PDB-7ag7: Crystal structure of SFP aldolase YihT from Salmonella enterica i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ag7

タイトル

Crystal structure of SFP aldolase YihT from Salmonella enterica in complex with sulfate bound at the active site

要素

Sulfofructosephosphate aldolase

キーワード

LYASE / sulfofructose / sulfoquinovose / SFP aldolase / sulfoglycolysis

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfofructosephosphate aldolase / 6-deoxy-6-sulfofructose-1-phosphate aldolase activity / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Sharma, M. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2021
タイトル: Molecular Basis of Sulfosugar Selectivity in Sulfoglycolysis.
著者: Sharma, M. / Abayakoon, P. / Epa, R. / Jin, Y. / Lingford, J.P. / Shimada, T. / Nakano, M. / Mui, J.W. / Ishihama, A. / Goddard-Borger, E.D. / Davies, G.J. / Williams, S.J.

履歴

登録	2020年9月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ag7.cif.gz	674.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ag7.ent.gz	548.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ag7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ag7_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ag7_full_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示
XML形式データ	7ag7_validation.xml.gz	127.1 KB	表示
CIF形式データ	7ag7_validation.cif.gz	186.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/7ag7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/7ag7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ag1C 7ag4C 7ag6C 7aghC 7agkC 7ne2C 1to3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ag1-1 6a1m-1 6a0d-1 2c6q-2 6a4g-1 6a13-1 5zzy-1 6a39-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Sulfofructosephosphate aldolase

B: Sulfofructosephosphate aldolase

C: Sulfofructosephosphate aldolase

D: Sulfofructosephosphate aldolase

E: Sulfofructosephosphate aldolase

F: Sulfofructosephosphate aldolase

G: Sulfofructosephosphate aldolase

H: Sulfofructosephosphate aldolase

I: Sulfofructosephosphate aldolase

J: Sulfofructosephosphate aldolase

K: Sulfofructosephosphate aldolase

L: Sulfofructosephosphate aldolase

ヘテロ分子

410 kDa, 12 ポリマー
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1

B: Sulfofructosephosphate aldolase

J: Sulfofructosephosphate aldolase

ヘテロ分子

A: Sulfofructosephosphate aldolase

C: Sulfofructosephosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, homotetramer in solution
137 kDa, 4 ポリマー
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2

D: Sulfofructosephosphate aldolase

I: Sulfofructosephosphate aldolase

ヘテロ分子

K: Sulfofructosephosphate aldolase

L: Sulfofructosephosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
137 kDa, 4 ポリマー
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3

