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- PDB-7am1: Structure of yeast Ssd1, a pseudonuclease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7am1
タイトルStructure of yeast Ssd1, a pseudonuclease
要素Protein SSD1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / stress response / Ssd1 / pseudonuclease / RNB family
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of fungal-type cell wall organization / cellular bud / intracellular mRNA localization / cellular bud neck / regulation of G1 to G0 transition / mRNA catabolic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / P-body / mRNA 5'-UTR binding ...regulation of fungal-type cell wall organization / cellular bud / intracellular mRNA localization / cellular bud neck / regulation of G1 to G0 transition / mRNA catabolic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / P-body / mRNA 5'-UTR binding / cytoplasmic stress granule / 3'-5'-RNA exonuclease activity / negative regulation of translation / cell division / mRNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DIS3-like exonuclease 2, C-terminal / DIS3-like exonuclease 2 C terminal / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / : / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cook, A.G. / Jayachandran, U.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust200898/Z/16/Z 英国
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Yeast Ssd1 is a non-enzymatic member of the RNase II family with an alternative RNA recognition site.
著者: Bayne, R.A. / Jayachandran, U. / Kasprowicz, A. / Bresson, S. / Tollervey, D. / Wallace, E.W.J. / Cook, A.G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W.
履歴
登録2020年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein SSD1
B: Protein SSD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,6148
ポリマ－206,3012
非ポリマー1,3146
水10,142563
1
A: Protein SSD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,8654
ポリマ－103,1501
非ポリマー7153
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein SSD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7494
ポリマ－103,1501
非ポリマー5993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.463, 74.003, 106.467
Angle α, β, γ (deg.)91.274, 91.802, 117.647
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERVALVAL(chain 'A' and ((resid 338 through 339 and (name N...AA338 - 4134 - 79
12ASNASNLEULEU(chain 'A' and ((resid 338 through 339 and (name N...AA485 - 490151 - 156
13ARGARGGLUGLU(chain 'A' and ((resid 338 through 339 and (name N...AA500 - 527166 - 193
14LYSLYSLEULEU(chain 'A' and ((resid 338 through 339 and (name N...AA536 - 561202 - 227
15PROPROPHEPHE(chain 'A' and ((resid 338 through 339 and (name N...AA579 - 1144245 - 810
16SERSERPROPRO(chain 'A' and ((resid 338 through 339 and (name N...AA1146 - 1187812 - 853
17GLNGLNMETMET(chain 'A' and ((resid 338 through 339 and (name N...AA1194 - 1247860 - 913
28SERSERVALVAL(chain 'B' and (resid 338 through 348 or (resid 349...BB338 - 4134 - 79
29ASNASNLEULEU(chain 'B' and (resid 338 through 348 or (resid 349...BB485 - 490151 - 156
210ARGARGGLUGLU(chain 'B' and (resid 338 through 348 or (resid 349...BB500 - 527166 - 193
211LYSLYSLEULEU(chain 'B' and (resid 338 through 348 or (resid 349...BB536 - 561202 - 227
212PROPROPHEPHE(chain 'B' and (resid 338 through 348 or (resid 349...BB579 - 1144245 - 810
213SERSERPROPRO(chain 'B' and (resid 338 through 348 or (resid 349...BB1146 - 1187812 - 853
214GLNGLNMETMET(chain 'B' and (resid 338 through 348 or (resid 349...BB1194 - 1247860 - 913

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要素

#1: タンパク質 Protein SSD1 / Protein SRK1


分子量: 103150.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SSD1, CLA1, RLD1, SRK1, YDR293C, D9819.4 / プラスミド: pEC / 詳細 (発現宿主): pET-based vector / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P24276
#2: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 25% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→61.46 Å / Num. obs: 144175 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 37.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
4.986-106.3222.690.02926.77579720.99820.0210.03697.54
3.958-4.9862.760.03225.2278960.99770.0220.0496.45
3.457-3.9582.540.03819.85478580.99710.0270.04796.08
3.141-3.4572.730.05115.70578790.9960.0360.06396.32
2.916-3.1412.780.08211.97179080.99440.0470.08296.64
2.744-2.9162.810.0899.20679380.9910.0610.10897.2
2.607-2.7442.60.1097.08979830.98710.0780.13597.37
2.493-2.6072.540.1335.70478940.98060.0960.16496.99
2.397-2.4932.710.1634.97379430.9750.1150.20196.96
2.314-2.3972.730.2094.00779190.96440.1480.25897.42
2.242-2.3142.750.2483.42779550.95510.1750.30596.95
2.178-2.2422.760.2912.96279180.93650.2060.35997.07
2.121-2.1782.790.3612.52279490.90720.2550.44497
2.069-2.1212.630.4551.86879870.86460.3280.56496.87
2.022-2.0692.630.5731.5178840.79390.4160.71296.52
1.979-2.0222.520.6841.23678690.71760.5040.85496.59
1.939-1.9792.660.9080.98878950.64750.6571.12796.78
1.903-1.9392.691.1010.83179430.55790.7971.36696.76

