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万見
- PDB-3ay3: Crystal structure of glucuronic acid dehydrogeanse from Chromohal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ay3
タイトルCrystal structure of glucuronic acid dehydrogeanse from Chromohalobacter salexigens
要素NAD-dependent epimerase/dehydratase
キーワードOXIDOREDUCTASE / glucuronic acid dehydrogeanse
機能・相同性NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / NAD-dependent epimerase/dehydratase
機能・相同性情報
生物種Chromohalobacter salexigens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ahn, J.-W. / Kim, S. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of glucuronic acid dehydrogenase [correction of dehydrogeanse] from Chromohalobacter salexigens
著者: Ahn, J.-W. / Lee, S.Y. / Kim, S. / Kim, S.M. / Lee, S.B. / Kim, K.-J.
履歴
登録2011年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent epimerase/dehydratase
B: NAD-dependent epimerase/dehydratase
C: NAD-dependent epimerase/dehydratase
D: NAD-dependent epimerase/dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,6934
ポリマ－117,6934
非ポリマー00
水7,314406
1
A: NAD-dependent epimerase/dehydratase
B: NAD-dependent epimerase/dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8462
ポリマ－58,8462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area21700 Å2
手法PISA
2
C: NAD-dependent epimerase/dehydratase
D: NAD-dependent epimerase/dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8462
ポリマ－58,8462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area21560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.762, 122.762, 150.476
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

#1: タンパク質
NAD-dependent epimerase/dehydratase / glucuronate dehydrogenase


分子量: 29423.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromohalobacter salexigens (バクテリア)
株: DSM 3043 / 遺伝子: Csal_2474 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q1QUN7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.77 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 8000, Ca(C2H3O2)2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 6C111.23985
シンクロトロンPAL/PLS 6C120.9795
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2009年11月20日
ADSC QUANTUM 2102CCD2010年4月11日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.239851
20.97951
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 80495 / Num. obs: 79652 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / % possible all: 88.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 6.805 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2886 3687 5 %RANDOM
Rwork0.2148 ---
obs0.2184 69412 97.8 %-
all-73099 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.12 Å2 / Biso mean: 35.6637 Å2 / Biso min: 13.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.63 Å2-0.82 Å20 Å2
2---1.63 Å20 Å2
3---2.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8240 0 0 406 8646
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0228440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7841.94811480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.30251060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.63623.838396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.358151332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8281560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.21248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8571.55284
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45428468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4933156
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5864.53012
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 264 -
Rwork0.269 4721 -
all-4985 -
obs--89.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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