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- PDB-7ahu: Anti-FX Fab of mim8 in complex with human FXa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ahu
タイトルAnti-FX Fab of mim8 in complex with human FXa
要素
  • (Anti-FX Fab of mim8 ...) x 2
  • (Coagulation factor ...) x 2
キーワードBLOOD CLOTTING / Fab / anti-FX / HYDROLASE / mim8
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins ...coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / phospholipid binding / Golgi lumen / blood coagulation / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0GJ / Coagulation factor X
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Johansson, E.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2021
タイトル: A factor VIIIa-mimetic bispecific antibody, Mim8, ameliorates bleeding upon severe vascular challenge in hemophilia A mice.
著者: Ostergaard, H. / Lund, J. / Greisen, P.J. / Kjellev, S. / Henriksen, A. / Lorenzen, N. / Johansson, E. / Roder, G. / Rasch, M.G. / Johnsen, L.B. / Egebjerg, T. / Lund, S. / Rahbek-Nielsen, H. ...著者: Ostergaard, H. / Lund, J. / Greisen, P.J. / Kjellev, S. / Henriksen, A. / Lorenzen, N. / Johansson, E. / Roder, G. / Rasch, M.G. / Johnsen, L.B. / Egebjerg, T. / Lund, S. / Rahbek-Nielsen, H. / Gandhi, P.S. / Lamberth, K. / Loftager, M. / Andersen, L.M. / Bonde, A.C. / Stavenuiter, F. / Madsen, D.E. / Li, X. / Holm, T.L. / Ley, C.D. / Thygesen, P. / Zhu, H. / Zhou, R. / Thorn, K. / Yang, Z. / Hermit, M.B. / Bjelke, J.R. / Hansen, B.G. / Hilden, I.
履歴
登録2020年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Anti-FX Fab of mim8 light chain
H: Anti-FX Fab of mim8 heavy chain
A: Anti-FX Fab of mim8 light chain
B: Anti-FX Fab of mim8 heavy chain
C: Coagulation factor X
D: Coagulation factor X
E: Coagulation factor X
F: Coagulation factor X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,74112
ポリマ－162,8698
非ポリマー8724
水7,999444
1
L: Anti-FX Fab of mim8 light chain
H: Anti-FX Fab of mim8 heavy chain
C: Coagulation factor X
D: Coagulation factor X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8716
ポリマ－81,4354
非ポリマー4362
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Anti-FX Fab of mim8 light chain
B: Anti-FX Fab of mim8 heavy chain
E: Coagulation factor X
F: Coagulation factor X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8716
ポリマ－81,4354
非ポリマー4362
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.130, 105.250, 145.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.995, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "L"
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "H"
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3chain "E"
d_1ens_4(chain "D" and resid 254 through 304)
d_2ens_4chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLUCYSC1 - 216
d_21ens_1GLUCYSA1 - 216
d_11ens_2GLUTYRD1 - 222
d_21ens_2GLUTYRB1 - 222
d_11ens_3ILETHRE1 - 234
d_12ens_30GJ0GJF
d_21ens_3ILETHRH1 - 234
d_22ens_30GJ0GJI
d_11ens_4LEUGLUG2 - 52
d_21ens_4LEUGLUJ1 - 51

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.998917473666, 0.0465109137404, -0.000784670777442), (-0.0464818750342, -0.998670094738, -0.0223041962259), (-0.00182101578636, -0.0222435783771, 0.999750922541)34.0250150551, -52.4693323302, -12.3928365834
2given(-0.999958296664, 0.00870222272151, -0.00277060515977), (-0.00864767241956, -0.99977966252, -0.0191270534255), (-0.00293644257052, -0.0191022964777, 0.999813222344)32.0334160156, -53.3382833612, -12.5733012082
3given(-0.999607919346, -0.0239634152857, -0.0144831733179), (0.0248674226466, -0.997519726824, -0.0658483552419), (-0.0128692996091, -0.0661826965678, 0.997724527013)32.3268412488, -51.659215616, 12.2207805808
4given(-0.999687157666, -0.0236698793159, 0.00808230232787), (0.0229172516332, -0.99627724663, -0.0831050385012), (0.0100193001415, -0.0828938155708, 0.996508017512)31.0993053501, -50.7763299953, 11.898710593

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要素

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Coagulation factor ... , 2種, 4分子 CEDF

#3: タンパク質 Coagulation factor X / Stuart factor / Stuart-Prower factor


分子量: 27201.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00742, coagulation factor Xa
#4: タンパク質 Coagulation factor X / Stuart factor / Stuart-Prower factor


分子量: 6478.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00742, coagulation factor Xa

-
抗体 , 2種, 4分子 LAHB

#1: 抗体 Anti-FX Fab of mim8 light chain


分子量: 23721.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Anti-FX Fab of mim8 heavy chain


分子量: 24033.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 448分子

#5: 化合物 ChemComp-0GJ / L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide


タイプ: peptide-like / 分子量: 395.862 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28ClN6O5
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 18 % (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.59 Å / Num. obs: 58767 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1209 / Rpim(I) all: 0.05869 / Rrim(I) all: 0.1346 / Net I/σ(I): 12.31
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 1.024 / Num. unique obs: 30703 / CC1/2: 0.523 / CC star: 0.829 / Rpim(I) all: 0.4933 / Rrim(I) all: 1.138 / % possible all: 99.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
PHENIX1.18_3845精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I1K,1G2L

5i1k

1g2l


解像度: 2.6→48.59 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.69 / 位相誤差: 27.7866
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2633 3935 3.42 %
Rwork0.2027 111012 -
obs0.2139 58766 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11145 0 52 444 11641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011411443
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.880215503
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09151705
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01181995
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.74621577
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.28498897759
ens_2d_2DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.891639126854
ens_3d_2EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.07232907484
ens_4d_2FX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.26438653942
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.640.33281980.30175674X-RAY DIFFRACTION96.2
2.64-2.690.30341980.29745528X-RAY DIFFRACTION96.19
2.69-2.740.36341900.29765592X-RAY DIFFRACTION96.23
2.74-2.80.33581910.27925490X-RAY DIFFRACTION96.25
2.8-2.860.38232000.28855583X-RAY DIFFRACTION96.19
2.86-2.930.36372000.27595555X-RAY DIFFRACTION96.17
2.93-30.31311950.26585569X-RAY DIFFRACTION96.2
3-3.080.32671990.2555455X-RAY DIFFRACTION96.04
3.08-3.170.29692020.2465620X-RAY DIFFRACTION96.08
3.17-3.280.32612000.22955550X-RAY DIFFRACTION96.2
3.28-3.390.29831890.22525546X-RAY DIFFRACTION96.2
3.39-3.530.33691830.21015549X-RAY DIFFRACTION96.24
3.53-3.690.28261920.20945477X-RAY DIFFRACTION96.02
3.69-3.880.25791950.19935587X-RAY DIFFRACTION96.11
3.88-4.130.24881990.18465552X-RAY DIFFRACTION96.01
4.13-4.440.23721890.1745551X-RAY DIFFRACTION96.17
4.45-4.890.19182020.16065552X-RAY DIFFRACTION95.81
4.89-5.60.24671960.17295525X-RAY DIFFRACTION96.02
5.6-7.050.24381910.20925538X-RAY DIFFRACTION96.16
7.05-48.590.24192060.20185539X-RAY DIFFRACTION96.08

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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