E: Sulfofructosephosphate aldolase

G: Sulfofructosephosphate aldolase

ヘテロ分子

F: Sulfofructosephosphate aldolase

ヘテロ分子

H: Sulfofructosephosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
137 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.207, 107.233, 126.855
Angle α, β, γ (deg.)	107.420, 95.930, 110.550
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	LYS	LYS	A	A	4 - 290	24 - 310
2	1	TYR	TYR	LYS	LYS	B	B	4 - 290	24 - 310
1	2	TYR	TYR	LYS	LYS	A	A	4 - 290	24 - 310
2	2	TYR	TYR	LYS	LYS	C	C	4 - 290	24 - 310
1	3	TYR	TYR	ARG	ARG	A	A	4 - 291	24 - 311
2	3	TYR	TYR	ARG	ARG	D	D	4 - 291	24 - 311
1	4	TYR	TYR	LYS	LYS	A	A	4 - 290	24 - 310
2	4	TYR	TYR	LYS	LYS	E	E	4 - 290	24 - 310
1	5	THR	THR	LYS	LYS	A	A	10 - 290	30 - 310
2	5	THR	THR	LYS	LYS	F	F	10 - 290	30 - 310
1	6	TYR	TYR	ALA	ALA	A	A	4 - 289	24 - 309
2	6	TYR	TYR	ALA	ALA	G	G	4 - 289	24 - 309
1	7	THR	THR	LYS	LYS	A	A	5 - 290	25 - 310
2	7	THR	THR	LYS	LYS	H	H	5 - 290	25 - 310
1	8	TYR	TYR	LYS	LYS	A	A	4 - 290	24 - 310
2	8	TYR	TYR	LYS	LYS	I	I	4 - 290	24 - 310
1	9	TYR	TYR	LYS	LYS	A	A	4 - 290	24 - 310
2	9	TYR	TYR	LYS	LYS	J	J	4 - 290	24 - 310
1	10	TYR	TYR	LYS	LYS	A	A	4 - 290	24 - 310
2	10	TYR	TYR	LYS	LYS	K	K	4 - 290	24 - 310
1	11	TYR	TYR	LYS	LYS	A	A	4 - 290	24 - 310
2	11	TYR	TYR	LYS	LYS	L	L	4 - 290	24 - 310
1	12	ASN	ASN	LYS	LYS	B	B	2 - 290	22 - 310
2	12	ASN	ASN	LYS	LYS	C	C	2 - 290	22 - 310
1	13	MET	MET	LYS	LYS	B	B	1 - 290	21 - 310
2	13	MET	MET	LYS	LYS	D	D	1 - 290	21 - 310
1	14	MET	MET	LYS	LYS	B	B	1 - 290	21 - 310
2	14	MET	MET	LYS	LYS	E	E	1 - 290	21 - 310
1	15	THR	THR	LYS	LYS	B	B	10 - 290	30 - 310
2	15	THR	THR	LYS	LYS	F	F	10 - 290	30 - 310
1	16	ASN	ASN	ALA	ALA	B	B	3 - 289	23 - 309
2	16	ASN	ASN	ALA	ALA	G	G	3 - 289	23 - 309
1	17	THR	THR	LYS	LYS	B	B	5 - 290	25 - 310
2	17	THR	THR	LYS	LYS	H	H	5 - 290	25 - 310
1	18	ASN	ASN	LYS	LYS	B	B	3 - 290	23 - 310
2	18	ASN	ASN	LYS	LYS	I	I	3 - 290	23 - 310
1	19	ASN	ASN	LYS	LYS	B	B	3 - 290	23 - 310
2	19	ASN	ASN	LYS	LYS	J	J	3 - 290	23 - 310
1	20	ASN	ASN	LYS	LYS	B	B	3 - 290	23 - 310
