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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aaw | |||||||||
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タイトル | Thioredoxin Reductase from Bacillus cereus | |||||||||
要素 | Thioredoxin reductase | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / disulfide reductase / FAD / flavoprotein / NADPH | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thioredoxin-disulfide reductase / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / removal of superoxide radicals / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus cereus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Shoor, M. / Gudim, I. / Hersleth, H.-P. / Hammerstad, M. | |||||||||
資金援助 | ノルウェー, 2件
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引用 | ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2021 タイトル: Thioredoxin reductase from Bacillus cereus exhibits distinct reduction and NADPH-binding properties. 著者: Shoor, M. / Gudim, I. / Hersleth, H.P. / Hammerstad, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7aaw.cif.gz | 175.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7aaw.ent.gz | 111.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7aaw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7aaw_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7aaw_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7aaw_validation.xml.gz | 24.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7aaw_validation.cif.gz | 35.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aaw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aaw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4gcmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 34998.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (バクテリア) 株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711 遺伝子: BC_5159 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q815J1, thioredoxin-disulfide reductase #3: 糖 | ChemComp-GLC / |
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-非ポリマー , 5種, 214分子
#2: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 化合物 | ChemComp-NAP / | #6: 化合物 | ChemComp-NA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.3 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 14% w/v PEG5000MME, 0,10 M magnesium acetate, 0,10 M sodium citrate pH 5.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.96862 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96862 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→46.72 Å / Num. obs: 47043 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 46.08 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.964 / Num. unique obs: 4327 / CC1/2: 0.608 / Rpim(I) all: 0.466 / Rrim(I) all: 1.075 / Χ2: 0.99 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4GCM 解像度: 2.25→46.72 Å / SU ML: 0.2583 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.0369 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→46.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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