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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ake | ||||||
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タイトル | Structure of DYRK1A in complex with compound 58 | ||||||
![]() | Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A | ||||||
![]() | TRANSFERASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / PHOSPHOPROTEIN / KINASE SELECTIVITY / SBDD / SMALL MOLECULE INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / amyloid-beta formation ...histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / amyloid-beta formation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / G0 and Early G1 / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cytoskeletal protein binding / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / tubulin binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / positive regulation of RNA splicing / peptidyl-threonine phosphorylation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / tau protein binding / circadian rhythm / peptidyl-tyrosine phosphorylation / : / nervous system development / actin binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / transcription coactivator activity / cytoskeleton / protein kinase activity / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / axon / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dokurno, P. / Surgenor, A.E. / Kotschy, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-Guided Discovery of Potent and Selective DYRK1A Inhibitors. 著者: Weber, C. / Sipos, M. / Paczal, A. / Balint, B. / Kun, V. / Foloppe, N. / Dokurno, P. / Massey, A.J. / Walmsley, D.L. / Hubbard, R.E. / Murray, J. / Benwell, K. / Edmonds, T. / Demarles, D. / ...著者: Weber, C. / Sipos, M. / Paczal, A. / Balint, B. / Kun, V. / Foloppe, N. / Dokurno, P. / Massey, A.J. / Walmsley, D.L. / Hubbard, R.E. / Murray, J. / Benwell, K. / Edmonds, T. / Demarles, D. / Bruno, A. / Burbridge, M. / Cruzalegui, F. / Kotschy, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 120.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7aj2C ![]() 7aj4C ![]() 7aj5C ![]() 7aj7C ![]() 7aj8C ![]() 7ajaC ![]() 7ajmC ![]() 7ajsC ![]() 7ajvC ![]() 7ajwC ![]() 7ajyC ![]() 7ak2C ![]() 7akaC ![]() 7akbC ![]() 7akfC ![]() 7akhC ![]() 7aklC ![]() 2vx3S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 142 - 481 / Label seq-ID: 16 - 355
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41647.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.82 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Hepes buffer pH 7.5, 0.2M ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.23→85 Å / Num. obs: 34961 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.23→2.29 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 1.29 / Num. unique obs: 498 / % possible all: 17.5 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2vx3 解像度: 2.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.831 / SU B: 9.554 / SU ML: 0.229 / SU R Cruickshank DPI: 0.4217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.422 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.34 Å2 / Biso mean: 34.217 Å2 / Biso min: 12.43 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→25 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 9993 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.17 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.423 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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