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万見
- PDB-7aoe: Schizosaccharomyces pombe RNA polymerase I (elongation complex) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aoe
タイトルSchizosaccharomyces pombe RNA polymerase I (elongation complex)
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase I subunit ...) x 4
  • (DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ...) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 5
  • Probable DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2
  • RNA
  • non-template DNA
  • template DNA
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II, holoenzyme / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II, holoenzyme / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / mRNA Capping / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / mRNA Splicing - Major Pathway / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / DNA-templated transcription elongation / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / : / DNA-directed RNA polymerase activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1060 / RNA polymerase I, subunit Rpa14, fungi / Yeast RNA polymerase I subunit RPA14 / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / RPA43, OB domain / RPA43 OB domain in RNA Pol I / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 / DNA-directed RNA pol I, largest subunit / : ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1060 / RNA polymerase I, subunit Rpa14, fungi / Yeast RNA polymerase I subunit RPA14 / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / RPA43, OB domain / RPA43 OB domain in RNA Pol I / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 / DNA-directed RNA pol I, largest subunit / : / RNA polymerase I, Rpa2 specific domain / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Dna Ligase; domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa43 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 ...DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa43 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa14 / Probable DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Heiss, F. / Daiss, J. / Becker, P. / Engel, C.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB 960 (TP-A8) ドイツ
German Research Foundation (DFG)EN 1204/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Conserved strategies of RNA polymerase I hibernation and activation.
著者: Florian B Heiss / Julia L Daiß / Philipp Becker / Christoph Engel /
要旨: RNA polymerase (Pol) I transcribes the ribosomal RNA precursor in all eukaryotes. The mechanisms 'activation by cleft contraction' and 'hibernation by dimerization' are unique to the regulation of ...RNA polymerase (Pol) I transcribes the ribosomal RNA precursor in all eukaryotes. The mechanisms 'activation by cleft contraction' and 'hibernation by dimerization' are unique to the regulation of this enzyme, but structure-function analysis is limited to baker's yeast. To understand whether regulation by such strategies is specific to this model organism or conserved among species, we solve three cryo-EM structures of Pol I from Schizosaccharomyces pombe in different functional states. Comparative analysis of structural models derived from high-resolution reconstructions shows that activation is accomplished by a conserved contraction of the active center cleft. In contrast to current beliefs, we find that dimerization of the S. pombe polymerase is also possible. This dimerization is achieved independent of the 'connector' domain but relies on two previously undescribed interfaces. Our analyses highlight the divergent nature of Pol I transcription systems from their counterparts and suggest conservation of regulatory mechanisms among organisms.
履歴
登録2020年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11842
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa1
B: Probable DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2
C: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
D: DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa14
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa43
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
U: non-template DNA
T: template DNA
R: RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)524,15021
ポリマ－523,75715
非ポリマー3926
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area64260 Å2
ΔGint-334 kcal/mol
Surface area156060 Å2
手法PISA

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要素

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DNA-directed RNA polymerase I subunit ... , 4種, 4分子 ADGI

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa1 / DNA-directed RNA polymerase I 190 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase I largest subunit


分子量: 189489.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: P15398, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa14 / RNA polymerase I subunit A14 / DNA-directed RNA polymerase I 17 kDa polypeptide / Nucleolar protein ker1


分子量: 17008.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q9P7P1
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase I subunit rpa43 / RNA polymerase I subunit A43 / DNA-dependent RNA polymerase 19 kDa polypeptide


分子量: 19406.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O43036
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / DNA-directed RNA polymerase I 13.1 kDa polypeptide


分子量: 13127.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O94703

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DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ... , 2種, 2分子 CK

#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / RNA polymerases I and III subunit AC1 / DNA-directed RNA polymerases I and III 40 kDa polypeptide / ...RNA polymerases I and III subunit AC1 / DNA-directed RNA polymerases I and III 40 kDa polypeptide / AC40 / RPC39


分子量: 39205.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O94616
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / RNA polymerases I and III subunit AC2 / AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III 14 kDa polypeptide


分子量: 13734.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: rpc19, rpa17, SPAC1687.01, SPAPYUL23.01 / 発現宿主: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q09177

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL

#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / RPC24B


分子量: 23954.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q09191
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 15 kDa ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 15 kDa polypeptide / RPC16


分子量: 15742.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: P36595
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 14.5 kDa ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 14.5 kDa polypeptide / RPC14


分子量: 14317.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q92399
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / DNA-directed RNA polymerases I / and ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / DNA-directed RNA polymerases I / and III 8.3 kDa polypeptide / RPC8


分子量: 8286.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O13877
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha


分子量: 7216.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: P48011

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 UT

#13: DNA鎖 non-template DNA


分子量: 12085.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#14: DNA鎖 template DNA


分子量: 11942.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / RNA鎖 / 非ポリマー , 3種, 8分子 BR

#15: RNA鎖 RNA


分子量: 6383.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#16: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#2: タンパク質 Probable DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 / DNA-directed RNA polymerase I polypeptide 2 / RNA polymerase I subunit 2


分子量: 131854.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q9P7X8, DNA-directed RNA polymerase

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1S. pombe RNA polymerase I - elongation complexCOMPLEX#1-#150MULTIPLE SOURCES
2S. pombe RNA polymerase I - elongation complexCOMPLEX#1-#10, #121NATURAL
3DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2COMPLEX#111RECOMBINANT
4DNA, RNACOMPLEX#13-#151RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)284812
33Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)284812
44synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)4896
24synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 88.28 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61954 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 48.46 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007431540
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.845242818
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04844788
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00555347
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.98064564

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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