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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7agc | |||||||||
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タイトル | Protease Sapp1p from Candida parapsilosis in complex with KB74 | |||||||||
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![]() | ANTIBIOTIC / Secreted aspartic protease / virulence factor / candidiasis / peptidomimetic inhibitors | |||||||||
機能・相同性 | ![]() candidapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dostal, J. / Heidingsfeld, O. / Brynda, J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural determinants for subnanomolar inhibition of the secreted aspartic protease Sapp1p from Candida parapsilosis . 著者: Dostal, J. / Brynda, J. / Vankova, L. / Zia, S.R. / Pichova, I. / Heidingsfeld, O. / Lepsik, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 291.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 234.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 499.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 510.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 59.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 88.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABDFEICG
#1: タンパク質 | 分子量: 35865.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 841.002 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 1063分子 ![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/FOR.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/FOR.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-MES / | ||||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-FOR / #6: 化合物 | ChemComp-PGE / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.05 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100-fold molar inhibitor excess, Cpr=20mg/ml; drops: 0.002ml protein + 0.001ml reservoir; reservoir: 0.1M MES pH 6.5, 30% v/v PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→78.84 Å / Num. obs: 253539 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.43 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.443 / Num. unique obs: 38187 / CC1/2: 0.78 / Rrim(I) all: 0.537 / % possible all: 0.903 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3FV3 解像度: 1.35→78.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 0.894 / SU ML: 0.037 / SU R Cruickshank DPI: 0.0556 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.79 Å2 / Biso mean: 11.426 Å2 / Biso min: 4.51 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.35→78.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.385 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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