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- PDB-7akw: Crystal structure of the viral rhodopsins chimera O1O2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7akw
タイトルCrystal structure of the viral rhodopsins chimera O1O2
要素chimera of viral rhodopsins OLPVR1 and OLPVRII
キーワードMEMBRANE PROTEIN / rhodopsin / viral rhodopsin / giant virus / ion channel / retinal / ion transport / light-gated channel / channelrhodopsin / bacteriorhodopsin
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / monoatomic ion channel activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
EICOSANE / RETINAL / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Organic Lake phycodnavirus (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Kovalev, K. / Zabelskii, D. / Alekseev, A. / Astashkin, R. / Gordeliy, V.
資金援助 フランス, ロシア, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE11-0026 フランス
Russian Foundation for Basic Research21-54-12020 ロシア
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology (GRAL)ANR-10-INBS-05-02 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Viral rhodopsins 1 are an unique family of light-gated cation channels.
著者: Zabelskii, D. / Alekseev, A. / Kovalev, K. / Rankovic, V. / Balandin, T. / Soloviov, D. / Bratanov, D. / Savelyeva, E. / Podolyak, E. / Volkov, D. / Vaganova, S. / Astashkin, R. / Chizhov, I. ...著者: Zabelskii, D. / Alekseev, A. / Kovalev, K. / Rankovic, V. / Balandin, T. / Soloviov, D. / Bratanov, D. / Savelyeva, E. / Podolyak, E. / Volkov, D. / Vaganova, S. / Astashkin, R. / Chizhov, I. / Yutin, N. / Rulev, M. / Popov, A. / Eria-Oliveira, A.S. / Rokitskaya, T. / Mager, T. / Antonenko, Y. / Rosselli, R. / Armeev, G. / Shaitan, K. / Vivaudou, M. / Buldt, G. / Rogachev, A. / Rodriguez-Valera, F. / Kirpichnikov, M. / Moser, T. / Offenhausser, A. / Willbold, D. / Koonin, E. / Bamberg, E. / Gordeliy, V.
履歴
登録2020年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: chimera of viral rhodopsins OLPVR1 and OLPVRII
B: chimera of viral rhodopsins OLPVR1 and OLPVRII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8066
ポリマ－53,6722
非ポリマー1,1344
水93752
1
A: chimera of viral rhodopsins OLPVR1 and OLPVRII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4033
ポリマ－26,8361
非ポリマー5672
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: chimera of viral rhodopsins OLPVR1 and OLPVRII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4033
ポリマ－26,8361
非ポリマー5672
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.405, 103.396, 111.381
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.320, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 chimera of viral rhodopsins OLPVR1 and OLPVRII


分子量: 26835.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Organic Lake phycodnavirus (環境試料)
遺伝子: 162281038 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2Y337
#2: 化合物 ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#3: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C20H28O
由来: (組換発現) Organic Lake phycodnavirus (環境試料)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.6 / 詳細: 1.8 M Na2HPO4/KH2PO4 (pH 4.6)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→41.33 Å / Num. obs: 36098 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 126043
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.4 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.96-21.191839324480.5080.7421.4070.995.4
8.97-41.330.02112933820.9990.0130.02551.397.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6sqg

6sqg


解像度: 1.96→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 5.267 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2458 1776 4.9 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.2041 34293 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 133.78 Å2 / Biso mean: 41.622 Å2 / Biso min: 25.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å20 Å22.21 Å2
2---1.17 Å20 Å2
3---2.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.96→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3777 0 32 52 3861
Biso mean--58.11 42.54 -
残基数----444
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0133961
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0531.645372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1571.5728623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8815450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.76822.873181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.55515656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.803158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02940
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.007 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 115 -
Rwork-2434 -
obs--95.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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