PDB-7am0: GqqA- a novel type of quorum quenching acylases

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7am0

タイトル

GqqA- a novel type of quorum quenching acylases

要素

Prephenate dehydratase

キーワード

HYDROLASE / Quorum Quenching / Acylase

機能・相同性

機能・相同性情報

prephenate dehydratase / prephenate dehydratase activity / chorismate mutase activity / L-phenylalanine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Komagataeibacter europaeus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Werner, N. / Betzel, C.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: The Komagataeibacter europaeus GqqA is the prototype of a novel bifunctional N-Acyl-homoserine lactone acylase with prephenate dehydratase activity.
著者: Werner, N. / Petersen, K. / Vollstedt, C. / Garcia, P.P. / Chow, J. / Ferrer, M. / Fernandez-Lopez, L. / Falke, S. / Perbandt, M. / Hinrichs, W. / Betzel, C. / Streit, W.R.

履歴

登録	2020年10月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7am0.cif.gz	430.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7am0.ent.gz	360.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7am0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/7am0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/7am0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7alzSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6m01-d 7am0-2 3pum-d 3i39-d 4udx-d 5f4j-1 2qs3-2 2qs2-1 2f35-3 5jjq-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (2) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (2) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (2)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (2)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Prephenate dehydratase

B: Prephenate dehydratase

C: Prephenate dehydratase

D: Prephenate dehydratase

ヘテロ分子

123 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Prephenate dehydratase

B: Prephenate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
61.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Prephenate dehydratase

D: Prephenate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.872, 65.760, 102.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.27, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Prephenate dehydratase / GqqA 分子量: 30545.850 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Komagataeibacter europaeus (バクテリア) 遺伝子: pheA, KOEU_05990 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M0ELU2, prephenate dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.18 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.8 M Sodium succinate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→49.35 Å / Num. obs: 34461 / % possible obs: 99.44 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 29.35
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 6.9 % / Num. unique obs: 3364 / CC_1/2: 0.96 / R_rim(I) all: 0.52 / % possible all: 98.53

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7ALZ

7alz

解像度: 2.5→49.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 35.138 / SU ML: 0.346 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.364 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27735	2000	5.8 %	RANDOM
R_work	0.23174	-	-	-
obs	0.23434	32460	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	-0 Å²	-0.29 Å²
2-	-	0.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8497	0	0	57	8554

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.018	8691
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8118
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.154	1.881	11813
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.043	2.936	18718
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.028	5	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.651	22.595	393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.14	15	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.914	15	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	9820
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.587	3.452	4431
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.587	3.452	4430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.715	5.174	5523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.715	5.174	5524
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.373	3.613	4260
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.372	3.612	4260
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.338	5.362	6290
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.04	41.345	9090
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.035	41.321	9086

LS精密化シェル

解像度: 2.503→2.568 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.367	144	-
R_work	0.307	2331	-
obs	-	-	98.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7322	0.5071	1.2366	1.3203	0.3513	1.7541	-0.0703	-0.0321	0.2002	-0.0171	-0.0219	0.0235	0.0635	-0.023	0.0922	0.2881	0.019	-0.1528	0.5765	0.0042	0.0938	13.81	28.272	-1.188
2	1.7703	0.0898	-0.139	1.7798	0.4643	3.2125	-0.0167	0.2521	-0.1264	-0.2122	0.1956	-0.0045	0.0797	0.0418	-0.1789	0.2405	-0.0173	-0.1801	0.5164	-0.0216	0.1632	26.055	12.826	-6.449
3	0.6369	-0.3345	-0.0879	0.8381	-0.8357	5.0234	0.041	0.0202	-0.0162	-0.1572	-0.1653	-0.1119	0.0587	0.4615	0.1243	0.4299	0.0279	-0.2128	0.8415	-0.0489	0.1717	53.607	16.658	49.838
4	1.8311	0.5434	1.7143	1.4687	1.4265	6.0565	0.0111	0.1903	0.0158	-0.1378	-0.0912	0.0105	-0.1539	-0.2684	0.0802	0.3882	0.0934	-0.1987	0.7701	-0.0026	0.1894	37.148	26.618	56.201

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 5:281 OR RESID 301:301 ) )	A	5 - 281
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 5:281 OR RESID 301:301 ) )	A	301
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 4:281 OR RESID 301:301 ) )	B	4 - 281
4	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 4:281 OR RESID 301:301 ) )	B	301
5	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND ( RESID 5:279 OR RESID 301:301 ) )	C	5 - 279
6	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND ( RESID 5:279 OR RESID 301:301 ) )	C	301
7	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND ( RESID 4:281 OR RESID 301:301 ) )	D	4 - 281
8	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND ( RESID 4:281 OR RESID 301:301 ) )	D	301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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