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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ai2 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Se-Met labelled MCE domain of Mce4A from Mycobacterium tuberculosis H37Rv | |||||||||||||||||||||
要素 | Mce-family protein Mce4A | |||||||||||||||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / susbtrate binding protein / MCE / Mce4A | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Virulence factor Mce protein / Mammalian cell entry, C-terminal / Cholesterol uptake porter CUP1 of Mce4, putative / Mce/MlaD / MlaD protein / membrane / Mce-family protein Mce4A 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | |||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.61 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Asthana, P. / Venkatesan, R. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | フィンランド, 6件
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引用 | ジャーナル: Iucrj / 年: 2021 タイトル: Structural insights into the substrate-binding proteins Mce1A and Mce4A from Mycobacterium tuberculosis . 著者: Asthana, P. / Singh, D. / Pedersen, J.S. / Hynonen, M.J. / Sulu, R. / Murthy, A.V. / Laitaoja, M. / Janis, J. / Riley, L.W. / Venkatesan, R. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ai2.cif.gz | 219.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ai2.ent.gz | 156.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ai2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ai2_validation.pdf.gz | 440 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ai2_full_validation.pdf.gz | 442.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ai2_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ai2_validation.cif.gz | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/7ai2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/7ai2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15336.584 Da / 分子数: 4 / 変異: SeMet labelling / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: mce4A, Rv3499c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I6YC99 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.9 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100 mM MES, 700 mM ammonium sulfate, pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.968 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月7日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.968 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.6→48.04 Å / Num. obs: 12505 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.41 % / Biso Wilson estimate: 132.91 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.6→3.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2961 / CC1/2: 0.23 / Rpim(I) all: 1.45 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.61→43.87 Å / SU ML: 0.461 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 32.8121 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 158.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.61→43.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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