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万見
- PDB-7ac8: Molecular basis for the unique allosteric activation mechanism of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ac8
タイトルMolecular basis for the unique allosteric activation mechanism of the heterodimeric imidazole glycerol phosphate synthase complex.
要素(Imidazole glycerol phosphate synthase subunit ...) x 2
キーワードLYASE / Enzyme regulation / Allostery / Ensemble model / conformational changes / HisF / HisH / Imidazole Glycerol Phosphate Synthase / LYASE (4.3.2.10)
機能・相同性
機能・相同性情報


imidazole glycerol-phosphate synthase / imidazoleglycerol-phosphate synthase activity / glutaminase / glutaminase activity / L-histidine biosynthetic process / lyase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Imidazole glycerol phosphate synthase, subunit H / Histidine biosynthesis, HisF / : / Histidine biosynthesis protein / Histidine biosynthesis protein / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Ribulose-phosphate binding barrel ...Imidazole glycerol phosphate synthase, subunit H / Histidine biosynthesis, HisF / : / Histidine biosynthesis protein / Histidine biosynthesis protein / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Ribulose-phosphate binding barrel / Class I glutamine amidotransferase-like / Aldolase-type TIM barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMINE / Chem-GUO / PHOSPHATE ION / Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF / Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Sung, S. / Wilmanns, M.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission664726European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for the allosteric activation mechanism of the heterodimeric imidazole glycerol phosphate synthase complex.
著者: Wurm, J.P. / Sung, S. / Kneuttinger, A.C. / Hupfeld, E. / Sterner, R. / Wilmanns, M. / Sprangers, R.
履歴
登録2020年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF
B: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH
C: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF
D: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH
E: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF
F: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,81012
ポリマ－153,1226
非ポリマー1,6886
水10,683593
1
A: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF
B: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7644
ポリマ－51,0412
非ポリマー7232
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF
D: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2824
ポリマ－51,0412
非ポリマー2412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF
F: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7644
ポリマ－51,0412
非ポリマー7232
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.835, 92.835, 168.625
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 1 through 251)
21(chain C and (resid 1 through 24 or (resid 25...
31(chain E and (resid 1 through 23 or (resid 24...
12(chain B and (resid 1 through 198 or resid 301))
22(chain D and (resid 1 through 198 or resid 301))
32chain F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETGLUGLU(chain A and resid 1 through 251)AA1 - 2511 - 251
211METMETGLUGLU(chain C and (resid 1 through 24 or (resid 25...CC1 - 241 - 24
221ASNASNASNASN(chain C and (resid 1 through 24 or (resid 25...CC2525
231METMETGLYGLY(chain C and (resid 1 through 24 or (resid 25...CC1 - 2521 - 252
241METMETGLYGLY(chain C and (resid 1 through 24 or (resid 25...CC1 - 2521 - 252
251METMETGLYGLY(chain C and (resid 1 through 24 or (resid 25...CC1 - 2521 - 252
311METMETPHEPHE(chain E and (resid 1 through 23 or (resid 24...EE1 - 231 - 23
321GLUGLUASNASN(chain E and (resid 1 through 23 or (resid 24...EE24 - 2524 - 25
331METMETGLUGLU(chain E and (resid 1 through 23 or (resid 24...EE1 - 2511 - 251
341METMETGLUGLU(chain E and (resid 1 through 23 or (resid 24...EE1 - 2511 - 251
351METMETGLUGLU(chain E and (resid 1 through 23 or (resid 24...EE1 - 2511 - 251
361METMETGLUGLU(chain E and (resid 1 through 23 or (resid 24...EE1 - 2511 - 251
112GLYGLYGLYGLY(chain B and (resid 1 through 198 or resid 301))BB02
212GLYGLYGLYGLY(chain D and (resid 1 through 198 or resid 301))DD02
312METMETGLNGLNchain FFF - L1 - 3013

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
Imidazole glycerol phosphate synthase subunit ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF / IGP synthase cyclase subunit / IGP synthase subunit HisF / ImGP synthase subunit HisF / IGPS subunit HisF


分子量: 27753.871 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: hisF, TM_1036 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9X0C6, imidazole glycerol-phosphate synthase
#2: タンパク質 Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH / IGP synthase glutaminase subunit / IGP synthase subunit HisH / ImGP synthase subunit HisH / IGPS ...IGP synthase glutaminase subunit / IGP synthase subunit HisH / ImGP synthase subunit HisH / IGPS subunit HisH / TmHisH


分子量: 23286.744 Da / 分子数: 3 / Mutation: C84A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The MG residues at the beginning of the protein chain are from a TEV cleavage site.
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: hisH, TM_1038 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9X0C8, imidazole glycerol-phosphate synthase, glutaminase

