[日本語] English
万見
- PDB-7ah8: NF-Y bound to suramin inhibitor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ah8
タイトルNF-Y bound to suramin inhibitor
要素
  • Isoform 6 of Nuclear transcription factor Y subunit gamma
  • Nuclear transcription factor Y subunit beta
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / NF-Y / HFD / Inhibitor / Suramin
機能・相同性
機能・相同性情報


CCAAT-binding factor complex / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cellular response to leukemia inhibitory factor / protein-DNA complex / PPARA activates gene expression / RNA polymerase II transcription regulator complex / protein folding ...CCAAT-binding factor complex / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cellular response to leukemia inhibitory factor / protein-DNA complex / PPARA activates gene expression / RNA polymerase II transcription regulator complex / protein folding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Chem-SVR / Nuclear transcription factor Y subunit beta / Nuclear transcription factor Y subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.70001356517 Å
データ登録者Nardone, V. / Chaves-Sanjuan, A. / Lapi, M. / Nardini, M.
資金援助 イタリア, 2件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer ResearchIG-15267 イタリア
Italian Ministry of Education2017SBFHLH イタリア
引用ジャーナル: Cells / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Inhibition of the Pioneer Transcription Factor NF-Y by Suramin.
著者: Nardone, V. / Chaves-Sanjuan, A. / Lapi, M. / Airoldi, C. / Saponaro, A. / Pasqualato, S. / Dolfini, D. / Camilloni, C. / Bernardini, A. / Gnesutta, N. / Mantovani, R. / Nardini, M.
履歴
登録2020年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nuclear transcription factor Y subunit beta
B: Isoform 6 of Nuclear transcription factor Y subunit gamma
C: Nuclear transcription factor Y subunit beta
D: Isoform 6 of Nuclear transcription factor Y subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7207
ポリマ－39,1424
非ポリマー1,5783
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12240 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area16920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.697, 61.213, 123.533
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLUILEILE(chain 'B' and (resid 42 through 86 or resid 88 through 120))BB42 - 862 - 46
121THRTHRARGARG(chain 'B' and (resid 42 through 86 or resid 88 through 120))BB88 - 12048 - 80
231GLUGLUILEILE(chain 'D' and (resid 42 through 86 or resid 88 through 120))DD42 - 862 - 46
241THRTHRARGARG(chain 'D' and (resid 42 through 86 or resid 88 through 120))DD88 - 12048 - 80
152GLNGLNLYSLYS(chain 'A' and (resid 53 through 138 or resid 140))AA53 - 1382 - 87
162ARGARGARGARG(chain 'A' and (resid 53 through 138 or resid 140))AA14089
272GLNGLNLYSLYS(chain 'C' and (resid 53 through 138 or resid 140))CC53 - 1382 - 87
282ARGARGARGARG(chain 'C' and (resid 53 through 138 or resid 140))CC14089

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Nuclear transcription factor Y subunit beta / CAAT box DNA-binding protein subunit B / Nuclear transcription factor Y subunit B / NF-YB


分子量: 10201.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFYB, HAP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25208
#2: タンパク質 Isoform 6 of Nuclear transcription factor Y subunit gamma / CAAT box DNA-binding protein subunit C / Nuclear transcription factor Y subunit C / NF-YC / ...CAAT box DNA-binding protein subunit C / Nuclear transcription factor Y subunit C / NF-YC / Transactivator HSM-1/2


分子量: 9369.026 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFYC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13952

-
非ポリマー , 4種, 50分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 化合物 ChemComp-SVR / 8,8'-[CARBONYLBIS[IMINO-3,1-PHENYLENECARBONYLIMINO(4-METHYL-3,1-PHENYLENE)CARBONYLIMINO]]BIS-1,3,5-NAPHTHALENETRISULFON IC ACID / SURAMIN / スラミン


分子量: 1297.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H40N6O23S6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 200 mM Ammonium citrate pH 7.0, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.983998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.983998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45.7 Å / Num. obs: 10061 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 52.115982668 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 1299 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDS0.68データ削減
Aimless1.12.2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N1J

1n1j


解像度: 2.70001356517→43.4784980742 Å / SU ML: 0.362376274465 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34531676701 / 位相誤差: 29.2425786086
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274388484411 486 4.85078351133 %
Rwork0.222524196711 9533 -
obs0.225093115344 10019 99.9700658551 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.1247594228 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.70001356517→43.4784980742 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2724 0 105 47 2876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02596119249772902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.324435037933924
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0705678551305430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0154024240879494
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.32275557071101
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-3.09060.319896686691460.2613957486023105X-RAY DIFFRACTION99.9692496925
3.0906-3.89350.3161484562481500.2379274023913151X-RAY DIFFRACTION100
3.8935-43.470.2473589208091900.2029777136463277X-RAY DIFFRACTION99.9423464975

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る