PDB-7ae2: Crystal structure of HEPN(H107A-Y109F) toxin in complex with MNT ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ae2

タイトル

Crystal structure of HEPN(H107A-Y109F) toxin in complex with MNT antitoxin

要素

HEPN toxin
MNT ANTITOXIN

キーワード

TOXIN/ANTITOXIN / toxin-antitoxin system / MNT-HEPN / AMPylation / TOXIN-ANTITOXIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

protein adenylyltransferase / toxin-antitoxin complex / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA nuclease activity / nucleotidyltransferase activity / endonuclease activity / nucleotide binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aphanizomenon flos-aquae 2012/KM1/D3 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Tamulaitiene, G. / Sasnauskas, G. / Songailiene, I. / Juozapaitis, J. / Siksnys, V.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: HEPN-MNT Toxin-Antitoxin System: The HEPN Ribonuclease Is Neutralized by OligoAMPylation.
著者: Songailiene, I. / Juozapaitis, J. / Tamulaitiene, G. / Ruksenaite, A. / Sulcius, S. / Sasnauskas, G. / Venclovas, C. / Siksnys, V.

履歴

登録	2020年9月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ae2.cif.gz	129.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ae2.ent.gz	100.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ae2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ae2_validation.pdf.gz	428.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ae2_full_validation.pdf.gz	429.5 KB	表示
XML形式データ	7ae2_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	7ae2_validation.cif.gz	15.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/7ae2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/7ae2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ae6C 7ae8C 7ae9C 7aerC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2uvf-1 1kv9-d 7ae9-2 3dwi-d 5wm8-d 5wm1-d 2iv2-d 2jiq-d 2uvf-2 3fcr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HEPN toxin

B: MNT ANTITOXIN

35.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HEPN toxin

B: MNT ANTITOXIN

A: HEPN toxin

B: MNT ANTITOXIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.709, 85.989, 100.105
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-233- HOH

#1: タンパク質	HEPN toxin 分子量: 18257.652 Da / 分子数: 1 / 変異: H107A Y109F / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal His-tag 由来: (組換発現) Aphanizomenon flos-aquae 2012/KM1/D3 (バクテリア) 遺伝子: OA07_26455 / プラスミド: pACYC-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: A0A0B0QJR1
#2: タンパク質	MNT ANTITOXIN 分子量: 17380.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aphanizomenon flos-aquae 2012/KM1/D3 (バクテリア) 遺伝子: OA07_26450 / プラスミド: pACYC-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: A0A0B0QJN8
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Crystallization buffer was 0,1 M MES-imidazole pH 6.5, 10% PEG 20K, 20% PEG550MME, 30 mM NaNO3, 30 mM Na2HPO4, 30 mM(NH4)2SO4

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	PETRA III, EMBL c/o DESY	P13 (MX1)	1	1.3862
シンクロトロン	PETRA III, EMBL c/o DESY	P13 (MX1)	2	0.9796

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
PSI PILATUS 6M	1	PIXEL	2018年5月17日
PSI PILATUS 6M	2	PIXEL	2018年11月24日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.3862	1
2	0.9796	1

反射

解像度: 2→55.521 Å / Num. all: 21539 / Num. obs: 21539 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 41.17 Å² / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.049 / R_sym value: 0.041 / Net I/av σ(I): 8.5 / Net I/σ(I): 22.3 / Num. measured all: 136995

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2-2.11	6.5	0.458	1.5	19955	3081	0.206	0.529	0.458	4.5	99.9
2.11-2.24	6.1	0.249	2.7	18058	2948	0.115	0.287	0.249	7.6	99.8
2.24-2.39	6.6	0.144	4.7	18256	2783	0.065	0.166	0.144	12.3	100
2.39-2.58	6.3	0.095	7.2	16107	2562	0.044	0.11	0.095	16.5	100
2.58-2.83	6.3	0.062	10.5	14946	2380	0.028	0.072	0.062	22.4	99.7
2.83-3.16	6.6	0.046	13.5	14299	2182	0.021	0.054	0.046	30.4	100
3.16-3.65	6.4	0.035	16.2	12200	1914	0.016	0.041	0.035	38.7	99.8
3.65-4.47	6.6	0.032	17.6	10838	1640	0.014	0.037	0.032	47.2	100
4.47-6.32	6.3	0.03	18.1	8142	1299	0.014	0.036	0.03	47.3	99.9
6.32-55.521	5.6	0.035	14.8	4194	750	0.018	0.042	0.035	46.3	99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12-2829	精密化
XDS		データ削減
SCALA	3.3.20	データスケーリング
SHELXDE		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→50.053 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.26 / 位相誤差: 24.07 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Dataset 1 (17-MAY-18) is the primary dataset used for refinement. Dataset 2 (24-NOV-18), Se-Met SAD, was used for phasing.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2266	4098	10.05 %
R_work	0.1992	36688	-
obs	0.2019	21501	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 133.55 Å² / B_iso mean: 58.0177 Å² / B_iso min: 21.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→50.053 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2184	0	0	68	2252
B_iso mean	-	-	-	61.88	-
残基数	-	-	-	-	281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2263
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.437	3087
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	364
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	401
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.94	1364

