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- PDB-7aaq: sugar/H+ symporter STP10 in outward occluded conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aaq
タイトルsugar/H+ symporter STP10 in outward occluded conformation
要素Sugar transport protein 10
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ALPHA-HELICAL PROTEIN / SUGAR TRANSPORT / PROTOIN/SUGAR SYMPORTER / MAJOR FACILITATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


hexose:proton symporter activity / mannose transmembrane transporter activity / D-glucose:proton symporter activity / galactose transmembrane transporter activity / hexose transmembrane transport / cellular response to glucose stimulus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sugar transport protein STP/MST-like, plant / Sugar transport protein STP/Polyol transporter PLT, plant / Sugar/inositol transporter / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transport proteins signature 1. / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / beta-D-glucopyranose / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Sugar transport protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Bavnhoej, L. / Paulsen, P.A. / Pedersen, B.P.
資金援助 デンマーク, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)637372 デンマーク
The Carlsberg FoundationCF17-0180 デンマーク
Danish Council for Independent ResearchDFF-4002-00052 デンマーク
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2021
タイトル: Molecular mechanism of sugar transport in plants unveiled by structures of glucose/H + symporter STP10.
著者: Bavnhoj, L. / Paulsen, P.A. / Flores-Canales, J.C. / Schiott, B. / Pedersen, B.P.
履歴
登録2020年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn / diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sugar transport protein 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4289
ポリマ－56,2451
非ポリマー2,1838
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area18530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.496, 92.780, 119.788
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Sugar transport protein 10 / Hexose transporter 10


分子量: 56244.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: STP10, At3g19940, MPN9.19 / プラスミド: p423_GAL1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): DSY5 / 参照: UniProt: Q9LT15
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 164分子

#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-XPE / 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL / DECAETHYLENE GLYCOL / デカエチレングリコ-ル


分子量: 458.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42O11 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.1 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4
詳細: 0.1-0.15M Ammonium Acetate, 0.1M Sodium Citrate and 36-40% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→59.9 Å / Num. obs: 61268 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.176 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 665695 / Scaling rejects: 1006
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.81-1.8412.5014758029640.6510.7882.491.198.7
4.91-59.9322.20.047741133170.9990.0150.0525.2100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
DIALS1-14-4データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H7D

6h7d


解像度: 1.81→46.39 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 3030 4.96 %
Rwork0.1874 58054 -
obs0.1887 61268 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.64 Å2 / Biso mean: 37.451 Å2 / Biso min: 19.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.81→46.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3771 0 151 157 4079
Biso mean--55.13 43.21 -
残基数----487
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.81-1.840.43461340.36992536267098
1.84-1.870.36141160.341426112727100
1.87-1.90.2691200.308126302750100
1.9-1.930.32791300.289126312761100
1.93-1.970.29881420.269625872729100
1.97-2.010.30831430.242625852728100
2.01-2.060.2411520.229526052757100
2.06-2.10.25881320.207226032735100
2.1-2.160.25321310.191526322763100
2.16-2.210.21221330.176926332766100
2.21-2.280.20291450.167125922737100
2.28-2.350.20961360.159226322768100
2.35-2.440.2031530.156126212774100
2.44-2.530.17691200.158426372757100
2.54-2.650.18631460.158226302776100
2.65-2.790.19031460.158326432789100
2.79-2.960.18241480.15926492797100
2.96-3.190.20271290.176426712800100
3.19-3.510.181370.178426752812100
3.51-4.020.2261500.1726762826100
4.02-5.070.19121380.189927332871100
5.07-46.390.18751490.179428422991100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77260.2176-0.78561.3343-0.11184.46110.0668-0.22310.11390.28090.0350.0862-0.13090.2398-0.13250.254-0.02170.01550.2557-0.01490.297426.6778106.393839.1928
20.71920.4475-0.21992.03230.6745.1953-0.04840.06860.1019-0.25430.00410.2089-0.3368-0.16650.05310.21340.0587-0.03550.1771-0.00010.309519.053113.325526.6873
30.7589-0.1544-0.11631.84090.74043.1340.00350.00170.0005-0.07730.0184-0.0889-0.1560.237-0.04180.1601-0.04090.00940.21290.02060.273128.1993105.379225.6559
40.64990.18080.00061.46040.23751.9474-0.0640.13130.0537-0.3360.05740.0022-0.17340.02160.03010.21680.00910.02520.2085-0.00380.245523.588103.792316.5103
51.07470.2164-0.97491.8236-0.59634.5511-0.0964-0.1408-0.01820.0282-0.0095-0.09370.39770.36290.10010.2130.07140.02240.24720.00630.316730.26886.70830.651
64.19720.1970.58214.06830.57254.6756-0.0182-0.8036-0.34030.86620.0637-0.06250.3797-0.2034-0.0920.39130.06170.02070.35220.04110.329.694183.563843.2735
70.49680.0634-0.28241.334-0.43872.4328-0.01-0.04550.0068-0.0058-0.00650.11250.0686-0.02910.01610.162-0.0170.00970.2312-0.01050.286316.776992.492327.0992
82.46360.55681.43642.4387-0.4952.87580.10550.1663-0.1258-0.47790.05350.1540.3434-0.0739-0.14560.442-0.0318-0.02080.2872-0.03060.297416.402588.36834.0995
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 81 )A21 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 82 through 134 )A82 - 134
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 135 through 196 )A135 - 196
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 197 through 316 )A197 - 316
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 317 through 373 )A317 - 373
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 374 through 403 )A374 - 403
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 404 through 473 )A404 - 473
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 474 through 507 )A474 - 507

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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