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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aat | ||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE REFINEMENT AND COMPARISON OF THREE FORMS OF MITOCHONDRIAL ASPARTATE AMINOTRANSFERASE | ||||||
![]() | ASPARTATE AMINOTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE(AMINOTRANSFERASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() Amino acid metabolism / Gluconeogenesis / aspartate catabolic process / kynurenine-oxoglutarate transaminase / kynurenine-oxoglutarate transaminase activity / aspartate metabolic process / glutamate metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity ...Amino acid metabolism / Gluconeogenesis / aspartate catabolic process / kynurenine-oxoglutarate transaminase / kynurenine-oxoglutarate transaminase activity / aspartate metabolic process / glutamate metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Mcphalen, C.A. / Vincent, M.G. / Jansonius, J.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structure refinement and comparison of three forms of mitochondrial aspartate aminotransferase. 著者: McPhalen, C.A. / Vincent, M.G. / Jansonius, J.N. #1: ![]() タイトル: The Open(Slash)Closed Conformational Equilibrium of Aspartate Aminotransferase: Studies in the Crystalline State and with a Fluorescent Probe in Solution 著者: Picot, D. / Sandmeier, E. / Thaller, C. / Vincent, M.G. / Christen, P. / Jansonius, J.N. #2: ![]() タイトル: Mechanism of Action of Aspartate Aminotransferase Proposed on the Basis of its Spatial Structure 著者: Kirsch, J.F. / Eichele, G. / Ford, G.C. / Vincent, M.G. / Jansonius, J.N. / Gehring, H. / Christen, P. #3: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of a Pyridoxal-Phosphate-Dependent Enzyme, Mitochondrial Aspartate Aminotransferase 著者: Ford, G.C. / Eichele, G. / Jansonius, J.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 177.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 146.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 138 / 2: CIS PROLINE - PRO A 195 / 3: CIS PROLINE - PRO B 138 / 4: CIS PROLINE - PRO B 195 | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.92423, 0.34441, -0.16487), ベクター: 詳細 | THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*, WITH AN RMSD=0.66. THE MOLECULE IS AN ALPHA2 DIMER. THE SUBUNITS ARE RELATED BY A LOCAL TWO-FOLD ROTATION AXIS. THEY ARE DISTINGUISHED BY CHAIN IDENTIFIERS A AND B, RESPECTIVELY. THE RESIDUES IN EACH SUBUNIT ARE NUMBERED FROM 3 TO 410, ACCORDING TO A SEQUENCE ALIGNMENT WITH THE LONGER SEQUENCE OF PIG CYTOSOLIC ASPARTATE AMINOTRANSFERASE (SEE U. GRAF-HAUSNER, K.J. WILSON AND P. CHRISTEN (1983). J.BIOL.CHEM. 258, 8813-8826). | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44992.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | ONE MOLECULE OF THE COFACTOR PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE (PLP) IS BOUND PER SUBUNIT THROUGH A SCHIFF ...ONE MOLECULE OF THE COFACTOR PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE (PLP) IS BOUND PER SUBUNIT THROUGH A SCHIFF BASE (ALDIMINE) DOUBLE BOND TO LYS 258 OF THAT SUBUNIT. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.39 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 60850 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.9→10 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection all: 60850 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.166 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_angle_d / Dev ideal: 0.029 |