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- PDB-7acz: RdeltaD2 H/L (LMW SLP/HMW SLP) complex from C. difficile SlpA (R2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7acz
タイトルRdeltaD2 H/L (LMW SLP/HMW SLP) complex from C. difficile SlpA (R20291 strain)
要素
  • SLPH (HMW SLP)
  • SLPL deltaD2 (LMW SLP D2 truncation),SLPL deltaD2 (LMW SLP D2 truncation)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Bacterial surface / S-layer
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
Clostridioides difficile R20291 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Lanzoni-Mangutchi, P. / Barwinska-Sendra, A. / Salgado, P.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust204877/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure and assembly of the S-layer in C. difficile.
著者: Paola Lanzoni-Mangutchi / Oishik Banerji / Jason Wilson / Anna Barwinska-Sendra / Joseph A Kirk / Filipa Vaz / Shauna O'Beirne / Arnaud Baslé / Kamel El Omari / Armin Wagner / Neil F ...著者: Paola Lanzoni-Mangutchi / Oishik Banerji / Jason Wilson / Anna Barwinska-Sendra / Joseph A Kirk / Filipa Vaz / Shauna O'Beirne / Arnaud Baslé / Kamel El Omari / Armin Wagner / Neil F Fairweather / Gillian R Douce / Per A Bullough / Robert P Fagan / Paula S Salgado /
要旨: Many bacteria and archaea possess a two-dimensional protein array, or S-layer, that covers the cell surface and plays crucial roles in cell physiology. Here, we report the crystal structure of SlpA, ...Many bacteria and archaea possess a two-dimensional protein array, or S-layer, that covers the cell surface and plays crucial roles in cell physiology. Here, we report the crystal structure of SlpA, the main S-layer protein of the bacterial pathogen Clostridioides difficile, and use electron microscopy to study S-layer organisation and assembly. The SlpA crystal lattice mimics S-layer assembly in the cell, through tiling of triangular prisms above the cell wall, interlocked by distinct ridges facing the environment. Strikingly, the array is very compact, with pores of only ~10 Å in diameter, compared to other S-layers (30-100 Å). The surface-exposed flexible ridges are partially dispensable for overall structure and assembly, although a mutant lacking this region becomes susceptible to lysozyme, an important molecule in host defence. Thus, our work gives insights into S-layer organisation and provides a basis for development of C. difficile-specific therapeutics.
履歴
登録2020年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SLPL deltaD2 (LMW SLP D2 truncation),SLPL deltaD2 (LMW SLP D2 truncation)
B: SLPH (HMW SLP)
C: SLPL deltaD2 (LMW SLP D2 truncation),SLPL deltaD2 (LMW SLP D2 truncation)
D: SLPH (HMW SLP)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,6954
ポリマ－126,6954
非ポリマー00
水00
1
A: SLPL deltaD2 (LMW SLP D2 truncation),SLPL deltaD2 (LMW SLP D2 truncation)
B: SLPH (HMW SLP)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3482
ポリマ－63,3482
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area24010 Å2
手法PISA
2
C: SLPL deltaD2 (LMW SLP D2 truncation),SLPL deltaD2 (LMW SLP D2 truncation)
D: SLPH (HMW SLP)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3482
ポリマ－63,3482
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area24130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.745, 80.352, 81.920
Angle α, β, γ (deg.)97.030, 90.219, 90.217
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 5 or (resid 6 and (name...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 5 through 60 or (resid 61...
d_1ens_2(chain "B" and ((resid 3 through 4 and (name N...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 3 through 19 or (resid 20...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERVALA1 - 50
d_12ens_1SERSERA55 - 86
d_13ens_1ILEGLYA88 - 131
d_14ens_1VALTHRA134 - 153
d_21ens_1SERTHRC1 - 146
d_11ens_2LYSASPB1 - 181
d_12ens_2LYSGLYB183 - 344
d_13ens_2ASNMETB346 - 405
d_21ens_2LYSGLYD1 - 343
d_22ens_2ASNMETD346 - 405

