PDB-7aa9: Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7aa9

タイトル

Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1

要素

Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
pT13/PT15 SCOC LIR

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SCOC / ATG8 / LIR

機能・相同性

機能・相同性情報

glycophagy / Tat protein binding / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / cellular response to nitrogen starvation / Macroautophagy / autophagosome membrane / autophagosome assembly / autophagosome maturation / beta-tubulin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Lee, R. / Mouilleron, S. / Wirth, M. / Zhang, W. / O Reilly, N. / Dhira, J. / Tooze, S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Phosphorylation of the LIR Domain of SCOC Modulates ATG8 Binding Affinity and Specificity.
著者: Wirth, M. / Mouilleron, S. / Zhang, W. / Sjottem, E. / Princely Abudu, Y. / Jain, A. / Lauritz Olsvik, H. / Bruun, J.A. / Razi, M. / Jefferies, H.B.J. / Lee, R. / Joshi, D. / O'Reilly, N. / ...

履歴

登録	2020年9月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	7aa9_validation.pdf.gz	509.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7aa9_full_validation.pdf.gz	514.9 KB	表示
XML形式データ	7aa9_validation.xml.gz	38.6 KB	表示
CIF形式データ	7aa9_validation.cif.gz	54.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aa9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aa9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7aa7C 7aa8C 6hoiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7aa7-1 7lk3-1 6i78-d 4c7a-1 7aa9-2 7ct3-d 4co7-1 4e6i-2 4j8t-1 6cqc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1

B: pT13/PT15 SCOC LIR

C: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1

D: pT13/PT15 SCOC LIR

E: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1

F: pT13/PT15 SCOC LIR

G: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1

H: pT13/PT15 SCOC LIR

I: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1

J: pT13/PT15 SCOC LIR

K: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1

L: pT13/PT15 SCOC LIR

96.4 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1

B: pT13/PT15 SCOC LIR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
16.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1

D: pT13/PT15 SCOC LIR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1

F: pT13/PT15 SCOC LIR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.1 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1

H: pT13/PT15 SCOC LIR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.1 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1

J: pT13/PT15 SCOC LIR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.1 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1

L: pT13/PT15 SCOC LIR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.944, 90.944, 92.407
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂
Space group name Hall	P3₂
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3

#1: タンパク質	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1 / Early estrogen-regulated protein / GABA(A) receptor-associated protein-like 1 / Glandular ...Early estrogen-regulated protein / GABA(A) receptor-associated protein-like 1 / Glandular epithelial cell protein 1 / GEC-1 分子量: 14598.667 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAPL1, GEC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H0R8
#2: タンパク質・ペプチド	pT13/PT15 SCOC LIR 分子量: 1472.298 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 743 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 1500 0.1M TRIS 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→59.94 Å / Num. obs: 90238 / % possible obs: 99.17 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 17.27 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 7.55
反射シェル	解像度: 1.72→1.78 Å / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 8924 / CC_1/2: 0.57 / R_pim(I) all: 0.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6HOI

6hoi

解像度: 1.72→59.94 Å / SU ML: 0.3086 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.3458
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2614	4406	4.89 %
R_work	0.2096	85650	-
obs	0.212	90056	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→59.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6263	0	0	743	7006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0016	6637
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4592	9068
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0438	944
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0038	1177
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.9767	2504

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.72-1.74	0.3701	124	0.3699	2797	X-RAY DIFFRACTION	97.04
1.74-1.76	0.4048	161	0.3641	2780	X-RAY DIFFRACTION	96.81
1.76-1.78	0.399	152	0.3567	2811	X-RAY DIFFRACTION	97.08
1.78-1.8	0.4022	178	0.3474	2741	X-RAY DIFFRACTION	97.14
1.8-1.83	0.3827	170	0.3161	2778	X-RAY DIFFRACTION	96.53
1.83-1.85	0.3715	167	0.3197	2728	X-RAY DIFFRACTION	94.45
1.85-1.88	0.3626	152	0.2978	2777	X-RAY DIFFRACTION	99.19
1.88-1.91	0.3028	118	0.2988	2951	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.91-1.94	0.3514	158	0.2812	2834	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.94-1.97	0.3526	114	0.2571	2921	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.97-2	0.3116	192	0.2553	2788	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2-2.04	0.2529	132	0.2501	2884	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.04-2.08	0.2972	138	0.2487	2911	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.08-2.12	0.3185	172	0.2472	2868	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.12-2.17	0.2875	192	0.228	2850	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.17-2.22	0.27	148	0.2176	2853	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.22-2.27	0.271	160	0.2075	2864	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.27-2.33	0.2513	178	0.2083	2856	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.4	0.2605	128	0.2083	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.48	0.2439	144	0.2124	2856	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.48-2.57	0.2547	176	0.2069	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.67	0.2673	122	0.2024	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.79	0.2425	126	0.2001	2878	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.79-2.94	0.2714	98	0.2009	2969	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.94-3.13	0.2536	151	0.1877	2850	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.13-3.37	0.25	150	0.1706	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.7	0.1963	140	0.1648	2892	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-4.24	0.1973	111	0.1469	2891	X-RAY DIFFRACTION	99.8
4.24-5.34	0.1711	134	0.1473	2895	X-RAY DIFFRACTION	99.7
5.34-59.94	0.1954	120	0.1852	2892	X-RAY DIFFRACTION	99.47

