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- PDB-7aos: crystal structure of the RARalpha/RXRalpha ligand binding domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aos
タイトルcrystal structure of the RARalpha/RXRalpha ligand binding domain heterodimer in complex with a fragment of SRC1 coactivator
要素
  • (Retinoic acid receptor ...) x 2
  • Nuclear receptor coactivator 1
キーワードHORMONE / Transcription factor / Nuclear hormone receptor / coactivator / agonist / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional regulation of granulopoiesis / Carnitine shuttle / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Signaling by Retinoic Acid / Sertoli cell fate commitment / positive regulation of binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SUMOylation of intracellular receptors / trachea cartilage development ...Transcriptional regulation of granulopoiesis / Carnitine shuttle / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Signaling by Retinoic Acid / Sertoli cell fate commitment / positive regulation of binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SUMOylation of intracellular receptors / trachea cartilage development / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Nuclear Receptor transcription pathway / visceral serous pericardium development / glandular epithelial cell development / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / ventricular cardiac muscle cell differentiation / mesenchyme development / Endogenous sterols / chondroblast differentiation / positive regulation of translational initiation by iron / embryonic camera-type eye development / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / maternal placenta development / protein kinase B binding / negative regulation of granulocyte differentiation / growth plate cartilage development / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / prostate gland development / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / retinoic acid-responsive element binding / negative regulation of cartilage development / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / Cytoprotection by HMOX1 / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / cardiac muscle cell differentiation / retinoic acid binding / camera-type eye development / outflow tract septum morphogenesis / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / TGFBR3 expression / response to vitamin A / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / heterocyclic compound binding / limb development / apoptotic cell clearance / regulation of myelination / ureteric bud development / Signaling by Retinoic Acid / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / protein kinase A binding / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / male mating behavior / hypothalamus development / positive regulation of interleukin-4 production / alpha-actinin binding / face development / germ cell development / negative regulation of type II interferon production / nuclear steroid receptor activity / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / negative regulation of tumor necrosis factor production / progesterone receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / cardiac muscle cell proliferation / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / positive regulation of bone mineralization / nuclear retinoid X receptor binding / heart morphogenesis / estrous cycle / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / histone acetyltransferase activity / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / hormone-mediated signaling pathway / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / positive regulation of cell cycle / cellular response to retinoic acid / : / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha
類似検索 - 分子機能
: / : / Retinoic acid receptor / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking ...: / : / Retinoic acid receptor / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EQN / Chem-LG2 / Retinoic acid receptor alpha / Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者le Maire, A. / Guee, L. / Bourguet, W.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) ブラジル
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural Insights into the Interaction of the Intrinsically Disordered Co-activator TIF2 with Retinoic Acid Receptor Heterodimer (RXR/RAR).
著者: Senicourt, L. / le Maire, A. / Allemand, F. / Carvalho, J.E. / Guee, L. / Germain, P. / Schubert, M. / Bernado, P. / Bourguet, W. / Sibille, N.
履歴
登録2020年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Retinoic acid receptor alpha
C: Nuclear receptor coactivator 1
D: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5657
ポリマ－62,7584
非ポリマー8073
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.283, 108.283, 99.786
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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Retinoic acid receptor ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1 / Retinoid X receptor alpha


分子量: 26579.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rxra, Nr2b1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P28700
#2: タンパク質 Retinoic acid receptor alpha / RAR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group B member 1


分子量: 29967.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RARA, NR1B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P10276

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1 / NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal ...NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1


分子量: 3105.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase

-
非ポリマー , 4種, 16分子

#4: 化合物 ChemComp-LG2 / 6-[1-(3,5,5,8,8-PENTAMETHYL-5,6,7,8-TETRAHYDRONAPHTHALEN-2-YL)CYCLOPROPYL]PYRIDINE-3-CARBOXYLIC ACID / LG-100268


分子量: 363.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H29NO2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-EQN / 4-{[(5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)carbonyl]amino}benzoic acid / Am-580


分子量: 351.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25NO3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 24% PEG 3350, 0.2M Na acetate, 0.1M Bis Tris Propane pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→48.43 Å / Num. obs: 19916 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 60.09 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.83
反射 シェル解像度: 2.55→2.641 Å / Num. unique obs: 1960 / CC1/2: 0.651

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
PHASER1.17.1_3660位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1xdk + 3kmr