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VNU, 4PMW

2vnu

4pmw


解像度: 1.9→61.46 Å / SU ML: 0.2603 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.097 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2239 7109 4.99 %
Rwork0.205 135250 -
obs0.206 142359 96.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→61.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12398 0 43 563 13004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003612680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.655817246
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04482033
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00372234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.19677718
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.920.43312140.46624530X-RAY DIFFRACTION96.4
1.92-1.950.44091950.43134484X-RAY DIFFRACTION95.63
1.95-1.970.40971830.41784513X-RAY DIFFRACTION96.84
1.97-20.38171910.39014573X-RAY DIFFRACTION96.63
2-2.020.38412130.36934536X-RAY DIFFRACTION96.68
2.02-2.050.39062280.3434550X-RAY DIFFRACTION96.27
2.05-2.080.34352230.32494497X-RAY DIFFRACTION96.76
2.08-2.110.33542380.30254502X-RAY DIFFRACTION96.6
2.11-2.140.30392050.27424531X-RAY DIFFRACTION97.15
2.14-2.180.27282420.2634560X-RAY DIFFRACTION96.76
2.18-2.220.26472260.25914459X-RAY DIFFRACTION97.36
2.22-2.260.25192010.25164616X-RAY DIFFRACTION96.9
2.26-2.30.28092320.24734497X-RAY DIFFRACTION96.97
2.3-2.350.27652380.23094484X-RAY DIFFRACTION96.98
2.35-2.40.27492430.22774565X-RAY DIFFRACTION97.19
2.4-2.450.25812130.20784515X-RAY DIFFRACTION96.91
2.45-2.510.23442090.20744563X-RAY DIFFRACTION97.05
2.51-2.580.26082270.20334519X-RAY DIFFRACTION96.72
2.58-2.660.23573000.20394528X-RAY DIFFRACTION97.38
2.66-2.740.23592970.20544422X-RAY DIFFRACTION97.12
2.74-2.840.24952850.20834475X-RAY DIFFRACTION97.16
2.84-2.960.25493010.2164458X-RAY DIFFRACTION96.89
2.96-3.090.23832970.21044437X-RAY DIFFRACTION96.71
3.09-3.250.22012820.20124457X-RAY DIFFRACTION96.58
3.25-3.460.23852080.19614507X-RAY DIFFRACTION96.17
3.46-3.720.19152430.17884456X-RAY DIFFRACTION95.66
3.72-4.10.16622550.16174508X-RAY DIFFRACTION96.51
4.1-4.690.15312980.13844394X-RAY DIFFRACTION96.54
4.69-5.910.18332020.16214555X-RAY DIFFRACTION96.82
5.91-61.460.19662200.18684559X-RAY DIFFRACTION97.37
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.69596124998-0.951596915815-0.0790858362552.226730520220.4245703683781.47960539595-0.2448978237660.03503364580040.0649164716090.4945063643010.202006771181-0.1029582523490.4325736542360.0982212973427-0.06305128739790.6404882741820.0576012083211-0.05219723164890.369426399556-0.02359549273620.42682749951821.3172720627-86.7184094368-69.9207662074
20.335876869524-0.05173931045320.4208640908121.079023856820.6457772248241.519729325720.09584628623430.121351765381-0.291396933930.0667692936060.0761786757147-0.5882738096620.1954823986240.327274104101-0.1211673092470.4140181191370.0448673667615-0.03721626885590.476002745044-0.04712513794980.57891060762830.745625076-79.9127723016-90.0747807638
30.636538232417-0.232332155061-0.1583902528361.503195810020.5782614491291.5071748703-0.153493270992-0.06106267600110.08680335676190.2179356900170.0766209416852-0.0015858529806-0.224659704822-0.0553844335660.0827958565910.4408089625030.0406782976899-0.05578743299330.322486949239-0.01971507682340.3663813647413.7001922363-54.5036212513-67.3822008307
4-0.0699478169547-0.439840045222-0.147301141431.037959880580.4506807757141.8039828036-0.00905595178817-0.0157861503104-0.03985295345360.04986254628630.00944677555961-0.0365133316833-0.0454113214460.04601528371950.01604196346210.335090709563-0.0171709302556-0.02688720158580.355982639219-0.009973067963470.36815861361717.3881108597-71.5994631031-85.1364046851
51.36082570589-0.105473854652-0.1175267860441.19959496672-0.007522879807822.35680454339-0.03756621365360.144341378902-0.0175020498257-0.2027145877330.0467957887257-0.1374463101880.1492576993280.408355343589-0.076277766020.496137527098-0.007682995678940.04459700361560.488195958274-0.06342479491380.42457270262128.0860373422-79.1541839231-105.099654556
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 336 through 413 ) or chain 'A' and (resid 541 through 675)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 414 through 540 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 676 through 1022 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1023 through 1097 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1098 through 1135 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1136 through 1248 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 338 through 415 ) or chain 'B' and (resid 541 through 675)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 676 through 1022 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1023 through 1135 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1136 through 1249 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 416 through 540)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る