+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7alq | |||||||||
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Title | human GCH-GFRP inhibitory complex 7-deaza-GTP bound | |||||||||
Components | (GTP cyclohydrolase ...GTP cyclohydrolase I) x 2 | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / GTP cyclohydrolase 1 / GTPCH1 / GTP cyclohydrolase I regulatory protein / GFRP / allosteric regulation / complex / allosteric regulator | |||||||||
Function / homology | Function and homology information GTP cyclohydrolase binding / pteridine-containing compound biosynthetic process / regulation of lung blood pressure / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I activity / : / neuromuscular process controlling posture / negative regulation of biosynthetic process / regulation of removal of superoxide radicals / GTP-dependent protein binding ...GTP cyclohydrolase binding / pteridine-containing compound biosynthetic process / regulation of lung blood pressure / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I activity / : / neuromuscular process controlling posture / negative regulation of biosynthetic process / regulation of removal of superoxide radicals / GTP-dependent protein binding / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / neuron projection terminus / regulation of nitric oxide biosynthetic process / dopamine biosynthetic process / mitogen-activated protein kinase binding / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / response to pain / positive regulation of heart rate / response to type II interferon / negative regulation of cellular senescence / response to tumor necrosis factor / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / tetrahydrofolate biosynthetic process / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / regulation of blood pressure / vasodilation / positive regulation of neuron apoptotic process / melanosome / cytoplasmic vesicle / protein-containing complex assembly / nuclear membrane / response to lipopolysaccharide / GTPase activity / dendrite / calcium ion binding / protein-containing complex binding / GTP binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.205 Å | |||||||||
Authors | Ebenhoch, R. / Nar, H. | |||||||||
Citation | Journal: J.Struct.Biol. / Year: 2021 Title: Biophysical and structural investigation of the regulation of human GTP cyclohydrolase I by its regulatory protein GFRP. Authors: Ebenhoch, R. / Bauer, M. / Reinert, D. / Kersting, A. / Huber, S. / Schmid, A. / Hinz, I. / Feiler, M. / Muller, K. / Nar, H. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7alq.cif.gz | 2.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7alq.ent.gz | 1.9 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7alq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/7alq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/7alq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1wplS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-GTP cyclohydrolase ... , 2 types, 40 molecules ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTabcdefghij...
#1: Protein | Mass: 23473.984 Da / Num. of mol.: 20 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: GCH1, DYT5, GCH / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P30793, GTP cyclohydrolase I #2: Protein | Mass: 9992.483 Da / Num. of mol.: 20 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: GCHFR, GFRP / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P30047 |
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-Non-polymers , 5 types, 2195 molecules
#3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-QBQ / #5: Chemical | ChemComp-HBI / #6: Chemical | ChemComp-K / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.2 M Sodium malonate pH 7.0; 20% w/v PEG3350 (Index H03) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.99988 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Mar 21, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99988 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.205→182.47 Å / Num. obs: 223947 / % possible obs: 93.9 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 43.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 9.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.205→2.464 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.902 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 11196 / Rsym value: 0.902 / % possible all: 69 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1WPL Resolution: 2.205→182.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU R Cruickshank DPI: 0.537 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.513 / SU Rfree Blow DPI: 0.256 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.26 Details: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION. REFINEMENT NOTES. NUMBER OF REFINEMENT NOTES : 1 NOTE 1 : IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
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Displacement parameters | Biso max: 110.59 Å2 / Biso mean: 45.83 Å2 / Biso min: 14.73 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.205→182.47 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.21→2.37 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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