1xdk

3kmr


解像度: 2.55→48.43 Å / SU ML: 0.3712 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.8441
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2623 1995 10.02 %
Rwork0.205 17919 -
obs0.2109 19914 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→48.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3713 0 59 13 3785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00223853
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51045224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0366605
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003660
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4596523
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.610.35781380.29541247X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.680.32741460.28551251X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.760.37521370.2831256X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.850.34321480.27061264X-RAY DIFFRACTION99.93
2.85-2.950.3251300.27081259X-RAY DIFFRACTION99.93
2.95-3.070.33381350.26031261X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.210.28251420.25511247X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.380.36651440.24561274X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.590.30531390.23081280X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.870.26421420.19741286X-RAY DIFFRACTION100
3.87-4.260.2171460.17191273X-RAY DIFFRACTION99.93
4.26-4.880.20281440.15511294X-RAY DIFFRACTION99.93
4.88-6.140.24121460.20071324X-RAY DIFFRACTION100
6.14-48.430.2261580.17151403X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.52351542262-0.1168452008151.373483178264.57272788205-0.9459334842611.018096839120.403494228585-0.294440908871-0.974320102933-0.08614928146420.000634059809682-0.2693788187431.8009541888-0.7529342858990.02404130268810.799280500699-0.1197707429940.07117824049490.656132268614-0.0518474839160.67776622242921.6587202738-34.2359623679-5.72858842868
21.78333004181.091977075960.8015250068460.6211409282790.09663440109742.43405296501-0.5319638192740.3476436836520.693185141658-0.1201793977390.515462772174-0.291151493919-1.77070090271-1.6051950097-0.1903966610341.654168043350.1636799791630.07142245945961.665794752630.1470962769711.06049182296-0.31610471927-15.038889752-23.9165250473
33.056502489961.02166114827-0.2058342779952.992319869940.3432199065216.70966403253-0.1494948120720.0615350207667-0.258447924425-0.03395376657540.03056592201840.318258653758-0.0397571362253-2.50717560213-0.01880136927890.4635127086090.1047272472360.009208090616541.1124487628-0.07403651479150.5212313284788.94150134919-22.303303913-7.82921537849
43.98733551644-0.22982826215-0.2123154750543.931251231560.9384593683125.122866841410.2025959994120.1858242352630.0373889435353-0.0555067301701-0.2822326794610.13440398522-0.30557553021-0.5892519621380.05991260533170.4212977089840.0638315636708-0.04965409302190.477749587583-0.07133848610070.32643295659520.3299703376-18.89687157-4.77822132853
56.69547108908-2.403891099670.6793484284936.07369938525-2.666586038771.47542090138-0.5213952444-0.2775649247230.3895150131290.5135790748950.5055291633980.737587126037-0.95027011768-1.91984342457-0.04161009117750.7834384969370.4488893784420.0467190197371.46395469911-0.1408316600880.5131462708369.01204315354-13.5243428078-3.13288105161
66.53902916366-4.68019559085-3.288320923758.934238050943.053247043034.29043544412-0.36246533310.292530627977-0.01623931210350.6954845641390.197073091071-0.7369802329740.6634386535310.6441016720970.08194145141960.5239495020010.0862683366011-0.09932088881740.51459695203-0.08838198315080.63733118860943.7470802766-12.019134504211.2808314661
76.367401174640.208715238029-2.501834974943.734902016420.2356361924825.96134067050.153139909327-0.8383463886390.2936893512710.689329277517-0.1519257173330.4144542686890.06087127344940.0215874962601-0.06007397060520.538977064069-0.1212100398020.04104251021950.439184113203-0.03377611210650.49808220607923.07184391553.1269730087123.8576738342
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97.0275194561.63718027487-3.244688541962.404906496581.872522518655.677116734580.365896255918-0.137365300654-0.1630449078870.443770642173-0.2583940607420.06592718985870.10372666011-0.245257539341-0.1807701316590.511972372863-0.0523732094304-0.0612096614330.319350689621-0.03493536730920.43567223531525.3924161349-8.3772349083310.7903550726
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 225 through 241 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 242 through 263 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 264 through 330 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 331 through 413 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 414 through 456 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 175 through 198 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 199 through 245 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 246 through 302 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 303 through 344 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 345 through 370 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 371 through 415 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 686 through 696 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 689 through 695 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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