2	20	ASN	ASN	LYS	LYS	K	K	3 - 290	23 - 310
1	21	ASN	ASN	LYS	LYS	B	B	3 - 290	23 - 310
2	21	ASN	ASN	LYS	LYS	L	L	3 - 290	23 - 310
1	22	ASN	ASN	LYS	LYS	C	C	2 - 290	22 - 310
2	22	ASN	ASN	LYS	LYS	D	D	2 - 290	22 - 310
1	23	ASN	ASN	LYS	LYS	C	C	2 - 290	22 - 310
2	23	ASN	ASN	LYS	LYS	E	E	2 - 290	22 - 310
1	24	THR	THR	LYS	LYS	C	C	10 - 290	30 - 310
2	24	THR	THR	LYS	LYS	F	F	10 - 290	30 - 310
1	25	ASN	ASN	ALA	ALA	C	C	3 - 289	23 - 309
2	25	ASN	ASN	ALA	ALA	G	G	3 - 289	23 - 309
1	26	THR	THR	LYS	LYS	C	C	5 - 290	25 - 310
2	26	THR	THR	LYS	LYS	H	H	5 - 290	25 - 310
1	27	ASN	ASN	LYS	LYS	C	C	3 - 290	23 - 310
2	27	ASN	ASN	LYS	LYS	I	I	3 - 290	23 - 310
1	28	ASN	ASN	LYS	LYS	C	C	3 - 290	23 - 310
2	28	ASN	ASN	LYS	LYS	J	J	3 - 290	23 - 310
1	29	ASN	ASN	LYS	LYS	C	C	3 - 290	23 - 310
2	29	ASN	ASN	LYS	LYS	K	K	3 - 290	23 - 310
1	30	ASN	ASN	LYS	LYS	C	C	3 - 290	23 - 310
2	30	ASN	ASN	LYS	LYS	L	L	3 - 290	23 - 310
1	31	HIS	HIS	LYS	LYS	D	D	0 - 290	20 - 310
2	31	HIS	HIS	LYS	LYS	E	E	0 - 290	20 - 310
1	32	THR	THR	LYS	LYS	D	D	10 - 290	30 - 310
2	32	THR	THR	LYS	LYS	F	F	10 - 290	30 - 310
1	33	ASN	ASN	ALA	ALA	D	D	3 - 289	23 - 309
2	33	ASN	ASN	ALA	ALA	G	G	3 - 289	23 - 309
1	34	THR	THR	LYS	LYS	D	D	5 - 290	25 - 310
2	34	THR	THR	LYS	LYS	H	H	5 - 290	25 - 310
1	35	ASN	ASN	LYS	LYS	D	D	3 - 290	23 - 310
2	35	ASN	ASN	LYS	LYS	I	I	3 - 290	23 - 310
1	36	ASN	ASN	LYS	LYS	D	D	3 - 290	23 - 310
2	36	ASN	ASN	LYS	LYS	J	J	3 - 290	23 - 310
1	37	ASN	ASN	LYS	LYS	D	D	3 - 290	23 - 310
2	37	ASN	ASN	LYS	LYS	K	K	3 - 290	23 - 310
1	38	ASN	ASN	LYS	LYS	D	D	3 - 290	23 - 310
2	38	ASN	ASN	LYS	LYS	L	L	3 - 290	23 - 310
1	39	THR	THR	LYS	LYS	E	E	10 - 290	30 - 310
2	39	THR	THR	LYS	LYS	F	F	10 - 290	30 - 310
1	40	ASN	ASN	ALA	ALA	E	E	3 - 289	23 - 309
2	40	ASN	ASN	ALA	ALA	G	G	3 - 289	23 - 309
1	41	THR	THR	LYS	LYS	E	E	5 - 290	25 - 310
2	41	THR	THR	LYS	LYS	H	H	5 - 290	25 - 310
1	42	ASN	ASN	LYS	LYS	E	E	3 - 290	23 - 310
2	42	ASN	ASN	LYS	LYS	I	I	3 - 290	23 - 310
1	43	ASN	ASN	LYS	LYS	E	E	3 - 290	23 - 310