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

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要素

#1: タンパク質 SLPL deltaD2 (LMW SLP D2 truncation),SLPL deltaD2 (LMW SLP D2 truncation) / Cell surface protein (S-layer protein)


分子量: 19262.543 Da / 分子数: 2
断片: SLPL deltaD2 (LMW SLP D2 truncation) from C. difficile (R20291),SLPL deltaD2 (LMW SLP D2 truncation)
変異: deleted aa 115-259 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (strain R20291) (バクテリア)
株: R20291 / 遺伝子: slpA, CDR20291_2682 / Plasmid details: RT027, SLCT4
発現宿主: Clostridioides difficile R20291 (バクテリア)
参照: UniProt: C9YQ17
#2: タンパク質 SLPH (HMW SLP) / Cell surface protein (S-layer protein)


分子量: 44085.027 Da / 分子数: 2 / 断片: SLPH (HMW SLP) from C. difficile (R20291) / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Clostridioides difficile R20291 (バクテリア)
Plasmid details: RT027, SLCT4 / 参照: UniProt: C9YQ17
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.87 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES pH 6.0 0.875 M Lithium chloride 11.5% PEG 6,000 10% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→52.74 Å / Num. obs: 16691 / % possible obs: 98.75 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 37.95 Å2
詳細: The Rmerge is very high for this crystal due to merging of data from 2 highly anisotropic crystals, that are also not completely isomorphous. However, this was necessary to generate ...詳細: The Rmerge is very high for this crystal due to merging of data from 2 highly anisotropic crystals, that are also not completely isomorphous. However, this was necessary to generate interpretable electron density maps, as data from either crystal separately was enough.
CC1/2: 0.616 / CC star: 0.873 / Rmerge(I) obs: 0.5102 / Rpim(I) all: 0.3238 / Rrim(I) all: 0.6068 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.9043 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique obs: 1620 / CC1/2: 0.438 / CC star: 0.78 / Rpim(I) all: 0.5631 / Rrim(I) all: 1.069 / % possible all: 97.03

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Dep D_19292110995

解像度: 3.5→52.74 Å / SU ML: 0.4221 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.17
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2786 1528 5.18 %RANDOM
Rwork0.2544 27992 --
obs0.2557 16606 87.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→52.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7890 0 0 0 7890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00257951
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.595110798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04291344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00261408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.71691149
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.815686536469
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.703614709263
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.610.28861620.2982449X-RAY DIFFRACTION86.92
3.61-3.740.4261190.28942544X-RAY DIFFRACTION85.41
3.74-3.890.37421760.29122479X-RAY DIFFRACTION87.22
3.89-4.070.25041440.26982550X-RAY DIFFRACTION88.21
4.07-4.280.29261680.24462546X-RAY DIFFRACTION89.16
4.28-4.550.19781110.23412565X-RAY DIFFRACTION87.39
4.55-4.90.31151490.23142531X-RAY DIFFRACTION87.52
4.9-5.40.2461370.23742601X-RAY DIFFRACTION89.07
5.4-6.170.2488860.2712594X-RAY DIFFRACTION88.45
6.18-7.770.2633960.2712617X-RAY DIFFRACTION88.6
7.78-52.740.22911800.21162516X-RAY DIFFRACTION87.7
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.83834376163 Å / Origin y: -36.3952231107 Å / Origin z: 10.2700128284 Å
111213212223313233
T0.0390504095105 Å20.000404378431586 Å20.0291962208907 Å2-0.138962305232 Å20.0103175473504 Å2--0.142071510976 Å2
L-0.00467041492349 °2-0.0222730303971 °20.0669154606771 °2-0.596893231454 °20.0814241540752 °2--0.652473365991 °2
S0.0399590873126 Å °0.00351802425101 Å °-0.0251390437869 Å °-0.0137774976384 Å °-0.00638624473251 Å °-0.0114293875421 Å °-0.00589432448504 Å °-0.0226061021223 Å °0.000655995992817 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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