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万見
- PDB-7ac1: Solution structure of the TAF4-RST domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ac1
タイトルSolution structure of the TAF4-RST domain
要素Transcription initiation factor TFIID subunit 4
キーワードTRANSCRIPTION / alpha-alpha hairpin / alpha-alpha hub / general transcription / transcription factor binding / TFIID
機能・相同性RST domain / RCD1-SRO-TAF4 (RST) plant domain / RST domain profile. / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 family / Transcription initiation factor TFIID component TAF4, C-terminal / transcription factor TFIID complex / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 4b
機能・相同性情報
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Staby, L. / Davidsen, R. / Bugge, K. / Skriver, K. / Kragelund, B.B.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Novo Nordisk Foundation#NNF18OC0033926 デンマーク
Novo Nordisk Foundation#NNF18OC0052177 デンマーク
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: alpha alpha-hub coregulator structure and flexibility determine transcription factor binding and selection in regulatory interactomes.
著者: Friis Theisen, F. / Salladini, E. / Davidsen, R. / Jo Rasmussen, C. / Staby, L. / Kragelund, B.B. / Skriver, K.
履歴
登録2020年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7961
ポリマ－8,7961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6470 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 4 / TBP-associated factor 4b / AtTAF4b / Transcription initiation factor TFIID subunit 4b / ...TBP-associated factor 4b / AtTAF4b / Transcription initiation factor TFIID subunit 4b / Transcription initiation factor TFIID subunit 4


分子量: 8796.450 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TAF4B, At5g43130, AAF24960.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F4K4L7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic23D HN(CA)CB
151isotropic23D CBCA(CO)NH
161isotropic23D (H)N(CA)NNH
171isotropic23D HNCO
181isotropic23D HN(CA)CO
191isotropic13D 1H-15N TOCSY
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1121isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1131isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 580 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] RST domain from TAF4, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.2 % w/v sodium azide, 0.7 mM DSS, 90% H2O/10% D2O
Label: 13C_15N_TAF4_RST / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
580 uMRST domain from TAF4[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
0.2 % w/vsodium azidenatural abundance1
0.7 mMDSSnatural abundance1
試料状態イオン強度: 143 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Varian INOVAVarianINOVA8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002cryogenic probe

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
VnmrJVariancollection
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PROCHECK / PROCHECK-NMRLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thorntongeometry optimization
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 9
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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