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- PDB-7aa7: Structure of SCOC pS12/pS18 LIR motif bound to GABARAPL1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aa7
タイトルStructure of SCOC pS12/pS18 LIR motif bound to GABARAPL1
要素
  • Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
  • pS12/pS18 SCOC LIR
キーワードSIGNALING PROTEIN / SCOC / ATG8 / LIR
機能・相同性
機能・相同性情報


glycophagy / Tat protein binding / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / cellular response to nitrogen starvation / autophagy of mitochondrion / Macroautophagy / beta-tubulin binding / autophagosome membrane / autophagosome maturation ...glycophagy / Tat protein binding / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / cellular response to nitrogen starvation / autophagy of mitochondrion / Macroautophagy / beta-tubulin binding / autophagosome membrane / autophagosome maturation / autophagosome assembly / autophagosome / cytoplasmic vesicle membrane / phospholipid binding / microtubule / ubiquitin protein ligase binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / cytosol
類似検索 - 分子機能
Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
sulfoacetic acid / Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Lee, R. / Mouilleron, S. / Wirth, M. / Zhang, W. / O Reilly, N. / Dhira, J. / Tooze, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Phosphorylation of the LIR Domain of SCOC Modulates ATG8 Binding Affinity and Specificity.
著者: Wirth, M. / Mouilleron, S. / Zhang, W. / Sjottem, E. / Princely Abudu, Y. / Jain, A. / Lauritz Olsvik, H. / Bruun, J.A. / Razi, M. / Jefferies, H.B.J. / Lee, R. / Joshi, D. / O'Reilly, N. / ...著者: Wirth, M. / Mouilleron, S. / Zhang, W. / Sjottem, E. / Princely Abudu, Y. / Jain, A. / Lauritz Olsvik, H. / Bruun, J.A. / Razi, M. / Jefferies, H.B.J. / Lee, R. / Joshi, D. / O'Reilly, N. / Johansen, T. / Tooze, S.A.
履歴
登録2020年9月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
B: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
P: pS12/pS18 SCOC LIR
Q: pS12/pS18 SCOC LIR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3086
ポリマ－32,0284
非ポリマー2802
水3,009167
1
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
P: pS12/pS18 SCOC LIR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1543
ポリマ－16,0142
非ポリマー1401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area6930 Å2
手法PISA
2
B: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
Q: pS12/pS18 SCOC LIR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1543
ポリマ－16,0142
非ポリマー1401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area7280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.364, 37.169, 62.482
Angle α, β, γ (deg.)81.751, 89.602, 67.818
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1 / Early estrogen-regulated protein / GABA(A) receptor-associated protein-like 1 / Glandular ...Early estrogen-regulated protein / GABA(A) receptor-associated protein-like 1 / Glandular epithelial cell protein 1 / GEC-1


分子量: 14598.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAPL1, GEC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H0R8
#2: タンパク質・ペプチド pS12/pS18 SCOC LIR


分子量: 1415.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-SAT / sulfoacetic acid / スルホ酢酸


分子量: 140.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 3.5M AMSO4, 1% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→31.92 Å / Num. obs: 41242 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 11.98 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / Rmerge(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2051 / CC1/2: 0.46 / Rpim(I) all: 0.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HOI

6hoi


解像度: 1.45→31.92 Å / SU ML: 0.1573 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.8909
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1894 1970 4.79 %
Rwork0.1509 39189 -
obs0.1528 41159 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→31.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2029 0 16 167 2212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00982191
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12343002
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0955319
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.1162837
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.490.29121500.21422852X-RAY DIFFRACTION98.23
1.49-1.530.29491510.20022696X-RAY DIFFRACTION98.65
1.53-1.570.24161430.17682793X-RAY DIFFRACTION98.72
1.57-1.620.21121440.15992785X-RAY DIFFRACTION99.52
1.62-1.680.20461390.14692821X-RAY DIFFRACTION99.23
1.68-1.750.20751150.13932783X-RAY DIFFRACTION99.14
1.75-1.830.17261330.1342808X-RAY DIFFRACTION99.46
1.83-1.920.2211350.13272799X-RAY DIFFRACTION99.22
1.92-2.040.1691220.12782829X-RAY DIFFRACTION99.53
2.04-2.20.16261520.13422834X-RAY DIFFRACTION99.77
2.2-2.420.2091170.14112791X-RAY DIFFRACTION99.66
2.42-2.770.191600.15462787X-RAY DIFFRACTION99.8
2.77-3.490.17211490.15862816X-RAY DIFFRACTION99.76
3.49-31.920.16831600.15372795X-RAY DIFFRACTION99.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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