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万見
- PDB-7acv: SLPL/HID (LMW SLP complex with HMW SLP interacting domain - HID) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7acv
タイトルSLPL/HID (LMW SLP complex with HMW SLP interacting domain - HID) from C. difficile (R7404 strain)
要素
  • HID - interacting domain of SLP HMW
  • LMW SLP
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / bacterial surface layer protein / SLP LMW / SLP HMW interacting domain (HID)
機能・相同性Low molecular weight S layer protein, N-terminal / Low molecular weight S layer protein, N-terminal, subdomain / Low molecular weight S layer protein N terminal / : / Putative cell wall binding repeat 2 / Cell wall binding domain 2 (CWB2) / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / S-layer protein
機能・相同性情報
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Barwinska-Sendra, A. / Lanzoni-Mangutchi, P. / Salgado, P.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust204877/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure and assembly of the S-layer in C. difficile.
著者: Paola Lanzoni-Mangutchi / Oishik Banerji / Jason Wilson / Anna Barwinska-Sendra / Joseph A Kirk / Filipa Vaz / Shauna O'Beirne / Arnaud Baslé / Kamel El Omari / Armin Wagner / Neil F ...著者: Paola Lanzoni-Mangutchi / Oishik Banerji / Jason Wilson / Anna Barwinska-Sendra / Joseph A Kirk / Filipa Vaz / Shauna O'Beirne / Arnaud Baslé / Kamel El Omari / Armin Wagner / Neil F Fairweather / Gillian R Douce / Per A Bullough / Robert P Fagan / Paula S Salgado /
要旨: Many bacteria and archaea possess a two-dimensional protein array, or S-layer, that covers the cell surface and plays crucial roles in cell physiology. Here, we report the crystal structure of SlpA, ...Many bacteria and archaea possess a two-dimensional protein array, or S-layer, that covers the cell surface and plays crucial roles in cell physiology. Here, we report the crystal structure of SlpA, the main S-layer protein of the bacterial pathogen Clostridioides difficile, and use electron microscopy to study S-layer organisation and assembly. The SlpA crystal lattice mimics S-layer assembly in the cell, through tiling of triangular prisms above the cell wall, interlocked by distinct ridges facing the environment. Strikingly, the array is very compact, with pores of only ~10 Å in diameter, compared to other S-layers (30-100 Å). The surface-exposed flexible ridges are partially dispensable for overall structure and assembly, although a mutant lacking this region becomes susceptible to lysozyme, an important molecule in host defence. Thus, our work gives insights into S-layer organisation and provides a basis for development of C. difficile-specific therapeutics.
履歴
登録2020年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LMW SLP
B: LMW SLP
C: HID - interacting domain of SLP HMW


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8103
ポリマ－73,8103
非ポリマー00
水2,990166
1
A: LMW SLP
C: HID - interacting domain of SLP HMW


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, LMW SLP forms a heterodimer with HMW SLP via interacting domains LID and HID respectively. ELISA assay confirms complex formation (Fagan et al., Mol Micro, 2009)
  • 39.8 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7882
ポリマ－39,7882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18200 Å2
手法PISA
2
B: LMW SLP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0221
ポリマ－34,0221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.870, 29.446, 144.329
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.219, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

#1: タンパク質 LMW SLP / S-layer protein


分子量: 34021.891 Da / 分子数: 2 / 断片: LMW SLP from C. difficile S-layer / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RT017, SLCT7b
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: slpA, SAMEA708418_00075 / Variant: R7404 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AEM2, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#2: タンパク質・ペプチド HID - interacting domain of SLP HMW / S-layer protein


分子量: 5766.458 Da / 分子数: 1
断片: HID - Interacting domain of HMW SLP (SLPH) from C. difficile S-layer
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: slpA, SAMEA708418_00075 / Variant: R7404 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AEM2, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細Chain B could not be fully traced in the electron density maps, with considerable regions beyond ...Chain B could not be fully traced in the electron density maps, with considerable regions beyond residue 110 not modelled.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M MES pH6.5, 35 % MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.969 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→86.35 Å / Num. obs: 29460 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 34.87 Å2 / CC1/2: 0.979 / Net I/σ(I): 5.48
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2924 / CC1/2: 0.713

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CVZ, D_1292110990

3cvz


解像度: 2.4→86.2 Å / SU ML: 0.4131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.9679
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3012 1391 4.74 %RANDOM
Rwork0.2512 27939 --
obs0.2535 29330 99.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→86.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3477 0 0 166 3643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00323513
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57124750
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032603
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.2154482
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.490.34911580.30162766X-RAY DIFFRACTION99.76
2.49-2.590.34741390.27262707X-RAY DIFFRACTION99.34
2.59-2.70.38911400.27542774X-RAY DIFFRACTION99.49
2.7-2.850.32181390.27282718X-RAY DIFFRACTION99.34
2.85-3.020.33231360.27262778X-RAY DIFFRACTION99.69
3.02-3.260.32531430.26722804X-RAY DIFFRACTION99.56
3.26-3.590.29031270.23492756X-RAY DIFFRACTION99.45
3.59-4.10.2591160.22472840X-RAY DIFFRACTION99.86
4.1-5.170.26181330.21652837X-RAY DIFFRACTION99.53
5.17-86.20.29261600.26982959X-RAY DIFFRACTION99.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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