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- PDB-7ai1: Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ai1
タイトルCrystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 2)
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
  • Polyubiquitin-B
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
キーワードLIGASE / Ubiquitin ligase / RING E3
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / response to ether / traversing start control point of mitotic cell cycle / fibroblast activation / atrial septum development / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Trafficking of AMPA receptors ...cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / response to ether / traversing start control point of mitotic cell cycle / fibroblast activation / atrial septum development / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Trafficking of AMPA receptors / receptor serine/threonine kinase binding / peroxisome proliferator activated receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / negative regulation of protein processing / SUMO transferase activity / response to steroid hormone / NEDD8 ligase activity / response to iron ion / AKT phosphorylates targets in the cytosol / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / atrioventricular valve morphogenesis / endocardial cushion morphogenesis / cellular response to peptide hormone stimulus / ventricular septum development / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / positive regulation of muscle cell differentiation / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / virus tail / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / cardiac septum morphogenesis / blood vessel development / ligase activity / cellular response to alkaloid / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / regulation of protein catabolic process / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin conjugating enzyme activity / response to magnesium ion / SUMOylation of transcription factors / protein sumoylation / cellular response to UV-C / cellular response to actinomycin D / blood vessel remodeling / cellular response to estrogen stimulus / protein localization to nucleus / ribonucleoprotein complex binding / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / NPAS4 regulates expression of target genes / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / transcription repressor complex / positive regulation of mitotic cell cycle / regulation of heart rate / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / proteolysis involved in protein catabolic process / Peroxisomal protein import / Stabilization of p53 / Regulation of TNFR1 signaling / ubiquitin binding / positive regulation of protein export from nucleus / Regulation of RUNX3 expression and activity / response to cocaine / Oncogene Induced Senescence / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Regulation of TP53 Activity through Methylation / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / establishment of protein localization / CLEC7A (Dectin-1) signaling / cellular response to gamma radiation / protein destabilization / FCERI mediated NF-kB activation / RING-type E3 ubiquitin transferase / cellular response to growth factor stimulus / protein modification process / response to toxic substance / centriolar satellite / endocytic vesicle membrane / cellular response to hydrogen peroxide / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / protein polyubiquitination / Regulation of TP53 Degradation / ubiquitin-protein transferase activity / disordered domain specific binding / Downstream TCR signaling / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin protein ligase activity / p53 binding / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / negative regulation of neuron projection development / 5S rRNA binding
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like ...E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin family / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail fiber / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Magnussen, H.M. / Huang, D.T.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Cancer Research UKA17196 英国
Cancer Research UKA29256 英国
European Research Council (ERC)647849 英国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Identification of a Catalytic Active but Non-Aggregating MDM2 RING Domain Variant.
著者: Magnussen, H.M. / Huang, D.T.
履歴
登録2020年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年1月27日Group: Atomic model / Database references / カテゴリ: atom_site / citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 2.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
BBB: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
CCC: Polyubiquitin-B
DDD: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
EEE: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
FFF: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,66414
ポリマ－68,2076
非ポリマー4578
水5,008278
1
AAA: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
DDD: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9928
ポリマ－16,6602
非ポリマー3336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
AAA: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
BBB: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
CCC: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3948
ポリマ－34,1033
非ポリマー2905
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
DDD: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
EEE: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
FFF: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2706
ポリマ－34,1033
非ポリマー1663
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.267, 80.687, 135.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11Chains A D
22Chains B E
33Chains C F

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 AAADDDBBBEEECCCFFF

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53- ...Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 8329.913 Da / 分子数: 2 / 変異: G443T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: G417, S418: Expression tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00987, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / ...(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / Ubiquitin carrier protein D2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2(17)KB 2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa 2 / Ubiquitin-protein ligase D2 / p53-regulated ubiquitin-conjugating enzyme 1


分子量: 16851.381 Da / 分子数: 2 / 変異: S22R, C85K / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C85K is covalently linked to G76 (Molecule 3). / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2D2, PUBC1, UBC4, UBC5B, UBCH4, UBCH5B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P62837, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#3: タンパク質 Polyubiquitin-B


分子量: 8922.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: G-4,S-3,G-2,G-1,S0: Expression tag G76 is covalently linked to C85K (Molecule 2).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47

-
非ポリマー , 4種, 286分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.61 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M NH4NO3, 20 % w/v PEG Smear Broad

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→135.91 Å / Num. obs: 38548 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.07→2.11 Å / Num. unique obs: 1861 / CC1/2: 0.584

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MDM2-E2-Ub

解像度: 2.07→69.478 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.241 / WRfactor Rwork: 0.191 / SU B: 6.44 / SU ML: 0.165 / Average fsc free: 0.8728 / Average fsc work: 0.8939 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.203 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 1887 4.925 %
Rwork0.2121 36425 -
all0.215 --
obs-38312 99.517 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 32.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.177 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.078 Å20 Å2
3---1.255 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→69.478 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4458 0 14 278 4750
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0134587
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4341.666225
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.261.57710138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4815567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.60122.347213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.64815802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0851527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02877
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.2880
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1860.24043
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1580.22175
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.090.21858
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0160.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0980.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1990.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1680.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1860.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5743.3642274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5743.3632272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7945.0352833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7945.0352833
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0223.692313
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0213.692314
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6825.4053390
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6815.4053391
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.6140.2855036
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.60940.2875037
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1180.051645
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.1040.054508
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0760.052254
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.1240.3581290.3282614X-RAY DIFFRACTION98.4919
2.124-2.1820.3371610.322561X-RAY DIFFRACTION99.3068
2.182-2.2450.3551570.2942486X-RAY DIFFRACTION99.4731
2.245-2.3140.3021340.2652419X-RAY DIFFRACTION99.4546
2.314-2.390.3071070.2622400X-RAY DIFFRACTION99.3658
2.39-2.4740.3161020.2552305X-RAY DIFFRACTION99.5039
2.474-2.5670.3141160.2472242X-RAY DIFFRACTION99.7462
2.567-2.6720.3151100.2372154X-RAY DIFFRACTION99.4728
2.672-2.7910.294950.2322052X-RAY DIFFRACTION99.4903
2.791-2.9270.282870.2181988X-RAY DIFFRACTION99.7596
2.927-3.0850.2591020.2071897X-RAY DIFFRACTION99.7008
3.085-3.2720.316680.2041802X-RAY DIFFRACTION99.7866
3.272-3.4980.2491020.2031681X-RAY DIFFRACTION99.832
3.498-3.7780.239690.21588X-RAY DIFFRACTION99.8193
3.778-4.1380.226730.1581444X-RAY DIFFRACTION99.8026
4.138-4.6260.186780.1461327X-RAY DIFFRACTION99.6454
4.626-5.3410.228570.1611185X-RAY DIFFRACTION99.8392
5.341-6.5390.288640.201997X-RAY DIFFRACTION99.6244
6.539-9.2370.194460.171811X-RAY DIFFRACTION99.6512
9.237-69.4780.2300.162472X-RAY DIFFRACTION99.6032

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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