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万見
- PDB-4ec2: Crystal structure of trimeric frataxin from the yeast Saccharomyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ec2
タイトルCrystal structure of trimeric frataxin from the yeast Saccharomyces cerevisiae, complexed with ferrous
要素Frataxin homolog, mitochondrial
キーワードTRANSPORT PROTEIN / alpha/beta sandwich / metallochaperone / iron-storage
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Mitochondrial protein import / Complex III assembly / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / iron chaperone activity / iron-sulfur cluster assembly complex / response to iron(II) ion / heme biosynthetic process / iron-sulfur cluster assembly ...Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Mitochondrial protein import / Complex III assembly / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / iron chaperone activity / iron-sulfur cluster assembly complex / response to iron(II) ion / heme biosynthetic process / iron-sulfur cluster assembly / ferroxidase / ferroxidase activity / glutathione metabolic process / ferric iron binding / ferrous iron binding / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion transport / response to oxidative stress / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Frataxin/CyaY / Frataxin / Metal Transport, Frataxin; Chain A / Frataxin/CyaY / Frataxin conserved site / Frataxin-like domain / Frataxin family signature. / Frataxin family profile. / Frataxin-like domain / Frataxin/CyaY superfamily ...Frataxin/CyaY / Frataxin / Metal Transport, Frataxin; Chain A / Frataxin/CyaY / Frataxin conserved site / Frataxin-like domain / Frataxin family signature. / Frataxin family profile. / Frataxin-like domain / Frataxin/CyaY superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Frataxin homolog, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.002 Å
データ登録者Soderberg, C.A.G. / Rajan, S. / Gakh, O. / Isaya, G. / Al-Karadaghi, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: The molecular basis of iron-induced oligomerization of frataxin and the role of the ferroxidation reaction in oligomerization.
著者: Soderberg, C.A. / Rajan, S. / Shkumatov, A.V. / Gakh, O. / Schaefer, S. / Ahlgren, E.C. / Svergun, D.I. / Isaya, G. / Al-Karadaghi, S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Oligomerization propensity and flexibility of yeast frataxin studied by x-ray crystallography and small-angle x-ray scattering
著者: Soderberg, C.A.G. / Shkumatov, A.V. / Rajan, S. / Gakh, O. / Svergun, D.I. / Isaya, G. / Al-karadaghi, S.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: The structures of frataxin oligomers reveal the mechanism for the delivery and detoxification of iron
著者: Karlberg, T. / Schagerlof, U. / Gakh, O. / Park, S. / Ryde, U. / Lindahl, M. / Leath, K. / Garman, E. / Isaya, G. / Al-karadaghi, S.
履歴
登録2012年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Frataxin homolog, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7272
ポリマ－13,6711
非ポリマー561
水00
1
A: Frataxin homolog, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Frataxin homolog, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Frataxin homolog, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1816
ポリマ－41,0143
非ポリマー1683
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_454-z-1/2,-x,y-1/21
crystal symmetry operation10_554-y,z+1/2,-x-1/21
Buried area3890 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area18710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.570, 121.570, 121.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 Frataxin homolog, mitochondrial / Frataxin homolog intermediate form


分子量: 13671.182 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 52-174 / 変異: Y73A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YFH1, YDL120W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07540, ferroxidase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.54 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.7 M (NH4)2SO4, 0.2 M Li2SO4, 4 % Gamma-butyrolactone, 0.1 M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.038 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月10日
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.038 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 11254 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.32 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.62
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 3.12 % / Rmerge(I) obs: 0.632 / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique all: 791 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FQL

2fql


解像度: 3.002→24.815 Å / SU ML: 1.16 / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 39.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3113 1097 9.76 %
Rwork0.2538 --
obs0.2597 11245 96.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.031 Å2 / ksol: 0.287 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.002→24.815 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数883 0 1 0 884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006903
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2711233
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.949339
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088142
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008162
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.002-3.13830.41351320.34871250X-RAY DIFFRACTION95
3.1383-3.30340.41491100.34411339X-RAY DIFFRACTION100
3.3034-3.50990.51021400.38051245X-RAY DIFFRACTION95
3.5099-3.780.49641400.34161215X-RAY DIFFRACTION95
3.78-4.15880.37521140.29131235X-RAY DIFFRACTION94
4.1588-4.75690.26541470.21281315X-RAY DIFFRACTION99
4.7569-5.97930.27611530.20081282X-RAY DIFFRACTION99
5.9793-24.81620.23151610.20861267X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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