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.93988968936	-2.44009010722	0.662487214469	3.2284321078	1.71079324725	5.07090676609	-0.0903849133872	-0.684749947178	0.207879045863	0.554937028361	0.176442579334	0.218790993548	0.280282773618	0.106007248342	-0.0155361395277	0.218228348604	0.0721722607174	-0.0174522353862	0.345458252742	-0.0555164155632	0.157440416483	-18.7922860192	69.5902822389	3.50376371859
2	4.18070287634	0.174858129104	-4.31254475692	0.0159207995471	-0.230390559683	4.69873053023	0.206222233571	0.347982268467	0.687905816727	-0.0673240159162	-0.0109924653839	-0.0241441864652	-0.228348922264	-0.104796750582	-0.0219099326715	0.108275781526	0.0297419425114	-0.00558469351	0.14587548574	0.0404153928698	0.274986354066	-20.9266010072	73.6858734306	-9.05751940308
3	1.25008665792	-0.43075023313	0.54365854683	1.76521124327	-0.69849719452	2.50028801727	-0.0886276799408	-0.122804155098	0.0688911680429	0.159119721395	0.0811278513985	0.00485547021184	-0.399656716163	0.104686918357	-0.000461665739032	0.131687152987	-0.00254455045588	0.00370626461652	0.109630133419	0.00135183376608	0.118220175159	-8.22170221357	66.8050948849	-3.74468491451
4	2.71549247084	1.10173261027	2.15896653441	1.49461033986	2.13448950193	6.18345058459	-0.0979991729191	-0.17806979456	-0.0872880176471	0.265372194434	-0.058106307386	0.0407022598243	0.183164141466	0.333924644357	0.102732460786	0.122900573264	0.0326806895498	0.023867022364	0.145690958505	0.0125356017241	0.0955772725449	0.0315218774605	62.2261401965	-3.83205874193
5	0.956086141389	-0.492302383461	0.434289309216	1.73006980798	-0.138805526815	2.22002478657	-0.0374011178023	-0.0208018927225	0.0892595958436	0.165227454157	-0.00313861015811	-0.198663376898	0.000710481003825	0.0785975354043	0.0496637378801	0.142702001331	0.0196101681171	-0.0018655648641	0.117628281994	0.00753689747682	0.174088971114	-3.96085317289	56.6428741548	-0.232787645001
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32	32	chain 'H' and (resid 12 through 20 )	H	H	12 - 20	1 - 9
33	33	chain 'I' and (resid 1 through 10 )	I	I	1 - 10	1 - 10
34	34	chain 'I' and (resid 11 through 35 )	I	I	11 - 35	11 - 35
35	35	chain 'I' and (resid 36 through 67 )	I	I	36 - 67	36 - 71
36	36	chain 'I' and (resid 68 through 90 )	I	I	68 - 90	72 - 96
37	37	chain 'I' and (resid 91 through 104 )	I	I	91 - 104	97 - 110
38	38	chain 'I' and (resid 105 through 115 )	I	I	105 - 115	111 - 121
39	39	chain 'J' and (resid 12 through 20 )	J	J	12 - 20	1 - 9
40	40	chain 'K' and (resid 1 through 35 )	K	K	1 - 35	1 - 35
41	41	chain 'K' and (resid 36 through 117 )	K	K	36 - 117	36 - 127
42	42	chain 'L' and (resid 12 through 21 )	L	L	12 - 21	1 - 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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