PDB-7aa0: Structural comparison of cellular retinoic acid binding protein I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7aa0

タイトル

Structural comparison of cellular retinoic acid binding protein I and II in the presence and absence of natural and synthetic ligands

要素

Cellular retinoic acid-binding protein 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Retinoic Acid / Retinoid / CRABP

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Tomlinson, C.W.E. / Cornish, K.A.S. / Pohl, E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structure-functional relationship of cellular retinoic acid-binding proteins I and II interacting with natural and synthetic ligands.
著者: Tomlinson, C.W.E. / Cornish, K.A.S. / Whiting, A. / Pohl, E.

履歴

登録	2020年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7aa0.cif.gz	125.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7aa0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7aa0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7aa0_validation.pdf.gz	787.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7aa0_full_validation.pdf.gz	788.3 KB	表示
XML形式データ	7aa0_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	7aa0_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aa0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aa0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7a9yC 7a9zC 7aa1C 5ogbS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2frs-2 6mqz-d 2fs6-2 2cbs-d 6nny-d 1bm5-d 1cbs-d 6mov-d 3d96-2 6pjv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

BBB: Cellular retinoic acid-binding protein 2

AAA: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

32.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

BBB: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

AAA: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.550, 49.920, 67.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.030, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cellular retinoic acid-binding protein 2 / Cellular retinoic acid-binding protein II / CRABP-II 分子量: 15713.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29373
#2: 化合物	ChemComp-R6B / (~{E})-3-[4-(4,4-dimethyl-1-propan-2-yl-2,3-dihydroquinolin-6-yl)phenyl]prop-2-enoic acid 分子量: 349.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₇NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.56 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG based

-
データ収集

回折

平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.82→49.92 Å / Num. obs: 23023 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 10.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.1-49.92	2.9	0.026	604	0.998	0.026	0.037
1.82-1.86	3.7	0.735	4918	0.486	0.678	1.003

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0266	精密化
REFMAC	5.8.0266	精密化
Aimless	0.7.4	データ削減
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
XDS		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OGB

5ogb

解像度: 1.82→40.064 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 4.559 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.152 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2452	1125	4.888 %
R_work	0.1967	21891	-
all	0.199	-	-
obs	-	23016	97.53 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.068 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.042 Å²	-0 Å²	0.705 Å²
2-	-	-1.062 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.934 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→40.064 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2178	0	52	148	2378

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.55	1.655	3098
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.281	1.584	5148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.953	5	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.454	22.414	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.034	15	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.029	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	510
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	315
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	1981
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.015	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.199	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.308	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.296	2.779	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.292	2.777	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.3	4.149	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.303	4.151	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.286	3.21	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.287	3.21	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.265	4.627	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.264	4.627	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.655	53.187	8890
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.633	53.061	8825

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.82-1.867	0.391	78	0.305	1590	X-RAY DIFFRACTION	97.0896
1.867-1.918	0.326	75	0.289	1564	X-RAY DIFFRACTION	96.9822
1.918-1.974	0.319	82	0.26	1508	X-RAY DIFFRACTION	97.2477
1.974-2.035	0.3	74	0.241	1482	X-RAY DIFFRACTION	97.0075
2.035-2.101	0.286	72	0.229	1429	X-RAY DIFFRACTION	97.0265
2.101-2.175	0.316	69	0.227	1371	X-RAY DIFFRACTION	96.3211
2.175-2.257	0.286	63	0.222	1349	X-RAY DIFFRACTION	97.9875
2.257-2.349	0.286	57	0.198	1332	X-RAY DIFFRACTION	98.6506
2.349-2.453	0.218	90	0.197	1229	X-RAY DIFFRACTION	98.4328
2.453-2.573	0.266	70	0.204	1173	X-RAY DIFFRACTION	98.7291
2.573-2.712	0.296	61	0.215	1122	X-RAY DIFFRACTION	98.0929
2.712-2.876	0.249	47	0.203	1099	X-RAY DIFFRACTION	97.8651
2.876-3.074	0.26	56	0.196	1007	X-RAY DIFFRACTION	97.5229
3.074-3.32	0.243	37	0.185	960	X-RAY DIFFRACTION	97.1735
3.32-3.636	0.205	42	0.174	860	X-RAY DIFFRACTION	97.4082
3.636-4.064	0.179	52	0.184	769	X-RAY DIFFRACTION	97.3903
4.064-4.689	0.255	30	0.151	700	X-RAY DIFFRACTION	97.5936
4.689-5.736	0.14	25	0.156	611	X-RAY DIFFRACTION	97.9969
5.736-8.083	0.212	29	0.175	470	X-RAY DIFFRACTION	98.6166

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関連情報:EMDBヘッダ

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