[日本語] English
万見
- PDB-7ahk: Crystal structure of the outward-facing state of the substrate-fr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ahk
タイトルCrystal structure of the outward-facing state of the substrate-free Na+-only bound glutamate transporter homolog GltPh
要素Glutamate transporter homolog
キーワードMEMBRANE PROTEIN / glutamate transporter / aminoacid transport / homologue
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid:sodium symporter activity / L-aspartate transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / chloride transmembrane transporter activity / protein homotrimerization / chloride transmembrane transport / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Proton glutamate symport protein / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
EICOSANE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PHOSPHATE ION / Glutamate transporter homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kovalev, K. / Alleva, C. / Astashkin, A. / Machtens, J.-P. / Fahlke, C. / Gordeliy, V.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-EURE-0003 フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Na + -dependent gate dynamics and electrostatic attraction ensure substrate coupling in glutamate transporters.
著者: Alleva, C. / Kovalev, K. / Astashkin, R. / Berndt, M.I. / Baeken, C. / Balandin, T. / Gordeliy, V. / Fahlke, C. / Machtens, J.P.
履歴
登録2020年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glutamate transporter homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,56421
ポリマ－44,8431
非ポリマー4,72120
水43224
1
A: Glutamate transporter homolog
ヘテロ分子

A: Glutamate transporter homolog
ヘテロ分子

A: Glutamate transporter homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,69363
ポリマ－134,5293
非ポリマー14,16360
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area19620 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area47180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.011, 152.011, 57.521
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Glutamate transporter homolog / Glt(Ph) / Sodium-aspartate symporter Glt(Ph) / Sodium-dependent aspartate transporter


分子量: 44843.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: PH1295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O59010
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 6種, 43分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.2 / 詳細: 1M KH2PO4/Na2HPO4, pH 5.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45.87 Å / Num. obs: 25571 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.122 / Rrim(I) all: 0.211 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 65714 / Scaling rejects: 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.62.61.365758029050.250.9681.6840.898.5
9.01-45.872.50.02113525370.9990.0150.02626.488.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NWW

2nww


解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1179 4.6 %RANDOM
Rwork0.2114 ---
obs0.2133 24338 95.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 420 Å2 / Biso mean: 45.012 Å2 / Biso min: 19.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20.14 Å2-0 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3019 0 207 24 3250
Biso mean--73.25 44.77 -
残基数----411
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0133264
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0330.0173441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2491.654383
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.0981.5897940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4215410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.62522.596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.12415495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg32.454158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.02594
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 88 -
Rwork0.342 1757 -
all-1845 -
obs--98.3 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る