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2-2.0235	0.3189	141	0.2975	1264	100
2.0235-2.0482	0.357	157	0.3074	1226	100
2.0482-2.0742	0.3221	139	0.2856	1290	100
2.0742-2.1014	0.3189	156	0.2617	1241	100
2.1014-2.1302	0.307	164	0.2577	1252	100
2.1302-2.1607	0.2723	167	0.2408	1255	100
2.1607-2.1929	0.1958	120	0.2304	1239	99
2.1929-2.2272	0.3284	150	0.2431	1233	98
2.2272-2.2637	0.2706	122	0.2294	1306	100
2.2637-2.3027	0.2618	136	0.2188	1269	100
2.3027-2.3446	0.2712	138	0.2239	1315	100
2.3446-2.3897	0.2403	168	0.2129	1237	100
2.3897-2.4385	0.2304	139	0.2262	1274	100
2.4385-2.4915	0.2367	120	0.2184	1252	100
2.4915-2.5495	0.2933	121	0.2225	1295	100
2.5495-2.6132	0.1862	161	0.2272	1215	97
2.6132-2.6839	0.2105	139	0.2047	1288	100
2.6839-2.7628	0.2677	146	0.2241	1224	100
2.7628-2.852	0.2692	165	0.2163	1280	100
2.852-2.9539	0.2525	132	0.23	1279	100
2.9539-3.0722	0.2635	108	0.2193	1300	100
3.0722-3.212	0.1929	153	0.2125	1247	100
3.212-3.3813	0.2569	152	0.2147	1242	99
3.3813-3.5931	0.1949	133	0.1998	1303	100
3.5931-3.8704	0.202	122	0.1629	1274	100
3.8704-4.2597	0.1734	142	0.1557	1283	100
4.2597-4.8756	0.1476	109	0.1587	1282	100
4.8756-6.141	0.2435	152	0.1938	1276	100
6.141-50.053	0.2403	146	0.1891	1247	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7236	0.0774	1.1615	3.2634	0.4973	3.9508	0.0209	-0.3192	-0.2681	0.2549	-0.1177	-0.0939	0.1965	-0.0042	0.1085	0.3181	0.0512	-0.0094	0.285	0.0812	0.2435	-6.7943	-5.9867	13.79
2	5.1435	0.1103	1.2901	4.0406	0.3128	4.7323	-0.0446	0.0599	-0.3749	0.2637	0.113	-0.4295	0.1765	0.6081	-0.0884	0.3155	0.0674	0.0076	0.3415	0.0233	0.3035	-3.1897	-5.4507	10.7497
3	4.4094	0.5311	0.6425	5.2141	-1.0698	3.3251	-0.1277	-0.264	-0.059	-0.069	0.0981	-0.3671	0.129	-0.2151	0.0381	0.5656	-0.07	0.0311	0.6518	0.0379	0.6135	-13.0363	-17.919	39.1709
4	0.7137	0.4428	0.4147	0.8339	-0.7898	2.8485	0.1006	-0.3668	-0.176	0.1726	0.128	0.3692	0.0277	-0.8397	-0.1832	0.4045	0.0386	0.0993	0.6454	0.1185	0.5186	-25.0737	-9.0368	23.9002

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:93)	A	3 - 93
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 94:144)	A	94 - 144
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 4:92)	B	4 - 92
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 93:150)	B	93 - 150

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関連情報:EMDBヘッダ

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