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- PDB-7am6: Crystal structure of Peptiligase mutant - L217H/M222P/A225N/F189W -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7am6
タイトルCrystal structure of Peptiligase mutant - L217H/M222P/A225N/F189W
要素
  • (Subtilisin BPN') x 2
  • LEU-PRO-GLU-GLY-SER-PRO-VAL-THR-ASP-LEU-ARG-TYR
キーワードLIGASE / subtilisin / peptide ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


subtilisin / sporulation resulting in formation of a cellular spore / fibrinolysis / serine-type endopeptidase inhibitor activity / response to wounding / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / : / Fervidolysin N-terminal prodomain / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site ...Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / : / Fervidolysin N-terminal prodomain / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family
類似検索 - ドメイン・相同性
D(-)-TARTARIC ACID / Subtilisin BPN' / Eglin C
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
Hirudo medicinalis (医用ビル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rozeboom, H.J. / Janssen, D.J.
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: From thiol-subtilisin to omniligase: Design and structure of a broadly applicable peptide ligase.
著者: Toplak, A. / Teixeira de Oliveira, E.F. / Schmidt, M. / Rozeboom, H.J. / Wijma, H.J. / Meekels, L.K.M. / de Visser, R. / Janssen, D.B. / Nuijens, T.
履歴
登録2020年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Subtilisin BPN'
B: Subtilisin BPN'
C: Subtilisin BPN'
P: LEU-PRO-GLU-GLY-SER-PRO-VAL-THR-ASP-LEU-ARG-TYR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,05214
ポリマ－84,0154
非ポリマー1,03710
水81145
1
A: Subtilisin BPN'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6162
ポリマ－27,5231
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Subtilisin BPN'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1187
ポリマ－27,5071
非ポリマー6116
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Subtilisin BPN'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8584
ポリマ－27,5231
非ポリマー3343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
P: LEU-PRO-GLU-GLY-SER-PRO-VAL-THR-ASP-LEU-ARG-TYR


  • 登録者が定義した集合体
  • 1.46 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,4611
ポリマ－1,4611
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.440, 105.440, 192.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNAA1 - 2751 - 266
21GLNGLNBB1 - 2751 - 266
12HISHISAA1 - 2761 - 267
22HISHISCC1 - 2761 - 267
13HISHISBB1 - 2781 - 269
23HISHISCC1 - 2781 - 269

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 3分子 ACB

#1: タンパク質 Subtilisin BPN' / Alkaline protease / Subtilisin DFE / Subtilisin Novo


分子量: 27523.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
参照: UniProt: P00782, subtilisin
#2: タンパク質 Subtilisin BPN' / Alkaline protease / Subtilisin DFE / Subtilisin Novo


分子量: 27507.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
参照: UniProt: P00782, subtilisin

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド LEU-PRO-GLU-GLY-SER-PRO-VAL-THR-ASP-LEU-ARG-TYR


分子量: 1460.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Eglin C fragment / 由来: (合成) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 参照: UniProt: P01051*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 55分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.3 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.2 -1.8 M ammonium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年12月17日
放射モノクロメーター: HELIOS MX MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→64.03 Å / Num. obs: 29451 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.969 / Rmerge(I) obs: 0.282 / Rpim(I) all: 0.122 / Rrim(I) all: 0.309 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 161792 / Scaling rejects: 126
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 1.137 / Num. unique obs: 3710 / CC1/2: 0.369 / Rpim(I) all: 0.494 / Rrim(I) all: 1.247 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1292111626

解像度: 2.7→58.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 31.932 / SU ML: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.667 / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2523 1458 5 %RANDOM
Rwork0.2122 ---
obs0.2143 27937 96.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.81 Å2 / Biso mean: 39.967 Å2 / Biso min: 7.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å2-0 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→58.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5728 0 68 45 5841
Biso mean--58.97 23.18 -
残基数----810
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0135915
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175271
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6861.628072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3261.56912289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7245805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.77425.171205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.9615808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.31156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021069
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A80120.08
12B80120.08
21A76560.12
22C76560.12
31B77080.12
32C77080.12
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 101 -
Rwork0.338 1959 -
all-2060 -
obs--93.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.64590.6694-0.89161.3301-0.05511.9176-0.07910.33120.0057-0.11450.14130.0248-0.0913-0.0448-0.06220.1525-0.03010.00680.19620.01680.0053-23.108631.5194-10.7261
21.2166-0.21040.14151.4343-0.09491.74080.0247-0.1205-0.05370.0818-0.0796-0.0552-0.01410.07920.05490.1392-0.0373-0.02350.16030.06210.0255-40.491610.665422.7696
31.868-0.2095-0.0841.83250.06011.99560.07190.1787-0.3496-0.03360.0338-0.25740.21080.2513-0.10570.14250.0427-0.00250.172-0.08390.1706-30.0012-3.2618-11.3915
413.1798-6.57056.120920.7241-9.47775.53760.0313-0.50950.7923-1.7132-0.2785-1.50690.6977-0.03860.24730.26680.04690.01780.2388-0.01510.9755-20.6111-6.9176-1.4445
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 278
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 278
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 278
4X-RAY DIFFRACTION4P72 - 78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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