PDB-7af2: Salmonella typhimurium neuraminidase mutant (D62G)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7af2

タイトル

Salmonella typhimurium neuraminidase mutant (D62G)

要素

Sialidase

キーワード

HYDROLASE / Salmonella typhimurium / enzyme / neuraminidase / mutant / D62G / sialidase / native / hydrolase.

機能・相同性

機能・相同性情報

ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.792 Å

データ登録者

Salinger, M.T. / Kuhn, P. / Laver, W.G. / Pape, T. / Schneider, T.R. / Sheldrick, G.M. / Vimr, E.R. / Garman, E.F.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Salmonella typhimurium neuraminidase mutant (D62G)
著者: Garman, E.F. / Salinger, M.T. / Laver, W.G. / Kuhn, P. / Pape, T. / Schneider, T.R. / Sheldrick, G.M. / Vimr, E.R.

履歴

登録	2020年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7af2.cif.gz	286.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7af2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7af2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/7af2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/7af2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3silS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2sim-d 1dim-d 2sil-d 1xrg-d 6v7n-1 5h14-2 5u62-1 2qxv-d 5u5t-1 4m4v-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (3) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Sialidase

ヘテロ分子

42.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.914, 81.357, 91.053
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sialidase / N-acylneuraminate glycohydrolase / Neuraminidase / NANase / STNA 分子量: 41733.520 Da / 分子数: 1 / 変異: D62G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: nanH, STM0928 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29768, exo-alpha-sialidase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.92 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Crystals grown by hanging drop vapour diffusion. A 1:1 mixture of protein solution and an 8:4 mixture of K2HPO4 to KH2PO4 was placed above a well of an 8:6 solution of K2HPO4 to KH2PO4. Then ...詳細: Crystals grown by hanging drop vapour diffusion. A 1:1 mixture of protein solution and an 8:4 mixture of K2HPO4 to KH2PO4 was placed above a well of an 8:6 solution of K2HPO4 to KH2PO4. Then serially cryoprotected in situ to 40% glycerol (v/v with mother liquor) in 10% increments over a period of a few minutes.

結晶

マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.92 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals grown by hanging drop vapour diffusion. A 1:1 mixture of protein solution and an 8:4 mixture of K2HPO4 to KH2PO4 was placed above a well of an 8:6 solution of K2HPO4 to KH2PO4. Then ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.79 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.79 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.792→18.107 Å / Num. obs: 355798 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.2 % / R_rim(I) all: 0.061 / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 23.61
反射シェル	解像度: 0.792→0.81 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 19346 / R_rim(I) all: 1.572 / R_sym value: 1.161 / % possible all: 70.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SIL

3sil

解像度: 0.792→18.102 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.987 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.986 / WR_factor R_free: 0.14 / WR_factor R_work: 0.126 / Average fsc free: 0.8265 / Average fsc work: 0.829 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.011 / ESU R Free: 0.012 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1319	17531	5.018 %
R_work	0.1206	331837	-
all	0.121	-	-
obs	-	349368	92.919 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.115 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.408 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.283 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.125 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.792→18.102 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2936	0	35	502	3473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.013	3366
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	3091
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.468	1.649	4580
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.52	1.59	7240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.931	5	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.892	23.333	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.77	15	611
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.503	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.144	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	3820
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.02	0.02	691
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.291	0.2	651
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.232	0.2	2984
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	1547
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	391
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.198	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.259	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.21	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.909	1.352	1652
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.911	1.351	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.883	1.999	2100
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.882	1.999	2101
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.005	1.569	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.003	1.569	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.994	2.254	2480
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.993	2.254	2481
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.76	17.715	3932
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.782	16.865	3774
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	15.11	3	6451

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.792-0.813	1.943	755	2.099	14472	X-RAY DIFFRACTION	55.0984
0.813-0.835	0.763	1090	0.723	20624	X-RAY DIFFRACTION	80.7122
0.835-0.859	0.463	1273	0.473	23377	X-RAY DIFFRACTION	94.1127
0.859-0.885	0.352	1225	0.358	23428	X-RAY DIFFRACTION	96.8113
0.885-0.914	0.287	1201	0.278	22701	X-RAY DIFFRACTION	96.9183
0.914-0.947	0.227	1101	0.23	22062	X-RAY DIFFRACTION	97.1725
0.947-0.982	0.198	1155	0.185	21270	X-RAY DIFFRACTION	97.3138
0.982-1.022	0.161	1103	0.147	20572	X-RAY DIFFRACTION	97.407
1.022-1.068	0.141	1020	0.117	19708	X-RAY DIFFRACTION	97.3465
1.068-1.12	0.114	1019	0.097	18718	X-RAY DIFFRACTION	96.8592
1.12-1.181	0.109	954	0.091	17811	X-RAY DIFFRACTION	96.6371
1.181-1.252	0.105	896	0.09	16741	X-RAY DIFFRACTION	95.8793
1.252-1.339	0.114	815	0.091	15942	X-RAY DIFFRACTION	96.7941
1.339-1.446	0.1	807	0.084	15333	X-RAY DIFFRACTION	99.9876
1.446-1.584	0.101	744	0.085	14110	X-RAY DIFFRACTION	100
1.584-1.771	0.11	683	0.091	12852	X-RAY DIFFRACTION	100
1.771-2.044	0.115	624	0.1	11347	X-RAY DIFFRACTION	99.9833
2.044-2.504	0.128	493	0.115	9651	X-RAY DIFFRACTION	99.9507
2.504-3.539	0.142	391	0.13	7473	X-RAY DIFFRACTION	98.497
3.539-18.102	0.137	182	0.151	3646	X-RAY DIFFRACTION	83.7453

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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