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- PDB-7afq: Ribosome binding factor A (RbfA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7afq
タイトルRibosome binding factor A (RbfA)
要素Ribosome-binding factor A
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Solution state NMR / 30S biogenesis / ribosome assembly / RbfA.
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit binding / response to cold / maturation of SSU-rRNA / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / DNA damage response / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosome-binding factor A, conserved site / Ribosome-binding factor A signature. / Ribosome-binding factor A / Ribosome-binding factor A domain superfamily / Ribosome-binding factor A / K homology (KH) domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / K homology domain-like, alpha/beta / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome-binding factor A / 30S ribosome-binding factor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O26:H11 (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing / molecular dynamics
データ登録者Schedlbauer, A. / Iturrioz, I. / Ochoa-Lizarralde, B. / Diercks, T. / Fucini, P. / Connell, S.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)CTQ2017-82222-R スペイン
European CommissionPCIG14-GA-2013-632072 スペイン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: A conserved rRNA switch is central to decoding site maturation on the small ribosomal subunit.
著者: Andreas Schedlbauer / Idoia Iturrioz / Borja Ochoa-Lizarralde / Tammo Diercks / Jorge Pedro López-Alonso / José Luis Lavin / Tatsuya Kaminishi / Retina Çapuni / Neha Dhimole / Elisa de ...著者: Andreas Schedlbauer / Idoia Iturrioz / Borja Ochoa-Lizarralde / Tammo Diercks / Jorge Pedro López-Alonso / José Luis Lavin / Tatsuya Kaminishi / Retina Çapuni / Neha Dhimole / Elisa de Astigarraga / David Gil-Carton / Paola Fucini / Sean R Connell /
要旨: While a structural description of the molecular mechanisms guiding ribosome assembly in eukaryotic systems is emerging, bacteria use an unrelated core set of assembly factors for which high- ...While a structural description of the molecular mechanisms guiding ribosome assembly in eukaryotic systems is emerging, bacteria use an unrelated core set of assembly factors for which high-resolution structural information is still missing. To address this, we used single-particle cryo-electron microscopy to visualize the effects of bacterial ribosome assembly factors RimP, RbfA, RsmA, and RsgA on the conformational landscape of the 30 ribosomal subunit and obtained eight snapshots representing late steps in the folding of the decoding center. Analysis of these structures identifies a conserved secondary structure switch in the 16 ribosomal RNA central to decoding site maturation and suggests both a sequential order of action and molecular mechanisms for the assembly factors in coordinating and controlling this switch. Structural and mechanistic parallels between bacterial and eukaryotic systems indicate common folding features inherent to all ribosomes.
履歴
登録2020年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2020年12月16日ID: 6R8D
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 1.22021年3月17日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr / Item: _pdbx_database_PDB_obs_spr.id
改定 1.32021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
V: Ribosome-binding factor A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1771
ポリマ－15,1771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6550 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 60target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ribosome-binding factor A


分子量: 15176.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O26:H11 (大腸菌) / 遺伝子: rbfA, B9S25_002975 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B7PAU8, UniProt: P0A7G2*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic23D HNCO
131isotropic23D HNCA
141isotropic23D HN(CA)CB
151isotropic23D CBCA(CO)NH
161isotropic23D HN(CO)CA
1111isotropic23D HNCAHA
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY
191isotropic23D HN(CA)CO
181isotropic23D HNH NOESY
171isotropic23D CNH NOESY
1131isotropic23D HN(CO)CAHA
1121isotropic23D HCH NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 400 uM [U-13C; U-15N] RbfA, 10 mM HEPES, 6 mM MgCl2, 30 mM NH4Cl, 75 uM TCEP, 90% H2O/10% D2O
Label: sample 1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
400 uMRbfA[U-13C; U-15N]1
10 mMHEPESnone1
6 mMMgCl2none1
30 mMNH4Clnone1
75 uMTCEPnone1
試料状態イオン強度: 40 mM / Label: condition_1 / pH: 7.6 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
GROMACSEmile Apol, Rossen Apostolov, Paul Bauer, Herman J.C. Berendsen, Par Bjelkmar, Christian Blau, Viacheslav Bolnykh, Kevin Boyd, Aldert van Buuren, Rudi van Drunen, Anton Feenstra, Alan Gray, Gerrit Groenhof, Anca Hamuraru, Vincent Hindriksen M. Eric Irrgang, Aleksei Iupinov, Christoph Junghans, Joe Jordan, Dimitrios Karkoulis, Peter Kasson,, Jiri Kraus, Carsten Kutzner, Per Larsson, Justin A. Lemkul, Viveca Lindahl, Magnus Lundborg, Erik Marklund, Pascal Merz, Pieter Meulenhoff, Teemu Murtola, Szilard Pall, Sander Pronk, Roland Schulz, Michael Shirts, Alexey Shvetsov, Alfons Sijbers, Peter Tieleman, Jon Vincent, Teemu Virolainen, Christian Wennberg, Maarten Wolf, Artem Zhmurov.精密化
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing5
molecular dynamics6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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