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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aoz | ||||||
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タイトル | Atomic structure of the poxvirus transcription initiation complex in conformation 1 | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / Vaccinia / Virus / RNA polymerase / DNA-dependent / pre-initiation complex / PIC / initially melted / poxvirus / poxviridae | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral transcription / RNA polymerase II activity / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / nucleotidyltransferase activity / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / virion component ...viral transcription / RNA polymerase II activity / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / nucleotidyltransferase activity / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / virion component / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
![]() | Grimm, C. / Bartuli, J. / Fischer, U. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of the complete poxvirus transcription initiation process. 著者: Clemens Grimm / Julia Bartuli / Bettina Boettcher / Aladar A Szalay / Utz Fischer / ![]() 要旨: Poxviruses express their genes in the cytoplasm of infected cells using a virus-encoded multi-subunit polymerase (vRNAP) and unique transcription factors. We present cryo-EM structures that uncover ...Poxviruses express their genes in the cytoplasm of infected cells using a virus-encoded multi-subunit polymerase (vRNAP) and unique transcription factors. We present cryo-EM structures that uncover the complete transcription initiation phase of the poxvirus vaccinia. In the pre-initiation complex, the heterodimeric early transcription factor VETFs/l adopts an arc-like shape spanning the polymerase cleft and anchoring upstream and downstream promoter elements. VETFI emerges as a TBP-like protein that inserts asymmetrically into the DNA major groove, triggers DNA melting, ensures promoter recognition and enforces transcription directionality. The helicase VETFs fosters promoter melting and the phospho-peptide domain (PPD) of vRNAP subunit Rpo30 enables transcription initiation. An unprecedented upstream promoter scrunching mechanism assisted by the helicase NPH-I probably fosters promoter escape and transition into elongation. Our structures shed light on unique mechanisms of poxviral gene expression and aid the understanding of thus far unexplained universal principles in transcription. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 714.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 580.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase ... , 7種, 7分子 ACEFGJS
#1: タンパク質 | 分子量: 146995.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 35430.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 21365.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 19020.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 17917.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 7299.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 29834.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-タンパク質 , 2種, 2分子 BI
#2: タンパク質 | 分子量: 133526.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#7: タンパク質 | 分子量: 93667.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Synthetic promoter DNA oligomer, ... , 2種, 2分子 NT
#9: DNA鎖 | 分子量: 18417.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#12: DNA鎖 | 分子量: 18547.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 P
#10: RNA鎖 | 分子量: 1578.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 5分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#13: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#14: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.67 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: monodisperse sample prepared by sucrose gradient centrifugation | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 74.99 sec. / 電子線照射量: 78.9 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 133467 / 対称性のタイプ: POINT |