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- PDB-7aet: Pressure wave-exposed human hemoglobin: probe only data (3500 ind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aet
タイトルPressure wave-exposed human hemoglobin: probe only data (3500 indexed images)
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードOXYGEN TRANSPORT / XFEL / SFX / high pressure crystallography / hemoglobin
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / platelet aggregation / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / response to hydrogen peroxide / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / : / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globin domain profile. / Globin / Globin / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / フーリエ合成 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Barends, T.R.M. / Schlichting, I.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Effect of X-ray free-electron laser-induced shockwaves on haemoglobin microcrystals delivered in a liquid jet.
著者: Grunbein, M.L. / Gorel, A. / Foucar, L. / Carbajo, S. / Colocho, W. / Gilevich, S. / Hartmann, E. / Hilpert, M. / Hunter, M. / Kloos, M. / Koglin, J.E. / Lane, T.J. / Lewandowski, J. / ...著者: Grunbein, M.L. / Gorel, A. / Foucar, L. / Carbajo, S. / Colocho, W. / Gilevich, S. / Hartmann, E. / Hilpert, M. / Hunter, M. / Kloos, M. / Koglin, J.E. / Lane, T.J. / Lewandowski, J. / Lutman, A. / Nass, K. / Nass Kovacs, G. / Roome, C.M. / Sheppard, J. / Shoeman, R.L. / Stricker, M. / van Driel, T. / Vetter, S. / Doak, R.B. / Boutet, S. / Aquila, A. / Decker, F.J. / Barends, T.R.M. / Stan, C.A. / Schlichting, I.
履歴
登録2020年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Hemoglobin subunit alpha
BBB: Hemoglobin subunit beta
CCC: Hemoglobin subunit alpha
DDD: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,94812
ポリマ－61,3704
非ポリマー2,5788
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11330 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area24540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.700, 158.100, 67.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 14894.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15791.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: 3.2 M NaH2PO4/ 3.2 M K2HPO4 in a 2:1 ratio

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.743 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-2 / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.743 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→28.48 Å / Num. obs: 19339 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.4 % / CC1/2: 0.702 / R split: 0.481 / Net I/σ(I): 2.1
反射 シェル解像度: 2.53→2.6 Å / Num. unique obs: 1011 / CC1/2: 0.233 / R split: 1.03

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.53→28.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 24.395 / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.082 / ESU R Free: 0.356 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2883 1051 5.111 %
Rwork0.2276 19514 -
all0.231 --
obs-20565 97.183 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 44.782 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.39 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.088 Å20 Å2
3---1.478 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→28.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4332 0 180 38 4550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0134656
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174264
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.491.6956398
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1631.6129858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4055564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.96423.298188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.10415696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.6391510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02976
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1820.2872
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1660.23363
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1470.22108
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.21811
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1290.25
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1290.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9044.672272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9064.672267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.59772828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5967.0022829
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3134.9582384
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3134.9572382
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.387.2743570
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.387.2743570
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.34453.2174968
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.33953.2184966
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.53-2.5510.389230.345456X-RAY DIFFRACTION49.6888
2.551-2.620.359750.3431453X-RAY DIFFRACTION99.1564
2.62-2.6960.322701408X-RAY DIFFRACTION98.9953
2.696-2.7780.433770.321359X-RAY DIFFRACTION99.0345
2.778-2.8690.392680.3031326X-RAY DIFFRACTION99.3585
2.869-2.9690.328620.281287X-RAY DIFFRACTION98.8278
2.969-3.080.354650.2781245X-RAY DIFFRACTION99.393
3.08-3.2040.331660.2621195X-RAY DIFFRACTION99.7627
3.204-3.3450.316700.2591151X-RAY DIFFRACTION99.6735
3.345-3.5070.325610.2341115X-RAY DIFFRACTION99.5766
3.507-3.6940.289590.2221053X-RAY DIFFRACTION99.9101
3.694-3.9160.246580.2021003X-RAY DIFFRACTION99.9058
3.916-4.1820.223460.189969X-RAY DIFFRACTION100
4.182-4.5110.231380.175898X-RAY DIFFRACTION100
4.511-4.9330.221470.175818X-RAY DIFFRACTION100
4.933-5.5010.271340.183772X-RAY DIFFRACTION100
5.501-6.3240.295470.214663X-RAY DIFFRACTION100
6.324-7.6780.265440.2568X-RAY DIFFRACTION99.8369
7.678-10.5870.198220.175477X-RAY DIFFRACTION100
10.587-280.302190.229298X-RAY DIFFRACTION97.5385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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