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- PDB-7amd: In situ assembly of choline acetyltransferase ligands by a hydrot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7amd
タイトルIn situ assembly of choline acetyltransferase ligands by a hydrothiolation reaction reveals key determinants for inhibitor design
要素Choline O-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / ChAT / inhibitor / AVP / hydrothiolation
機能・相同性
機能・相同性情報


choline O-acetyltransferase / choline O-acetyltransferase activity / acetylcholine biosynthetic process / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / phosphatidylcholine biosynthetic process / neuromuscular synaptic transmission / neurotransmitter transport / Synthesis of PC / neuron projection / synapse ...choline O-acetyltransferase / choline O-acetyltransferase activity / acetylcholine biosynthetic process / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / phosphatidylcholine biosynthetic process / neuromuscular synaptic transmission / neurotransmitter transport / Synthesis of PC / neuron projection / synapse / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acyltransferase ChoActase/COT/CPT / Choline/carnitine acyltransferase domain / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Choline/Carnitine o-acyltransferase / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 1. / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 2. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RMW / Choline O-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Allgardsson, A. / Ekstrom, F.J. / Wiktelius, D. / Bergstrom, T. / Hoster, N. / Akfur, C. / Forsgren, N. / Lejon, C. / Hedenstrom, M. / Linusson, A.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Other government スウェーデン
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: In Situ Assembly of Choline Acetyltransferase Ligands by a Hydrothiolation Reaction Reveals Key Determinants for Inhibitor Design.
著者: Wiktelius, D. / Allgardsson, A. / Bergstrom, T. / Hoster, N. / Akfur, C. / Forsgren, N. / Lejon, C. / Hedenstrom, M. / Linusson, A. / Ekstrom, F.
履歴
登録2020年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Choline O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1734
ポリマ－68,1131
非ポリマー1,0603
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area22630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.614, 71.836, 169.597
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 Choline O-acetyltransferase / Choline acetylase


分子量: 68113.352 Da / 分子数: 1 / 変異: E225A,E226A,E227A,K518A,E519A,K582A,E583A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHAT / プラスミド: pJ301 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28329, choline O-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-RMW / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{R})-2,2-dimethyl-4-[[3-[2-[(1~{R})-2-(1-methylpyridin-4-yl)-1-naphthalen-1-yl-ethyl]sulfanylethylamino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] hydrogen phosphate


分子量: 1013.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H52N8O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 10% (w/v) PEG 3350, 0.1M tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月25日 / 詳細: KB mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→45.92 Å / Num. obs: 32030 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 26.89 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Num. unique obs: 2939 / CC1/2: 0.862 / Rpim(I) all: 0.221 / Rrim(I) all: 0.493 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
XDSJan 26, 2018データ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX1.14_3260位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2FY2

2fy2


解像度: 2.25→45.92 Å / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.9053 / 詳細: TLS refinement was employed
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2104 1549 4.84 %Random selection
Rwork0.1773 ---
obs0.1789 31986 98.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→45.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4415 0 69 210 4694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00644593
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93226246
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.389707
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062800
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.43991663
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.320.25711510.20182735X-RAY DIFFRACTION99.55
2.32-2.410.25761170.19972773X-RAY DIFFRACTION99.66
2.41-2.50.241290.19432760X-RAY DIFFRACTION99.55
2.5-2.620.25811520.18652754X-RAY DIFFRACTION99.32
2.62-2.750.23991470.19022748X-RAY DIFFRACTION99.38
2.75-2.930.21991480.19252752X-RAY DIFFRACTION98.94
2.93-3.150.25261320.18632768X-RAY DIFFRACTION98.87
3.15-3.470.20631390.1732774X-RAY DIFFRACTION98.21
3.47-3.970.19811540.16072723X-RAY DIFFRACTION97.03
3.97-50.16351520.15592773X-RAY DIFFRACTION96.95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.35514404854-0.0663808205791-1.0863275642.75524184981.288655869263.610325410520.094800277558-0.379627802907-0.1031776544470.297384363097-0.03334592899690.1116435465280.0760904184553-0.0619602840985-0.04263217890530.202220600514-0.0226668138343-0.008469383796330.1929874083360.05175789511660.2105225680221.51734526571-7.3872825108786.8966277258
21.24068316730.555432732483-0.7392986690631.51626662309-1.189875596882.20141751007-0.03712065787350.140253875994-0.208679327546-0.03212582853930.00327715668441-0.07554240564160.175332806193-0.1225690181920.04355145356080.185277829385-0.0256987119854-0.02662289188090.252711144603-0.02929438056580.2408859858811.02283156642-3.9677285592466.8511238798
30.634465164391-0.272245796518-0.2670720809511.56741385012-1.648910841433.665952180460.1169916748440.201813573946-0.076080719452-0.0619502096173-0.0948335636602-0.00712843102830.3246039148360.3185427837590.01578237543690.2771060559250.00583266367262-0.01769253418320.324018202781-0.07249002726160.24815235963516.1969240132-4.0436767514750.7941851692
42.089272346660.355009662558-0.8519352933931.39131619813-0.3005424508191.5931047519-0.04687938335530.377860064757-0.0732975682579-0.3477147991770.07445634604210.127573385480.0957025185184-0.149404971836-0.01916320671820.2913618758430.00412682908768-0.05935971526750.347216697390.008594076260870.228252651802-0.8928986588198.5204991376943.8380682573
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61.72777347998-0.0474288182834-0.3153970084091.72552120888-0.1875102500892.301540127340.06351979614840.193614050251-0.0428393816407-0.206563321181-0.0002637997329550.0350143191407-0.04061178477120.0284052049816-0.05518213186790.223890671238-0.0150883711477-0.01828784672810.259403349173-0.01389300839370.1887617262858.753300265087.1688412909848.6168448938
79.05873159017-1.202561498844.935437874161.35539631014-0.6485228533914.06195837366-0.2969545968060.08187835654110.425326461329-0.008214059779360.07102332863920.124993879487-0.441986020368-0.2029051943160.1387244227210.264998711690.03486048896440.02169065968760.1980283497920.03070797992450.2360072679162.1144020025820.282074245260.8530711945
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 51 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 52 through 109 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 110 through 157 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 158 through 264 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 265 through 301 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 302 through 370 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 371 through 398 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 399 through 429 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 430 through 456 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 457 through 516 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 517 through 559 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 560 through 606 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 607 through 607 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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