PDB-7ae8: Crystal structure of HEPN(R102A) toxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ae8

タイトル

Crystal structure of HEPN(R102A) toxin

要素

HEPN toxin

キーワード

TOXIN / toxin-antitoxin system / MNT-HEPN / AMPylation

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin-antitoxin complex / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA nuclease activity / endonuclease activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aphanizomenon flos-aquae 2012/KM1/D3 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Tamulaitiene, G. / Sasnauskas, G. / Songailiene, I. / Juozapaitis, J. / Siksnys, V.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: HEPN-MNT Toxin-Antitoxin System: The HEPN Ribonuclease Is Neutralized by OligoAMPylation.
著者: Songailiene, I. / Juozapaitis, J. / Tamulaitiene, G. / Ruksenaite, A. / Sulcius, S. / Sasnauskas, G. / Venclovas, C. / Siksnys, V.

履歴

登録	2020年9月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ae8.cif.gz	254.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ae8.ent.gz	207.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ae8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ae8_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ae8_full_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示
XML形式データ	7ae8_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	7ae8_validation.cif.gz	31.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/7ae8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/7ae8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ae2C 7ae6SC 7ae9C 7aerC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6lbu-d 4v2b-d 2jk8-2 2ime-1 3sz3-d 3e9j-2 1hh4-2 2g36-d 6vo5-1 3qtm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HEPN toxin

B: HEPN toxin

C: HEPN toxin

D: HEPN toxin

ヘテロ分子

73.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HEPN toxin

B: HEPN toxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
36.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: HEPN toxin

D: HEPN toxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.896, 69.783, 81.506
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.010, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	HEPN toxin / HEPN toxin 分子量: 18254.605 Da / 分子数: 4 / 変異: R102A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HEPN toxin 由来: (組換発現) Aphanizomenon flos-aquae 2012/KM1/D3 (バクテリア) 遺伝子: OA07_26455 / プラスミド: pACYC-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: A0A0B0QJR1
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.64 % / Mosaicity: 0.16 °
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Crystallization buffer was 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Tris pH 8.0, 16% PEG10000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9797 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9797 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→69.783 Å / Num. obs: 45032 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 32.07 Å² / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.069 / R_sym value: 0.065 / Net I/av σ(I): 6.3 / Net I/σ(I): 23.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2-2.11	13.3	0.403	1.7	87506	6555	0.117	0.431	0.403	7.7	100
2.11-2.24	13.9	0.259	2.6	85554	6173	0.074	0.276	0.259	11.4	100
2.24-2.39	13.4	0.177	3.6	78122	5840	0.052	0.189	0.177	14.5	100
2.39-2.58	13.2	0.127	5.1	71526	5419	0.037	0.135	0.127	18	100
2.58-2.83	13.7	0.094	6.6	68683	5000	0.027	0.1	0.094	23.7	100
2.83-3.16	12.8	0.074	8	57762	4517	0.022	0.079	0.074	28.6	100
3.16-3.65	13	0.058	10.1	51872	4000	0.017	0.061	0.058	38.5	100
3.65-4.47	12.4	0.049	11.7	42232	3406	0.014	0.051	0.049	45.9	100
4.47-6.32	12.5	0.045	12.2	32858	2637	0.013	0.048	0.045	44.8	100
6.32-69.783	12.2	0.04	11.7	18090	1485	0.012	0.042	0.04	47.3	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	51.99 Å	2.23 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12-2829	精密化
XDS	VERSION Mar 15, 2019	データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
MOLREP	11.0.02	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7AE6

7ae6

解像度: 2→51.989 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.91 / 位相誤差: 19.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1945	8868	10.07 %
R_work	0.169	79196	-
obs	0.1716	44992	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.81 Å² / B_iso mean: 39.4122 Å² / B_iso min: 17.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→51.989 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4749	0	12	178	4939
B_iso mean	-	-	48.56	42.69	-
残基数	-	-	-	-	592

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5014
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.535	6830
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	784
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	899
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.507	3053

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.2195	315	0.1979	2625	100
2.0227-2.0465	0.2462	317	0.1907	2574	100
2.0465-2.0715	0.2153	308	0.1802	2715	100
2.0715-2.0977	0.2719	248	0.1712	2621	100
2.0977-2.1253	0.1991	295	0.1694	2677	100
2.1253-2.1544	0.2258	269	0.1797	2663	100
2.1544-2.1852	0.2421	297	0.1758	2669	100
2.1852-2.2178	0.2283	273	0.1636	2663	100
2.2178-2.2525	0.21	302	0.1629	2620	100
2.2525-2.2894	0.1913	298	0.1616	2636	100
2.2894-2.3289	0.2091	268	0.1738	2687	100
2.3289-2.3712	0.2285	303	0.1736	2587	100
2.3712-2.4168	0.2438	265	0.1819	2701	100
2.4168-2.4662	0.1998	287	0.1785	2621	100
2.4662-2.5198	0.2369	273	0.1783	2650	100
2.5198-2.5784	0.2473	335	0.1822	2620	100
2.5784-2.6429	0.1975	280	0.1806	2623	100
2.6429-2.7143	0.2137	334	0.1741	2611	100
2.7143-2.7942	0.2222	316	0.1845	2647	100
2.7942-2.8844	0.2135	290	0.1913	2614	100
2.8844-2.9875	0.2206	286	0.199	2660	100
2.9875-3.1071	0.2151	305	0.1944	2660	100
3.1071-3.2485	0.2173	319	0.1954	2604	100
3.2485-3.4197	0.1986	306	0.1788	2618	100
3.4197-3.6339	0.1978	291	0.1686	2668	100
3.6339-3.9144	0.177	266	0.1513	2661	100
3.9144-4.3081	0.1522	294	0.1431	2645	100
4.3081-4.9311	0.1516	326	0.1378	2597	100
4.9311-6.2111	0.2084	309	0.1887	2644	100
6.2111-51.989	0.143	293	0.1486	2615	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0705	0.0021	-0.6556	1.5693	-0.1044	1.4919	0.0616	0.2025	-0.1158	-0.0432	-0.1044	-0.0698	0.0108	0.0131	-0	0.2269	0.0251	-0.0495	0.2241	0.012	0.2081	18.5352	27.2856	42.5656
2	1.9327	0.3846	0.328	1.1482	-0.0816	0.9683	0.0947	0.0942	0.1274	0.0047	-0.0444	0.2259	-0.0816	-0.1046	0.0001	0.2131	0.0244	0.0043	0.206	-0.0035	0.2439	-8.6691	34.425	47.4074
3	2.4119	-0.1501	0.2842	0.9896	-0.0137	2.366	0.0343	-0.2263	-0.1617	-0.0465	0.0082	-0.0833	-0.0486	0.1564	-0	0.2273	-0.0397	0.0237	0.262	-0.0129	0.2556	47.5801	37.9741	10.377
4	1.9531	-0.461	-0.1206	0.9529	0.6229	2.149	-0.0765	0.005	-0.2326	-0.055	-0.0464	0.1248	-0.0497	-0.3464	-0.0012	0.2614	0.001	0.0159	0.2676	-0.0408	0.2653	22.4731	41.7194	2.2923

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	2 - 153
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	2 - 151
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	3 - 144
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	3 - 150

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