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Yorodumi- PDB-6u0y: Crystal Structure of the metallo-beta-lactamase L1 from Stenotrop... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6u0y | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of the metallo-beta-lactamase L1 from Stenotrophomonas maltophilia | ||||||
Components | Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase) | ||||||
Keywords | HYDROLASE / lactam antibiotics / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationantibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Stenotrophomonas maltophilia (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2020Title: Structural and biochemical analysis of the metallo-beta-lactamase L1 from emerging pathogen Stenotrophomonas maltophilia revealed the subtle but distinct di-metal scaffold for catalytic activity. Authors: Kim, Y. / Maltseva, N. / Wilamowski, M. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6u0y.cif.gz | 451.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6u0y.ent.gz | 353.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6u0y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/6u0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/6u0y | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6u0zC ![]() 6u10C ![]() 6u13C ![]() 6u2zC ![]() 6u9cC ![]() 6ua1C ![]() 6uacC ![]() 6uafC ![]() 6uahC ![]() 5dpxS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 29172.857 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (bacteria)Strain: K279a / Gene: Smlt2667 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.89 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 %(w/v) PEG4000, 5 %(v/v) isopropanol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 28, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. obs: 122234 / % possible obs: 96.6 % / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 26.67 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 23.1 |
| Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.843 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique obs: 6033 / CC1/2: 0.735 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDBID 5DPX Resolution: 1.7→48.63 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / Phase error: 20.66
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 34.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→48.63 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi



Stenotrophomonas maltophilia (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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