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- PDB-7aif: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND L-GLUTAMATE TENO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aif
タイトルHIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND L-GLUTAMATE TENOFOVIR WITH BOUND MANGANESE
要素
  • (Gag-Pol polyprotein) x 2
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG)P*CP*GP*CP*CP*(DDG))-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*G)-3')
キーワードTRANSFERASE / reverse transcriptase / RT inhibitor complex / tenofovir analog / RT-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / L-Glutamate Tenofovir / DNA / DNA (> 10) / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Gu, W. / Martinez, S.E. / Nguyen, H. / Xu, H. / Herdewijn, P. / de Jonghe, S. / Das, K.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Tenofovir-Amino Acid Conjugates Act as Polymerase Substrates-Implications for Avoiding Cellular Phosphorylation in the Discovery of Nucleotide Analogues.
著者: Gu, W. / Martinez, S. / Nguyen, H. / Xu, H. / Herdewijn, P. / De Jonghe, S. / Das, K.
履歴
登録2020年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gag-Pol polyprotein
B: Gag-Pol polyprotein
C: Gag-Pol polyprotein
D: Gag-Pol polyprotein
T: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG)P*CP*GP*CP*CP*(DDG))-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG)P*CP*GP*CP*CP*(DDG))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,89214
ポリマ－257,8398
非ポリマー1,0526
水4,071226
1
A: Gag-Pol polyprotein
B: Gag-Pol polyprotein
T: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG)P*CP*GP*CP*CP*(DDG))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,4467
ポリマ－128,9204
非ポリマー5263
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13820 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area48130 Å2
手法PISA
2
C: Gag-Pol polyprotein
D: Gag-Pol polyprotein
E: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG)P*CP*GP*CP*CP*(DDG))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,4467
ポリマ－128,9204
非ポリマー5263
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13880 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area48510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.651, 132.702, 138.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Gag-Pol polyprotein / Pr160Gag-Pol


分子量: 64022.414 Da / 分子数: 2 / 変異: Q258C, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, HIV-1 retropepsin, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; ...参照: UniProt: P03366, HIV-1 retropepsin, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Gag-Pol polyprotein / Pr160Gag-Pol


分子量: 50039.488 Da / 分子数: 2 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, HIV-1 retropepsin, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; ...参照: UniProt: P03366, HIV-1 retropepsin, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 TEPF

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*G)-3')


分子量: 8383.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG)P*CP*GP*CP*CP*(DDG))-3')


分子量: 6474.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 232分子

#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-RE5 / L-Glutamate Tenofovir / (2~{S})-2-[[[(2~{R})-1-(6-aminopurin-9-yl)propan-2-yl]oxymethyl-oxidanyl-phosphoryl]amino]pentanedioic acid


分子量: 416.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H21N6O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.5 %
解説: long parallelogram with width greater than thickness
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 16-19.5% v/v PEG Smear Broad, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl
PH範囲: pH 8.3 - 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→80.14 Å / Num. obs: 82069 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 63.38 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.629 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4508 / CC1/2: 0.302 / Rpim(I) all: 0.389 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
MxCuBEデータ収集
MOSFLM7.2.2データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.17.1位相決定
Coot0.9モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V4I

3v4i


解像度: 2.75→80.14 Å / SU ML: 0.4321 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.9086
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 2570 3.13 %
Rwork0.2183 79464 -
obs0.2194 82034 98.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 85.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→80.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15835 1778 60 226 17899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001818314
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.414125246
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03872745
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00292875
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8087024
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.80.38141450.34644405X-RAY DIFFRACTION98.12
2.8-2.860.37271390.34284406X-RAY DIFFRACTION98.72
2.86-2.920.35521300.31944390X-RAY DIFFRACTION98.28
2.92-2.990.35281340.30864421X-RAY DIFFRACTION97.91
2.99-3.070.32151330.28764377X-RAY DIFFRACTION98.26
3.07-3.150.30271380.27134415X-RAY DIFFRACTION98.27
3.15-3.240.30541250.26394385X-RAY DIFFRACTION98.19
3.24-3.350.28861230.25984449X-RAY DIFFRACTION98.49
3.35-3.460.29531410.25234428X-RAY DIFFRACTION98.85
3.46-3.60.27841520.22864418X-RAY DIFFRACTION98.73
3.6-3.770.26561550.21754359X-RAY DIFFRACTION97.64
3.77-3.970.26891390.21184425X-RAY DIFFRACTION98.68
3.97-4.210.20931560.1854409X-RAY DIFFRACTION98.3
4.21-4.540.19311410.17854421X-RAY DIFFRACTION98.23
4.54-50.21891470.17614427X-RAY DIFFRACTION98.22
5-5.720.21041510.18814461X-RAY DIFFRACTION99.35
5.72-7.20.22741540.21594411X-RAY DIFFRACTION97.84
7.21-80.140.21981670.18394457X-RAY DIFFRACTION97.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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