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万見
- PDB-2ime: 2-Hydroxychromene-2-carboxylate Isomerase: a Kappa Class Glutathi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ime
タイトル2-Hydroxychromene-2-carboxylate Isomerase: a Kappa Class Glutathione-S-Transferase from Pseudomonas putida
要素2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase
キーワードTRANSFERASE / isomerase / glutathione / kgst / kappa gst
機能・相同性
機能・相同性情報


2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase / 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase activity / naphthalene catabolic process / glutathione peroxidase activity / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process
類似検索 - 分子機能
2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase NahD-like / HCCA isomerase/glutathione S-transferase kappa / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-HYDROXY-2H-CHROMENE-2-CARBOXYLIC ACID / GLUTATHIONE / PHOSPHATE ION / (3E)-4-(2-HYDROXYPHENYL)-2-OXOBUT-3-ENOIC ACID / 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Thompson, L.C. / Ladner, J.E. / Codreanu, S.G. / Harp, J. / Gilliland, G.L. / Armstrong, R.N.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: 2-Hydroxychromene-2-carboxylic Acid Isomerase: A Kappa Class Glutathione Transferase from Pseudomonas putida
著者: Thompson, L.C. / Ladner, J.E. / Codreanu, S.G. / Harp, J. / Gilliland, G.L. / Armstrong, R.N.
履歴
登録2006年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2818
ポリマ－23,0831
非ポリマー1,1987
水2,900161
1
A: 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase
ヘテロ分子

A: 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,56216
ポリマ－46,1662
非ポリマー2,39614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area7470 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18000 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.126, 75.833, 38.301
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-558-

HOH

詳細The second part of the biological dimer is generated by -x,-y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase / HCCA isomerase


分子量: 23083.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: nahD / プラスミド: pET20b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51948, glutathione transferase

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非ポリマー , 6種, 168分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#4: 化合物 ChemComp-TOH / (3E)-4-(2-HYDROXYPHENYL)-2-OXOBUT-3-ENOIC ACID


分子量: 192.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8O4
#5: 化合物 ChemComp-2C2 / (2S)-2-HYDROXY-2H-CHROMENE-2-CARBOXYLIC ACID


分子量: 192.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8O4
#6: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化温度: 294 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6.1
詳細: crystallization solution: 1.2M sodium dihydrogen phosphate, 0.8M potassium hydrogen phosphate,0.2M lithium sulfate, 0.1M CAPS pH 6.1. Protein and crystallization solutions were mixed 1:1., ...詳細: crystallization solution: 1.2M sodium dihydrogen phosphate, 0.8M potassium hydrogen phosphate,0.2M lithium sulfate, 0.1M CAPS pH 6.1. Protein and crystallization solutions were mixed 1:1., microbatch under oil, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→18.14 Å / Num. all: 23427 / Num. obs: 23427 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.14 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 17.47 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→18.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.358 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23518 1204 5.1 %RANDOM
Rwork0.18606 ---
obs0.18859 22223 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.34 Å20 Å20 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3---2.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→18.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1630 0 77 161 1868
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221833
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9531.9932485
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0955202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.95923.19194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.77115301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2121517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2320.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2927
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.21261
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.280.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1180.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.361.51061
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.98121665
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9713896
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2024.5820
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.791 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 188 -
Rwork0.263 3155 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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