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- PDB-7age: Protease Sapp1p from Candida parapsilosis in complex with KB32 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7age
タイトルProtease Sapp1p from Candida parapsilosis in complex with KB32
要素
  • Candidapepsin
  • Pepstatin
キーワードANTIBIOTIC / Secreted aspartic protease / virulence factor / candidiasis / peptidomimetic inhibitors
機能・相同性
機能・相同性情報


candidapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Secreted aspartic endopeptidase / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / candidapepsin
類似検索 - 構成要素
生物種Candida parapsilosis (酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Dostal, J. / Heidingsfeld, O. / Brynda, J.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)CZ.02.1.01/0.0/16_019/000729 チェコ
引用ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2021
タイトル: Structural determinants for subnanomolar inhibition of the secreted aspartic protease Sapp1p from Candida parapsilosis .
著者: Dostal, J. / Brynda, J. / Vankova, L. / Zia, S.R. / Pichova, I. / Heidingsfeld, O. / Lepsik, M.
履歴
登録2020年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.22024年1月31日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Candidapepsin
I: Pepstatin
B: Candidapepsin
C: Pepstatin
D: Candidapepsin
E: Pepstatin
F: Candidapepsin
G: Pepstatin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,09820
ポリマ－146,8258
非ポリマー1,27312
水28,0131555
1
D: Candidapepsin
E: Pepstatin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3438
ポリマ－36,7062
非ポリマー6376
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Candidapepsin
I: Pepstatin


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 36.7 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7062
ポリマ－36,7062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area14270 Å2
手法PISA
3
B: Candidapepsin
C: Pepstatin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0255
ポリマ－36,7062
非ポリマー3183
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area14010 Å2
手法PISA
4
F: Candidapepsin
G: Pepstatin
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 37 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0255
ポリマ－36,7062
非ポリマー3183
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area13990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.260, 87.290, 157.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Candidapepsin


分子量: 35865.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida parapsilosis (酵母) / 遺伝子: SAPP1 / 発現宿主: Candida parapsilosis (酵母) / 参照: UniProt: B8YPM3, candidapepsin
#2: タンパク質・ペプチド
Pepstatin


分子量: 841.002 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100-fold molar inhibitor excess, Cpr=20mg/ml; drops: 0.002ml protein + 0.001ml reservoir; reservoir: 0.1M MES pH 6.5, 30% v/v PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→79.315 Å / Num. all: 323787 / Num. obs: 323787 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4.8 % / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.073 / Rsym value: 0.06 / Net I/av σ(I): 8.5 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 1558037
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.25-1.2840.5481.475302187070.3380.7080.5482.176.5
1.28-1.324.30.4591.796926222950.2760.5920.4592.693.1
1.32-1.364.90.3752.1110694227230.2120.4760.3753.397.3
1.36-1.44.90.3152.5108130221100.1770.3980.3153.997.6
1.4-1.444.90.2543.1105503215580.1430.3220.2544.797.8
1.44-1.494.90.2113.7102201208350.1180.2660.2115.598
1.49-1.554.90.1734.598910202030.0970.2180.1736.598.3
1.55-1.614.90.145.595686194680.0780.1760.147.798.5
1.61-1.694.90.1146.792220187480.0630.1430.1149.198.6
1.69-1.774.90.0938.288464179710.0510.1160.09310.798.9
1.77-1.864.90.0741084679171700.0410.0920.07413.199
1.86-1.984.90.06111.879909162230.0330.0750.06116.199.1
1.98-2.114.90.0541375572153370.0290.0650.0541999.3
2.11-2.284.90.05213.270628143320.0270.0620.05221.199.5
2.28-2.54.90.05412.165120132310.0280.0630.0542299.6
2.5-2.84.90.0531259088120290.0270.0620.05323.899.7
2.8-3.234.90.0421552376106830.0220.050.04227.599.9
3.23-3.954.90.03319.14428290800.0180.0390.03331.499.8
3.95-5.594.80.02920.73427071140.0150.0340.02931.999.9
5.59-23.2634.60.02421.31807739700.0130.0290.02425.697.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.8 Å23.15 Å
Translation3.8 Å23.15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0103精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP10.2.35位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TNE

3tne


解像度: 1.3→23.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / WRfactor Rfree: 0.1784 / WRfactor Rwork: 0.1595 / FOM work R set: 0.8928 / SU B: 0.791 / SU ML: 0.033 / SU R Cruickshank DPI: 0.0503 / SU Rfree: 0.0508 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1804 14594 5.1 %RANDOM
Rwork0.1617 ---
obs0.1626 274147 98.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.99 Å2 / Biso mean: 13.17 Å2 / Biso min: 4.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å2-0 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→23.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10307 0 84 1565 11956
Biso mean--41.57 22.28 -
残基数----1381
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0210950
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0210050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5891.95914944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.9243.00323084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.17851485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.89525.921456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.176151681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2291527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21759
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022425
LS精密化 シェル解像度: 1.302→1.336 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 1050 -
Rwork0.247 19750 -
all-20800 -
obs--97.02 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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