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- PDB-7al5: Crystal structure of the selenomethionine substituted hypothetica... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7al5
タイトルCrystal structure of the selenomethionine substituted hypothetical protein PA1622 from Pseudomonas aeruginosa PAO1
要素Probable hydrolase
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Esterase fold / hypothetical protein / Pseudomonas aeruginosa PAO1 / possible drug target / selenomethionine / Alpha/Beta hydrolase fold / Putative lipolytic enzyme
機能・相同性: / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Probable hydrolase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Feiler, C.G. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the selenomethionine substituted hypothetical protein PA1622 from Pseudomonas aeruginosa PAO1
著者: Feiler, C.G. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2020年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable hydrolase
B: Probable hydrolase
C: Probable hydrolase
D: Probable hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,1679
ポリマ－126,6504
非ポリマー5175
水10,215567
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13340 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area43510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.308, 136.308, 148.211
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Probable hydrolase


分子量: 31662.555 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA1622 / プラスミド: P10$ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I3A0

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非ポリマー , 5種, 572分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES pH7 5% PEG 6000 / PH範囲: 6.8 - 7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月14日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→19.93 Å / Num. obs: 59611 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 22.9 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.43 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.45 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.42→2.48 Å / Rmerge(I) obs: 2.555 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4580 / CC1/2: 0.4 / Rpim(I) all: 0.633 / Rrim(I) all: 2.711 / Χ2: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.42→19.93 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2304 2946 4.95 %
Rwork0.1638 --
obs0.1671 59516 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8747 0 34 569 9350
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0148977
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7512167
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.4621249
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111581
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.42-2.450.36831380.28392585X-RAY DIFFRACTION95
2.45-2.50.29791690.25222640X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.540.29141510.23532689X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.590.25011250.21932687X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.640.30421080.20792714X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.70.31481620.21072675X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.760.24971380.19942692X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.830.30031300.19242705X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.910.25071290.17282702X-RAY DIFFRACTION100
2.91-2.990.24791220.17572697X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.090.25331360.17052713X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.20.23031430.17422699X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.330.26581380.16852707X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.480.21471490.1482685X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.660.22161330.14232707X-RAY DIFFRACTION100
3.66-3.890.20931530.13612694X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.190.18341510.12512682X-RAY DIFFRACTION100
4.19-4.60.18281540.12092694X-RAY DIFFRACTION100
4.6-5.260.17191410.12182738X-RAY DIFFRACTION100
5.26-6.580.21021380.16332709X-RAY DIFFRACTION100
6.59-19.930.20511380.15672756X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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