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- PDB-7afz: L1 metallo-b-lactamase with compound EBL-1306 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7afz
タイトルL1 metallo-b-lactamase with compound EBL-1306
要素Metallo-beta-lactamase L1
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / inhibitor / lactamase / antibiotic resistance / indole
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RBW / Metallo-beta-lactamase L1 type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Hinchliffe, P. / Spencer, J. / Brem, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines InitiativeENABLE 英国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2022
タイトル: Imitation of beta-lactam binding enables broad-spectrum metallo-beta-lactamase inhibitors.
著者: Brem, J. / Panduwawala, T. / Hansen, J.U. / Hewitt, J. / Liepins, E. / Donets, P. / Espina, L. / Farley, A.J.M. / Shubin, K. / Campillos, G.G. / Kiuru, P. / Shishodia, S. / Krahn, D. / ...著者: Brem, J. / Panduwawala, T. / Hansen, J.U. / Hewitt, J. / Liepins, E. / Donets, P. / Espina, L. / Farley, A.J.M. / Shubin, K. / Campillos, G.G. / Kiuru, P. / Shishodia, S. / Krahn, D. / Lesniak, R.K. / Schmidt Adrian, J. / Calvopina, K. / Turrientes, M.C. / Kavanagh, M.E. / Lubriks, D. / Hinchliffe, P. / Langley, G.W. / Aboklaish, A.F. / Eneroth, A. / Backlund, M. / Baran, A.G. / Nielsen, E.I. / Speake, M. / Kuka, J. / Robinson, J. / Grinberga, S. / Robinson, L. / McDonough, M.A. / Rydzik, A.M. / Leissing, T.M. / Jimenez-Castellanos, J.C. / Avison, M.B. / Da Silva Pinto, S. / Pannifer, A.D. / Martjuga, M. / Widlake, E. / Priede, M. / Hopkins Navratilova, I. / Gniadkowski, M. / Belfrage, A.K. / Brandt, P. / Yli-Kauhaluoma, J. / Bacque, E. / Page, M.G.P. / Bjorkling, F. / Tyrrell, J.M. / Spencer, J. / Lang, P.A. / Baranczewski, P. / Canton, R. / McElroy, S.P. / Jones, P.S. / Baquero, F. / Suna, E. / Morrison, A. / Walsh, T.R. / Schofield, C.J.
履歴
登録2020年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6236
ポリマ－28,8951
非ポリマー7295
水4,378243
1
A: Metallo-beta-lactamase L1
ヘテロ分子

A: Metallo-beta-lactamase L1
ヘテロ分子

A: Metallo-beta-lactamase L1
ヘテロ分子

A: Metallo-beta-lactamase L1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, REMARK 350 REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: TETRAMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA v1.52 [20/10/2014] REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA: 15030 ...根拠: gel filtration, REMARK 350 REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: TETRAMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA v1.52 [20/10/2014] REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA: 15030 ANGSTROM**2 REMARK 350 SURFACE AREA FOR THE COMPLEX: 39430 ANGSTROM**2 REMARK 350 CHANGE IN SOLVENT FREE ENERGY: -481 KCAL/MOL REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT1 2 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 2 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 2 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT1 3 -1.000000 0.000000 0.000000 104.78000 REMARK 350 BIOMT2 3 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT1 4 -1.000000 0.000000 0.000000 104.78000 REMARK 350 BIOMT2 4 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 4 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000
  • 118 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,49424
ポリマ－115,5784
非ポリマー2,91520
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area10870 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area39690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.780, 104.780, 98.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-406-

HOH

21A-421-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase L1 / Class B3 metallo-beta-lactamase L1 / Beta-lactamase type II / Penicillinase


分子量: 28894.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SoluBL21 / 参照: UniProt: P52700, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-RBW / 3-[3-chloranyl-4-(methylsulfonylmethyl)phenyl]-7-propan-2-yl-1~{H}-indole-2-carboxylic acid


分子量: 405.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20ClNO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.28 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Hepes pH 7.75, 2.0 M ammonium sulphate, 1.5% PEG400. 1 ul protein (15 mg/ml) mixed with 1 ul reservoir.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91584 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91584 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→66.62 Å / Num. obs: 51300 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 68.8 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 56.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2506 / CC1/2: 0.564 / Rpim(I) all: 0.44 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EVD

5evd


解像度: 1.5→66.617 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1675 2543 4.96 %
Rwork0.1523 48705 -
obs0.1531 51248 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 122.53 Å2 / Biso mean: 28.3289 Å2 / Biso min: 11.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→66.617 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2001 0 58 243 2302
Biso mean--51.59 34.27 -
残基数----266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082099
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9332874
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008376
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7281231
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.5-1.52890.31611320.28272668
1.5289-1.56010.27661450.25922655
1.5601-1.5940.23351380.23632661
1.594-1.63110.24561330.2112660
1.6311-1.67190.24811380.19772675
1.6719-1.71710.20171400.18062657
1.7171-1.76760.21921360.17392656
1.7676-1.82470.1651550.16172670
1.8247-1.88990.19381540.15542675
1.8899-1.96560.19271250.13652690
1.9656-2.0550.15311230.13172711
2.055-2.16340.15571490.13762678
2.1634-2.29890.14471330.1312709
2.2989-2.47640.17211360.12622721
2.4764-2.72570.15481600.13352711
2.7257-3.12010.13581510.14342751
3.1201-3.93090.15141420.13522785
3.9309-66.6170.15071530.15762972
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1568-1.4871-1.48893.91113.95024.37640.3154-0.1058-0.02771.1047-0.25650.04020.6671-0.5020.08140.3001-0.067-0.02320.39280.07530.190324.0298-6.01462.0019
21.6591-0.20130.32572.19070.632.14910.16810.08510.2793-0.24230.0221-0.1803-0.3537-0.215-0.14680.2670.06690.09840.15130.06070.207437.324521.46878.6274
31.504-0.37170.23250.77190.00281.42750.04190.02150.16-0.05680.0585-0.13140.0021-0.0201-0.08590.15860.01560.03150.10290.00430.153445.37638.04599.6065
41.36510.4364-0.28383.89440.40221.3430.0535-0.13680.14560.0920.0565-0.1357-0.0833-0.0743-0.070.14190.03640.010.14070.00160.149341.64958.778821.8246
52.11480.43970.30815.81230.63652.36060.0654-0.23170.17550.33320.0756-0.49530.0570.0017-0.0980.13730.0314-0.00230.1558-0.01720.137642.26788.035228.2637
62.04040.06230.97651.80620.00543.19480.0273-0.06570.21060.0940.0734-0.0218-0.2748-0.4613-0.10470.20360.06990.04750.20430.02490.150329.560119.639122.7695
74.22983.7184-0.79253.2864-0.63221.0137-0.0114-0.0895-0.11140.39220.0323-0.13870.1289-0.2153-0.00010.26030.00510.02090.20750.00540.149833.02770.917430.8888
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 14 )A2 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 81 )A15 - 81
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 82 through 156 )A82 - 156
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 157 through 201 )A157 - 201
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 202 through 223 )A202 - 223
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 224 through 245 )A224 - 245
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 246 through 267 )A246 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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