[日本語] English
万見
- PDB-7acx: H/L (SLPH/SLPL) complex from C. difficile (R7404 strain) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7acx
タイトルH/L (SLPH/SLPL) complex from C. difficile (R7404 strain)
要素(S-layer protein) x 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Bacterial surface / S-layer
機能・相同性Low molecular weight S layer protein, N-terminal / Low molecular weight S layer protein, N-terminal, subdomain / Low molecular weight S layer protein N terminal / : / Putative cell wall binding repeat 2 / Cell wall binding domain 2 (CWB2) / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / S-layer protein / S-layer protein
機能・相同性情報
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Lanzoni-Mangutchi, P. / Barwinska-Sendra, A. / Basle, A. / El Omari, K. / Wagner, A. / Salgado, P.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust204877/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure and assembly of the S-layer in C. difficile.
著者: Paola Lanzoni-Mangutchi / Oishik Banerji / Jason Wilson / Anna Barwinska-Sendra / Joseph A Kirk / Filipa Vaz / Shauna O'Beirne / Arnaud Baslé / Kamel El Omari / Armin Wagner / Neil F ...著者: Paola Lanzoni-Mangutchi / Oishik Banerji / Jason Wilson / Anna Barwinska-Sendra / Joseph A Kirk / Filipa Vaz / Shauna O'Beirne / Arnaud Baslé / Kamel El Omari / Armin Wagner / Neil F Fairweather / Gillian R Douce / Per A Bullough / Robert P Fagan / Paula S Salgado /
要旨: Many bacteria and archaea possess a two-dimensional protein array, or S-layer, that covers the cell surface and plays crucial roles in cell physiology. Here, we report the crystal structure of SlpA, ...Many bacteria and archaea possess a two-dimensional protein array, or S-layer, that covers the cell surface and plays crucial roles in cell physiology. Here, we report the crystal structure of SlpA, the main S-layer protein of the bacterial pathogen Clostridioides difficile, and use electron microscopy to study S-layer organisation and assembly. The SlpA crystal lattice mimics S-layer assembly in the cell, through tiling of triangular prisms above the cell wall, interlocked by distinct ridges facing the environment. Strikingly, the array is very compact, with pores of only ~10 Å in diameter, compared to other S-layers (30-100 Å). The surface-exposed flexible ridges are partially dispensable for overall structure and assembly, although a mutant lacking this region becomes susceptible to lysozyme, an important molecule in host defence. Thus, our work gives insights into S-layer organisation and provides a basis for development of C. difficile-specific therapeutics.
履歴
登録2020年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: S-layer protein
B: S-layer protein
C: S-layer protein
D: S-layer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,1748
ポリマ－146,5394
非ポリマー6354
水2,000111
1
A: S-layer protein
B: S-layer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5874
ポリマ－73,2702
非ポリマー3172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area31830 Å2
手法PISA
2
C: S-layer protein
D: S-layer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5874
ポリマ－73,2702
非ポリマー3172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area30650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.052, 137.940, 84.734
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 120 or resid 142...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 3 through 315 or resid 401))
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2(chain "D" and (resid 1 through 219 or resid 224 through 373))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRASPA1 - 118
d_12ens_1LYSTHRA140 - 169
d_13ens_1ILETHRA185 - 313
d_14ens_1NAGNAGB
d_21ens_1THRTHRE2 - 278
d_22ens_1NAGNAGF
d_11ens_2ALAMETD1 - 369
d_21ens_2ALAGLYG1 - 219
d_22ens_2ILEMETG224 - 373

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

-
要素

#1: タンパク質 S-layer protein


分子量: 33819.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Clostridioides difficile (バクテリア) / Plasmid details: RT017, SLCT7b / 参照: UniProt: Q8KHI4
#2: タンパク質 S-layer protein / S-layer protein


分子量: 39450.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Clostridioides difficile (バクテリア) / Plasmid details: RT017, SLCT7b / 参照: UniProt: Q9AEM2, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.0M LiCl2 12% PEG 6000 0.1M MES pH6.5 10%Glyc

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→83.26 Å / Num. obs: 51166 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 48 % / Biso Wilson estimate: 57.08 Å2 / CC1/2: 0.712 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.65→2.75 Å / Num. unique obs: 5098 / CC1/2: 0.36

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CVZ, 5J6Q, D_129110990/992/995

3cvz

5j6q


解像度: 2.65→83.26 Å / SU ML: 0.4498 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.4983
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 2584 5.06 %RANDOM
Rwork0.225 48443 --
obs0.228 51027 99.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→83.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9945 0 40 111 10096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007210080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.184713650
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07451659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00641761
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.06291405
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.14896918319
ens_2d_2DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.21932458833
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.70.40561690.38952658X-RAY DIFFRACTION99.65
2.7-2.760.41041530.37292653X-RAY DIFFRACTION99.93
2.76-2.820.40151420.35952696X-RAY DIFFRACTION99.72
2.82-2.880.41351180.34352720X-RAY DIFFRACTION99.86
2.88-2.950.36941320.33452666X-RAY DIFFRACTION99.61
2.95-3.030.34511470.31092680X-RAY DIFFRACTION99.75
3.03-3.120.35031450.29552709X-RAY DIFFRACTION99.62
3.12-3.220.35451480.2862653X-RAY DIFFRACTION99.64
3.22-3.340.31311590.25552643X-RAY DIFFRACTION99.4
3.34-3.470.37271330.24232708X-RAY DIFFRACTION99.89
3.47-3.630.28151660.22972659X-RAY DIFFRACTION99.82
3.63-3.820.28841540.21822690X-RAY DIFFRACTION99.68
3.82-4.060.27211460.21472707X-RAY DIFFRACTION99.93
4.06-4.370.25321410.19042688X-RAY DIFFRACTION99.86
4.38-4.820.22111410.16562708X-RAY DIFFRACTION99.82
4.82-5.510.21641250.17282714X-RAY DIFFRACTION99.72
5.51-6.940.21661240.2022757X-RAY DIFFRACTION99.97
6.94-83.260.21491410.17732734X-RAY DIFFRACTION99.24
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.7647871792 Å / Origin y: -13.0441228134 Å / Origin z: -31.8726173113 Å
111213212223313233
T0.389614744809 Å2-0.0655073848802 Å20.0242943982734 Å2-0.383422666647 Å20.0390608873109 Å2--0.32898543896 Å2
L0.244931797348 °2-0.00753532823263 °20.203445488664 °2-0.146384221646 °20.0288200552193 °2--0.15609137836 °2
S-0.0621979015403 Å °0.0710054611972 Å °0.0822821149018 Å °0.00626491937525 Å °-0.025651675354 Å °-0.00201976200177 Å °0.0205690424597 Å °0.0896172024112 Å °-0.0149489874217 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る