PDB-7aia: Complex of human GDAP1 with hexadecanedioic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7aia

タイトル

Complex of human GDAP1 with hexadecanedioic acid

要素

Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN /

Homodimer /

complex /

mitochondria (ミトコンドリア)

機能・相同性

機能・相同性情報

Class I peroxisomal membrane protein import / cellular response to vitamin D / protein targeting to mitochondrion /

mitochondrial fission / peroxisomal membrane /

mitochondrial fusion / response to retinoic acid / mitochondrial outer membrane /

ミトコンドリア /

生体膜 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Nguyen, G.T.T. / Sutinen, A. / Kursula, P.

資金援助

フィンランド, 1件

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2020
タイトル: Structure of the Complete Dimeric Human GDAP1 Core Domain Provides Insights into Ligand Binding and Clustering of Disease Mutations.
著者: Nguyen, G.T.T. / Sutinen, A. / Raasakka, A. / Muruganandam, G. / Loris, R. / Kursula, P.

履歴

登録	2020年9月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7aia.cif.gz	405.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7aia.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7aia.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/7aia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/7aia	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7almC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lgd-1 3ig3-d 7alm-d 1w8o-d 1hdg-d 2ber-d 6vnf-d 3fnk-d 6vnj-d 4fg8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (7) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (6) #13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#212 - 2017年8月
グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases)
類似性 (7)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (6)
#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1

BBB: Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1

ヘテロ分子

66.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.045, 114.914, 116.866
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 23 - 302 / Label seq-ID: 1 - 280

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2

#1: タンパク質	Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1 / GDAP1 分子量: 32774.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: synthetic construct / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDAP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TB36
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル / エタノール分子量: 46.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O
#4: 化合物	ChemComp-RF8 / hexadecanedioic acid / ヘキサデカン二酸 / Thapsic acid 分子量: 286.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.12 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M bis-Tris pH 5.5, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→45.63 Å / Num. obs: 50525 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.72
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / Num. unique obs: 4965 / CC_1/2: 0.657

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: GDAP1

解像度: 2.2→45.629 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 12.768 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.156 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2299	2011	3.98 %
R_work	0.2022	48513	-
all	0.203	-	-
obs	-	50524	99.735 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.524 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.705 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	4.656 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.952 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.629 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4162	0	74	212	4448

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	4356
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4190
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.354	0.1	65127
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.79	1.653	5879
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.471	1.59	9659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.538	5	505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.468	21.87	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.677	15	787
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.949	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	547
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4766
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	984
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	966
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	3924
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	184
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.094	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.273	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.251	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.406	4.54	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.4	4.539	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.2	6.782	2519
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.202	6.783	2520
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.678	5.108	2336
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.568	5.103	2334
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.935	7.4	3358
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.877	7.401	3358
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.846	177.895	66039
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.846	177.895	66040
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.117	0.05	7806

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11672	0.05007
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11672	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.2-2.257	0.356	147	0.365	3506	0.364	3666	0.559	0.541	99.6454	0.345
2.257-2.319	0.337	139	0.336	3446	0.336	3595	0.671	0.673	99.7218	0.308
2.319-2.386	0.308	148	0.299	3362	0.3	3517	0.758	0.75	99.801	0.269
2.386-2.459	0.309	130	0.269	3253	0.271	3395	0.768	0.805	99.6465	0.234
2.459-2.539	0.279	138	0.239	3147	0.241	3290	0.875	0.885	99.848	0.203
2.539-2.628	0.227	123	0.218	3078	0.218	3207	0.917	0.918	99.8129	0.183
2.628-2.727	0.285	121	0.207	2954	0.21	3079	0.904	0.924	99.8701	0.177
2.727-2.838	0.226	116	0.196	2864	0.197	2987	0.929	0.938	99.7657	0.168
2.838-2.964	0.264	118	0.205	2735	0.207	2863	0.893	0.925	99.6507	0.18
2.964-3.108	0.266	104	0.207	2632	0.209	2738	0.9	0.926	99.927	0.189
3.108-3.275	0.215	107	0.211	2502	0.211	2613	0.937	0.934	99.8469	0.2
3.275-3.472	0.225	101	0.212	2372	0.212	2477	0.937	0.946	99.8385	0.205
3.472-3.711	0.221	91	0.194	2230	0.195	2330	0.952	0.957	99.6137	0.194
3.711-4.006	0.214	86	0.186	2097	0.187	2191	0.949	0.953	99.6349	0.193
4.006-4.385	0.182	79	0.172	1929	0.173	2012	0.954	0.96	99.8012	0.188
4.385-4.897	0.18	73	0.152	1771	0.153	1847	0.963	0.967	99.8376	0.176
4.897-5.643	0.191	63	0.163	1571	0.164	1637	0.963	0.967	99.8167	0.188
5.643-6.885	0.278	57	0.218	1350	0.22	1410	0.918	0.946	99.7872	0.246
6.885-9.628	0.21	43	0.183	1060	0.184	1111	0.953	0.961	99.2799	0.227
9.628-45.629	0.256	27	0.226	654	0.227	685	0.944	0.95	99.4161	0.315

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2318	0.1568	0.2517	2.4533	0.6152	2.4674	0.1623	0.0447	0.1004	-0.0986	-0.1168	-0.1318	-0.0649	0.2934	-0.0455	0.026	-0.0019	-0.0012	0.0518	0.011	0.0423	6.3016	-13.5273	-0.1887
2	2.6678	-0.6062	1.3528	1.6787	-0.0045	5.1357	0.021	0.2007	-0.1686	0.1619	0.0041	-0.1438	0.5772	0.772	-0.025	0.2053	-0.0101	-0.0032	0.2891	-0.1122	0.1789	36.4411	-5.0611	22.1699

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	23 - 302
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	23 - 302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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