2	43	ASN	ASN	LYS	LYS	J	J	3 - 290	23 - 310
1	44	ASN	ASN	LYS	LYS	E	E	3 - 290	23 - 310
2	44	ASN	ASN	LYS	LYS	K	K	3 - 290	23 - 310
1	45	ASN	ASN	LYS	LYS	E	E	3 - 290	23 - 310
2	45	ASN	ASN	LYS	LYS	L	L	3 - 290	23 - 310
1	46	THR	THR	ALA	ALA	F	F	10 - 289	30 - 309
2	46	THR	THR	ALA	ALA	G	G	10 - 289	30 - 309
1	47	THR	THR	ARG	ARG	F	F	10 - 291	30 - 311
2	47	THR	THR	ARG	ARG	H	H	10 - 291	30 - 311
1	48	THR	THR	LYS	LYS	F	F	10 - 290	30 - 310
2	48	THR	THR	LYS	LYS	I	I	10 - 290	30 - 310
1	49	THR	THR	LYS	LYS	F	F	10 - 290	30 - 310
2	49	THR	THR	LYS	LYS	J	J	10 - 290	30 - 310
1	50	THR	THR	LYS	LYS	F	F	10 - 290	30 - 310
2	50	THR	THR	LYS	LYS	K	K	10 - 290	30 - 310
1	51	THR	THR	LYS	LYS	F	F	10 - 290	30 - 310
2	51	THR	THR	LYS	LYS	L	L	10 - 290	30 - 310
1	52	THR	THR	ALA	ALA	G	G	5 - 289	25 - 309
2	52	THR	THR	ALA	ALA	H	H	5 - 289	25 - 309
1	53	ASN	ASN	ALA	ALA	G	G	3 - 289	23 - 309
2	53	ASN	ASN	ALA	ALA	I	I	3 - 289	23 - 309
1	54	ASN	ASN	ALA	ALA	G	G	3 - 289	23 - 309
2	54	ASN	ASN	ALA	ALA	J	J	3 - 289	23 - 309
1	55	ASN	ASN	ALA	ALA	G	G	3 - 289	23 - 309
2	55	ASN	ASN	ALA	ALA	K	K	3 - 289	23 - 309
1	56	ASN	ASN	ALA	ALA	G	G	3 - 289	23 - 309
2	56	ASN	ASN	ALA	ALA	L	L	3 - 289	23 - 309
1	57	THR	THR	LYS	LYS	H	H	5 - 290	25 - 310
2	57	THR	THR	LYS	LYS	I	I	5 - 290	25 - 310
1	58	THR	THR	LYS	LYS	H	H	5 - 290	25 - 310
2	58	THR	THR	LYS	LYS	J	J	5 - 290	25 - 310
1	59	THR	THR	LYS	LYS	H	H	5 - 290	25 - 310
2	59	THR	THR	LYS	LYS	K	K	5 - 290	25 - 310
1	60	THR	THR	LYS	LYS	H	H	5 - 290	25 - 310
2	60	THR	THR	LYS	LYS	L	L	5 - 290	25 - 310
1	61	ASN	ASN	ARG	ARG	I	I	3 - 291	23 - 311
2	61	ASN	ASN	ARG	ARG	J	J	3 - 291	23 - 311
1	62	ASN	ASN	ARG	ARG	I	I	3 - 291	23 - 311
2	62	ASN	ASN	ARG	ARG	K	K	3 - 291	23 - 311
1	63	ASN	ASN	ARG	ARG	I	I	3 - 291	23 - 311
2	63	ASN	ASN	ARG	ARG	L	L	3 - 291	23 - 311
1	64	ASN	ASN	ARG	ARG	J	J	3 - 291	23 - 311
2	64	ASN	ASN	ARG	ARG	K	K	3 - 291	23 - 311
1	65	ASN	ASN	ARG	ARG	J	J	3 - 291	23 - 311
2	65	ASN	ASN	ARG	ARG	L	L	3 - 291	23 - 311
1	66	ASN	ASN	ARG	ARG	K	K	3 - 291	23 - 311
2	66	ASN	ASN	ARG	ARG	L	L	3 - 291	23 - 311