-
非ポリマー , 4種, 599分子

#3: 化合物 ChemComp-GUO / [(2R,3S,4R,5R)-5-[4-aminocarbonyl-5-[(E)-[[(2R,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]amino]methylideneamino]imidazol-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate / 1-(5-O-ホスホノ-β-D-リボフラノシル)-5-[[[(5-O-ホスホノ-β-D-リボフラノシル)アミノ]メチレ(以下略)


分子量: 577.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H25N5O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
詳細: In chain C, PO4 no. 301 and HOH no. 514 are likely to be part of a larger ligand (ProFAR) with enhanced flexibility.
タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
非ポリマーの詳細In chain C, PO4 no. 301 and HOH no. 514 are likely to be part of a larger ligand (ProFAR) with ...In chain C, PO4 no. 301 and HOH no. 514 are likely to be part of a larger ligand (ProFAR) with enhanced flexibility.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.32 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Pentaerythritol (5/4 PO/OH), sodium thiocyanate, HEPES, L-glutamine, ProFAR

-
データ収集

回折平均測定温度: 103.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→46.1 Å / Num. obs: 100496 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 40.26 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08592 / Net I/σ(I): 16.19
反射 シェル解像度: 2.06→2.134 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 1.052 / Num. unique obs: 10012 / CC1/2: 0.709 / % possible all: 99.99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GPW

1gpw


解像度: 2.06→46.07 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 18.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1861 4833 4.81 %
Rwork0.1564 95660 -
obs0.1578 100493 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 163.38 Å2 / Biso mean: 49.1507 Å2 / Biso min: 22.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.06→46.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10656 0 79 593 11328
Biso mean--54.7 58.09 -
残基数----1359
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2286X-RAY DIFFRACTION11.667TORSIONAL
12C2286X-RAY DIFFRACTION11.667TORSIONAL
13E2286X-RAY DIFFRACTION11.667TORSIONAL
21B1824X-RAY DIFFRACTION11.667TORSIONAL
22D1824X-RAY DIFFRACTION11.667TORSIONAL
23F1824X-RAY DIFFRACTION11.667TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.06-2.080.31431620.247631893351
2.08-2.110.25781900.230731843374
2.11-2.130.24391620.219231243286
2.13-2.160.25912020.211832203422
2.16-2.190.24721820.204431463328
2.19-2.220.22051380.232253363
2.22-2.250.22551740.189730883262
2.25-2.280.24192020.185631813383
2.28-2.320.22821620.182932473409
2.32-2.360.23481700.182431403310
2.36-2.40.24661140.176132133327
2.4-2.440.19251400.169732663406
2.44-2.490.22911580.177331343292
2.49-2.540.22271460.174132233369
2.54-2.60.21151700.170931913361
2.6-2.660.21171600.171132023362
2.66-2.720.20421760.166331563332
2.72-2.80.18031860.162931803366
2.8-2.880.19072200.159531103330
2.88-2.970.19741740.163131623336
2.97-3.080.18711240.171432413365
3.08-3.20.20311240.167632693393
3.2-3.350.22371180.170831993317
3.35-3.520.18011540.158331993353
3.52-3.740.16532000.144531463346
3.74-4.030.17731500.137932233373
4.03-4.440.13261540.120731793333
4.44-5.080.14341470.119832043351
5.08-6.40.16891220.153532123334
6.4-46.070.17551520.15132073359
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.37590.3370.20131.3672-0.26232.0589-0.0462-0.0737-0.08950.0562-0.0215-0.1526-0.0660.1349-0.00010.24670.0029-0.02650.29-0.01490.299542.2346-32.57667.9554
21.75580.3426-0.12321.52990.09761.3090.05420.01410.1808-0.11560.03210.0105-0.1332-0.0372-0.00010.3148-0.02010.02120.2724-0.00990.279145.2917-12.2321-12.8559
31.661-0.2617-0.33772.5860.41982.15870.08720.2383-0.1515-0.2351-0.16870.1809-0.1996-0.33480.00020.4230.0695-0.02660.4232-0.04610.27950.3632-9.06179.3948
41.2681-0.00910.70831.60150.29382.2996-0.003-0.0963-0.03460.17540.0217-0.3786-0.0173-0.0279-0.00030.44480.0254-0.03430.41680.00090.366912.30810.542334.2706
52.2918-0.3752-0.34471.92490.14231.0225-0.06940.2347-0.2933-0.3353-0.02870.17960.0673-0.0683-0.00040.3498-0.0311-0.02760.3425-0.05760.38286.8691-54.2494-7.7715
61.8215-0.5036-0.38881.29760.12761.353-0.1713-0.3056-0.24530.11110.12860.6331-0.0318-0.2018-0.00170.31510.03230.06450.40890.03520.6472-13.8364-46.958.8715
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain C and resseq 1:301)C1 - 301
2X-RAY DIFFRACTION2(chain D and resseq -1:301)D-1 - 301
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resseq 1:301)A1 - 301
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resseq -1:301)B-1 - 301
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resseq 1:301)E1 - 301
6X-RAY DIFFRACTION6(chain F and resseq 1:301)F1 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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