PDB-7a9g: Truncated 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (DXS) from Myco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a9g

タイトル

Truncated 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (DXS) from Mycobacterium tuberculosis with intermediate 2-acetyl-thiamine diphosphate

要素

1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase,1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase activity / thiamine binding / thiamine biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / manganese ion binding / positive regulation of gene expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Gierse, R.M. / Reddem, E. / Grooves, M.R.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: First crystal structures of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (DXPS) from Mycobacterium tuberculosis indicate a distinct mechanism of intermediate stabilization.
著者: Gierse, R.M. / Oerlemans, R. / Reddem, E.R. / Gawriljuk, V.O. / Alhayek, A. / Baitinger, D. / Jakobi, H. / Laber, B. / Lange, G. / Hirsch, A.K.H. / Groves, M.R.

履歴

登録	2020年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年10月5日	Group: Derived calculations / カテゴリ: atom_type / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7a9g.cif.gz	403.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7a9g.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7a9g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/7a9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/7a9g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7a9hC 2o1xS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (2) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4)

登録構造単位

AAA: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase,1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

BBB: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase,1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

ヘテロ分子

145 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.865, 126.170, 79.031
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.285, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase,1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate synthase / DXPS 分子量: 70987.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: dxs, Rv2682c, MTCY05A6.03c / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P9WNS3, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

#1: タンパク質

1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase,1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate synthase / DXPS

分子量: 70987.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: dxs, Rv2682c, MTCY05A6.03c / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WNS3, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

-
非ポリマー , 8種, 423分子

#2: 化合物	ChemComp-HTL / 2-ACETYL-THIAMINE DIPHOSPHATE / 2-ACETYL-3-[(4-AMINO-2-METHYL-5-PYRIMIDINYL)METHYL]-4-METHYL-5-(4,6,6-TRIHYDROXY-3,5-DIOXA-4,6-DIPHOSPHAHEX-1-YL)THIAZO LIUM INNER SALT P,P'-DIOXIDE / AcThDP 分子量: 467.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₁N₄O₈P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M DL-Malic acid, MES monohydrate, Tris (MMT)-buffer, pH 5.0 + 25% PEG1500 PH範囲: 5.0 +

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033213 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月18日 / 詳細: double crystal monochromator
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033213 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→48.552 Å / Num. obs: 92339 / % possible obs: 99.39 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.04858 / R_pim(I) all: 0.04858 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.3653 / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / Num. unique obs: 9196 / CC_1/2: 0.779 / R_pim(I) all: 0.3653 / % possible all: 99.38

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
pointless	1.11.21	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
MOLREP	11.6.02	位相決定
Coot	0.8.9.2	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2o1x

2o1x

解像度: 1.9→48.552 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.113 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1904	971	1.052 %
R_work	0.1539	91368	-
all	0.154	-	-
obs	-	92339	99.348 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.378 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.213 Å²	-0 Å²	-0.301 Å²
2-	-	1.789 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.559 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.552 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8125	0	220	400	8745

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	8513
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	8080
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.476	1.632	11509
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.331	1.573	18598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.328	5	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.044	20.427	445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.567	15	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.097	15	78
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9607
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	1803
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.217	0.2	7433
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	4086
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	3763
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	428
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.031	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.257	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.273	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.621	2.171	4345
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.615	2.17	4344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.371	3.244	5421
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.371	3.245	5422
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.457	2.552	4168
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.456	2.552	4169
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.76	3.665	6084
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.76	3.665	6085
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.927	26.46	9219
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.912	26.384	9176

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.283	72	0.24	6704	X-RAY DIFFRACTION	99.1368
1.949-2.003	0.205	70	0.209	6611	X-RAY DIFFRACTION	99.7164
2.003-2.061	0.212	68	0.184	6370	X-RAY DIFFRACTION	99.814
2.061-2.124	0.216	66	0.164	6240	X-RAY DIFFRACTION	99.7469
2.124-2.194	0.234	63	0.164	6030	X-RAY DIFFRACTION	99.6402
2.194-2.271	0.236	62	0.158	5856	X-RAY DIFFRACTION	99.5291
2.271-2.356	0.204	60	0.141	5591	X-RAY DIFFRACTION	99.4544
2.356-2.453	0.155	58	0.133	5432	X-RAY DIFFRACTION	99.8363
2.453-2.562	0.196	55	0.134	5219	X-RAY DIFFRACTION	99.7919
2.562-2.687	0.2	53	0.137	4984	X-RAY DIFFRACTION	99.6439
2.687-2.832	0.225	51	0.143	4736	X-RAY DIFFRACTION	99.6254
2.832-3.004	0.176	47	0.142	4484	X-RAY DIFFRACTION	99.3858
3.004-3.211	0.182	45	0.157	4184	X-RAY DIFFRACTION	99.2024
3.211-3.468	0.194	42	0.155	3937	X-RAY DIFFRACTION	99.4501
3.468-3.799	0.146	37	0.141	3572	X-RAY DIFFRACTION	99.0667
3.799-4.246	0.162	35	0.135	3235	X-RAY DIFFRACTION	98.5831
4.246-4.902	0.155	30	0.136	2851	X-RAY DIFFRACTION	98.3276
4.902-6.002	0.21	26	0.17	2417	X-RAY DIFFRACTION	98.4684
6.002-8.479	0.233	19	0.168	1875	X-RAY DIFFRACTION	97.9824
8.479-48.552	0.119	12	0.177	1041	X-RAY DIFFRACTION	96.6055

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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