 102 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
12GXA

2gxa

12GXA1PDBexperimental model
21KSY

1ksy

11KSY2PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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