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- PDB-7alm: Crystal structure of human GDAP1 at 2.8 Angstrom resolution. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7alm
タイトルCrystal structure of human GDAP1 at 2.8 Angstrom resolution.
要素Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Outer mitochondrial membrane protein / Charcot-Marie-Tooth
機能・相同性
機能・相同性情報


Class I peroxisomal membrane protein import / cellular response to vitamin D / mitochondrial fission / peroxisomal membrane / mitochondrial fusion / protein targeting to mitochondrion / response to retinoic acid / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / nucleus ...Class I peroxisomal membrane protein import / cellular response to vitamin D / mitochondrial fission / peroxisomal membrane / mitochondrial fusion / protein targeting to mitochondrion / response to retinoic acid / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1 / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Nguyen, G.T.T. / Sutinen, A. / Raasakka, A. / Kursula, P.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of Finland フィンランド
引用
ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2020
タイトル: Structure of the Complete Dimeric Human GDAP1 Core Domain Provides Insights into Ligand Binding and Clustering of Disease Mutations.
著者: Nguyen, G.T.T. / Sutinen, A. / Raasakka, A. / Muruganandam, G. / Loris, R. / Kursula, P.
#1: ジャーナル: Acta Biochim.Pol. / 年: 2021
タイトル: Serendipitous crystallization of E. coli HPII catalase, a sequel to "the tale usually not told".
著者: Grzechowiak, M. / Sekula, B. / Jaskolski, M. / Ruszkowski, M.
履歴
登録2020年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1
B: Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5492
ポリマ－65,5492
非ポリマー00
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, Purified protein samples were analyzed with SDS-PAGE, and then selected bands were identified with MALDI-TOF MS/MS.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area26000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.808, 115.878, 116.595
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1 / GDAP1


分子量: 32774.438 Da / 分子数: 2 / 変異: No mutations / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDAP1 / プラスミド: pTH-27 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TB36
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.56 % / 解説: tetrahedral
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Magnesium formate, 20 % PEG3350 / Temp details: cold room

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月23日 / 詳細: double crystal silicon monochromator
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→42.36 Å / Num. obs: 24883 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 57.52 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 11.55
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique obs: 3571 / CC1/2: 0.854 / CC star: 0.965 / Rpim(I) all: 0.362 / Rrim(I) all: 0.512 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3861精密化
PHENIX1.18_3861精密化
XDSJan 31, 2020データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→42.36 Å / SU ML: 0.4473 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.2562
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2615 1251 5.03 %
Rwork0.2426 23614 -
obs0.2436 24865 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 79.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3973 0 0 39 4012
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00224096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46235547
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0363619
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0024698
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.97151557
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.910.39991380.34092587X-RAY DIFFRACTION99.71
2.91-3.040.34171360.3212593X-RAY DIFFRACTION99.85
3.04-3.210.36821360.31732571X-RAY DIFFRACTION99.82
3.21-3.410.29981380.27372573X-RAY DIFFRACTION99.67
3.41-3.670.25621390.25222628X-RAY DIFFRACTION99.82
3.67-4.040.2591390.23542619X-RAY DIFFRACTION99.93
4.04-4.620.2211380.20012615X-RAY DIFFRACTION99.78
4.62-5.820.22341420.2082661X-RAY DIFFRACTION99.36
5.82-42.360.24051450.232767X-RAY DIFFRACTION99.05
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.01761399286-3.46566283738-0.3023002827344.544000395321.555138470037.629535615680.1405433626530.2010490464620.461312179111-0.228257809953-0.0341254328581-0.00345813215233-0.34798338928-0.170967557629-0.105911148990.308770362438-0.02979117836780.01107407946430.3462931445420.05933790412310.45518575853628.1125260054-5.11049278669-9.20513741966
27.19531949856-0.272504624291-3.818665972961.77924311180.8141393804855.28809371876-0.05930961706490.161651701177-0.428889943110.344057504953-0.2082173135680.2677902222440.351996164937-0.6550452524790.2423637654480.40588977698-0.0375574099662-0.02779592726140.391275774172-0.006353029013260.43442587651825.7741672972-22.26922254287.14769622495
36.9469842951-1.49620526447-2.153231416634.413141250060.6449265624055.996757010390.136226489661-0.225198705361-0.07622018544530.123890984246-0.188684159096-0.49422981875-0.03234597421060.3356668429470.02928086567870.299201343545-0.0475443833908-0.07826786273250.2896086663210.02364230365740.37933773255940.3942923089-14.34250795512.0718598073
47.50598979751-0.399854532166-0.1474756759493.926060026910.687337452724.201264109730.078679338068-0.501949811820.07237812932820.1659916415680.09133613450540.129905130068-0.277587809569-1.17800972024-0.05652657029420.4577185362510.1048101780180.05699319606630.7691405768070.170173575290.5102741266447.10855114050.456837385412-14.1990878307
51.94930955742-0.4769052579931.199654209682.26197397155-0.9316381910634.945365063480.234092921349-0.933398882609-0.566100188364-0.1945863716360.03086083441450.4673505159821.21486986506-1.93188286993-0.114601783490.766088934905-0.395468796099-0.05951882893891.254730426090.2952008018820.690004386413-4.46310343944-7.71028605313-27.0300285132
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 23 through 117 )AA23 - 1171 - 93
22chain 'A' and (resid 118 through 229 )AA118 - 22994 - 182
33chain 'A' and (resid 230 through 302 )AA230 - 302183 - 255
44chain 'B' and (resid 23 through 117 )BB23 - 1171 - 93
55chain 'B' and (resid 118 through 302 )BB118 - 30294 - 230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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