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Sulfofructosephosphate aldolase / SFP aldolase 分子量: 34076.262 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: yihT, STM4022 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L7R9, sulfofructosephosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1870 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M Na2SO4, 0.1M BisTris propane pH7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→53.71 Å / Num. obs: 352557 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.043 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 786014 / Scaling rejects: 30

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.8-1.83	2.1	0.324	36708	17222	0.841	0.272	0.425	2.3	96.1
9.86-53.71	2.2	0.024	4779	2171	0.998	0.019	0.031	19.4	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0266	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
xia2		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TO3

1to3

解像度: 1.8→53.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 2.592 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2073	17503	5 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
obs	0.1937	335012	97.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.65 Å² / B_iso mean: 26.46 Å² / B_iso min: 11.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.94 Å²	-0.32 Å²	-0.46 Å²
2-	-	1.09 Å²	-0.11 Å²
3-	-	-	0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→53.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25659	0	60	1870	27589
B_iso mean	-	-	25.01	29.25	-
残基数	-	-	-	-	3461

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	26155
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	25227
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.457	1.627	35488
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.466	1.58	57768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.371	5	3477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.169	21.971	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.847	15	4328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.417	15	196
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	3482
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	30258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5774

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8976	0.06
1	2	B	8976	0.06
2	1	A	9117	0.05
2	2	C	9117	0.05
3	1	A	9098	0.06
3	2	D	9098	0.06
4	1	A	8995	0.06
4	2	E	8995	0.06
5	1	A	7836	0.05
5	2	F	7836	0.05
6	1	A	8987	0.07
6	2	G	8987	0.07
7	1	A	8906	0.06
7	2	H	8906	0.06
8	1	A	9100	0.06
8	2	I	9100	0.06
9	1	A	9038	0.05
9	2	J	9038	0.05
10	1	A	9107	0.05
10	2	K	9107	0.05
11	1	A	9094	0.06
11	2	L	9094	0.06
12	1	B	9004	0.06
12	2	C	9004	0.06
13	1	B	9127	0.05
13	2	D	9127	0.05
14	1	B	9090	0.04
14	2	E	9090	0.04
15	1	B	7793	0.05
15	2	F	7793	0.05
16	1	B	8980	0.06
16	2	G	8980	0.06
17	1	B	8865	0.05
17	2	H	8865	0.05
18	1	B	9057	0.04
18	2	I	9057	0.04
19	1	B	9040	0.04
19	2	J	9040	0.04
20	1	B	9004	0.06
20	2	K	9004	0.06
21	1	B	8978	0.05
21	2	L	8978	0.05
22	1	C	9088	0.06
22	2	D	9088	0.06
23	1	C	9036	0.06
23	2	E	9036	0.06
24	1	C	7805	0.05
24	2	F	7805	0.05
25	1	C	8971	0.07
25	2	G	8971	0.07
26	1	C	8891	0.05
26	2	H	8891	0.05
27	1	C	9102	0.05
27	2	I	9102	0.05
28	1	C	9014	0.06
28	2	J	9014	0.06
29	1	C	9166	0.05
29	2	K	9166	0.05
30	1	C	9109	0.05
30	2	L	9109	0.05
31	1	D	9260	0.04
31	2	E	9260	0.04
32	1	D	7801	0.06
32	2	F	7801	0.06
33	1	D	9073	0.06
33	2	G	9073	0.06
34	1	D	8916	0.05
34	2	H	8916	0.05
35	1	D	9155	0.05
35	2	I	9155	0.05
36	1	D	9121	0.05
36	2	J	9121	0.05
37	1	D	9130	0.07
37	2	K	9130	0.07
38	1	D	9083	0.06
38	2	L	9083	0.06
39	1	E	7804	0.05
39	2	F	7804	0.05
40	1	E	9009	0.06
40	2	G	9009	0.06
41	1	E	8899	0.04
41	2	H	8899	0.04
42	1	E	9091	0.04
42	2	I	9091	0.04
43	1	E	9058	0.04
43	2	J	9058	0.04
44	1	E	9049	0.06
44	2	K	9049	0.06
45	1	E	9022	0.05
45	2	L	9022	0.05
46	1	F	7772	0.06
46	2	G	7772	0.06
47	1	F	7802	0.05
47	2	H	7802	0.05
48	1	F	7829	0.04
48	2	I	7829	0.04
49	1	F	7840	0.04
49	2	J	7840	0.04
50	1	F	7818	0.04
50	2	K	7818	0.04
51	1	F	7819	0.05
51	2	L	7819	0.05
52	1	G	8929	0.05
52	2	H	8929	0.05
53	1	G	9117	0.06
53	2	I	9117	0.06
54	1	G	9077	0.06
54	2	J	9077	0.06
55	1	G	9045	0.07
55	2	K	9045	0.07
56	1	G	9016	0.07
56	2	L	9016	0.07
57	1	H	8919	0.04
57	2	I	8919	0.04
58	1	H	8906	0.04
58	2	J	8906	0.04
59	1	H	8922	0.05
59	2	K	8922	0.05
60	1	H	8891	0.05
60	2	L	8891	0.05
61	1	I	9158	0.05
61	2	J	9158	0.05
62	1	I	9174	0.06
62	2	K	9174	0.06
63	1	I	9149	0.05
63	2	L	9149	0.05
64	1	J	9095	0.06
64	2	K	9095	0.06
65	1	J	9076	0.06
65	2	L	9076	0.06
66	1	K	9116	0.06
66	2	L	9116	0.06

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	1279	-
R_work	0.258	24499	-
all	-	25778	-
obs	-	-	96.03 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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