PDB-7ajx: The X-ray Structure of L,D-transpeptidase LdtA from Vibrio choler...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ajx

タイトル

The X-ray Structure of L,D-transpeptidase LdtA from Vibrio cholerae in complex with meropenem

要素

L,D-transpeptidase YcbB

キーワード

TRANSFERASE / L / D-transpeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan biosynthetic process / carboxypeptidase activity / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Batuecas, M.T. / Hermoso, J.A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The X-ray Structure of L,D-transpeptidase LdtA from Vibrio cholerae in complex with meropenem
著者: Batuecas, M.T. / Hermoso, J.A.

履歴

登録	2020年9月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ajx.cif.gz	121.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ajx.ent.gz	88.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ajx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ajx_validation.pdf.gz	715.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ajx_full_validation.pdf.gz	720.4 KB	表示
XML形式データ	7ajx_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	7ajx_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/7ajx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/7ajx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7aj9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7kgm-d 7kgn-d 7aj9-2 7ajo-d 4g07-d 7ajz-1 7ajz-2 5znk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (4)

登録構造単位

A: L,D-transpeptidase YcbB

ヘテロ分子

60.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.877, 101.224, 115.285
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	L,D-transpeptidase YcbB 分子量: 60418.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) 遺伝子: ERS013138_01558, ERS013186_00077, ERS013206_00149 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A655UKB5
#2: 化合物	ChemComp-MXR / (2S,3R,4S)-4-{[(3S,5R)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-2-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-3-methyl-3,4-dihydro-2H-pyrrole-5-carboxylic acid / meropenem bound form (tautomerism) 分子量: 385.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₇H₂₇N₃O₅S / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) 遺伝子: ERS013138_01558, ERS013186_00077, ERS013206_00149 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.69 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1M HEPES pH 7 + 10% PEG 8000 + 10% Ethylene Glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97916 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→46.386 Å / Num. obs: 22790 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.55→2.66 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2750 / CC_1/2: 0.516 / R_pim(I) all: 1.038 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7AJ9

7aj9

解像度: 2.55→46.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 16.229 / SU ML: 0.316 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.473 / ESU R Free: 0.3 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	1104	4.856 %
R_work	0.209	21633	-
all	0.212	-	-
obs	-	22737	99.838 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.039 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.689 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.087 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.602 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→46.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3992	0	4	75	4071

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	4099
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3820
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.452	1.657	5590
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.188	1.583	8783
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.293	5	489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.661	23.013	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.968	15	640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.052	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	533
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4655
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	959
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	778
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	3449
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	1943
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.191	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.14	6.492	1959
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.139	6.489	1957
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.335	9.737	2447
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.335	9.737	2447
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.704	7.062	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.703	7.062	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.476	10.395	3143
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.475	10.395	3144
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.491	74.762	4390
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.49	74.756	4390

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.616	0.41	73	0.378	1578	X-RAY DIFFRACTION	99.9395
2.616-2.688	0.353	84	0.351	1537	X-RAY DIFFRACTION	99.8153
2.688-2.766	0.364	96	0.332	1461	X-RAY DIFFRACTION	99.9358
2.766-2.851	0.305	79	0.328	1443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.851-2.944	0.378	88	0.291	1381	X-RAY DIFFRACTION	99.5257
2.944-3.047	0.365	66	0.27	1381	X-RAY DIFFRACTION	100
3.047-3.162	0.278	71	0.245	1304	X-RAY DIFFRACTION	99.8548
3.162-3.291	0.281	57	0.218	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
3.291-3.437	0.266	69	0.205	1215	X-RAY DIFFRACTION	100
3.437-3.604	0.29	54	0.183	1188	X-RAY DIFFRACTION	100
3.604-3.799	0.254	55	0.181	1105	X-RAY DIFFRACTION	99.9139
3.799-4.029	0.222	51	0.165	1064	X-RAY DIFFRACTION	100
4.029-4.306	0.257	47	0.177	1001	X-RAY DIFFRACTION	100
4.306-4.65	0.234	45	0.156	944	X-RAY DIFFRACTION	100
4.65-5.091	0.233	40	0.174	859	X-RAY DIFFRACTION	99.778
5.091-5.689	0.224	42	0.193	796	X-RAY DIFFRACTION	100
5.689-6.563	0.314	31	0.217	703	X-RAY DIFFRACTION	99.8639
6.563-8.023	0.298	22	0.189	618	X-RAY DIFFRACTION	99.844
8.023-11.284	0.128	21	0.149	486	X-RAY DIFFRACTION	99.2172
11.284-46.34	0.267	13	0.223	286	X-RAY DIFFRACTION	95.5272

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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